SAXSdb — 6fdz

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase ULK3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 U； UniProt 2–277	未记录	C87 Momelotinib × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M MgCl2, 30% 2-propanol	分辨率 2.55 Å R-free 0.301

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6FDZ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4WZX ULK3 regulates cytokinetic abscission by phosphorylating ESCRT-III proteins 提交 2014-11-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 359–449（91 aa）片段：MIT 2 domain (UNP residues 359-449)	未记录	CO COBALT (II) ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；295 K；50mM MES pH 6.5, 5mM Cobalt chloride, 800mM ammonium sulfate	分辨率 1.39 Å R-free 0.180
6FDY Unc-51-Like Kinase 3 (ULK3) In Complex With Bosutinib 提交 2017-12-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 U 2–277（276 aa）	未记录	DB8 4-[(2,4-dichloro-5-methoxyphenyl)amino]-6-methoxy-7-[3-(4-methylpiperazin-1-yl)propoxy]quinoline-3-carbonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5; 0.2 M sodium citrate; 30% PEG400	分辨率 1.70 Å R-free 0.239

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ULK3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–276； UniProt 2–277

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6fdz
沉积日期 deposition_date	2017-12-27
结构标题 title	Unc-51-Like Kinase 3 (ULK3) In Complex With Momelotinib
关键词 keywords	Kinase Inhibitor DFG-out, transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.34 Å
零角强度 I(0) i0	13738600.00
分子量 molecular_weight	29100.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36986 Å³
包络体积 envelope_volume	44349 Å³
水化壳体积 shell_volume	19353 Å³
包络直径 envelope_diameter	66.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.52 Å
包络 Rg envelope_rg	19.47 Å
形状 Rg shape_rg	19.35 Å
总 Rg total_rg	20.27 Å
总原子数 total_atoms	2060
残基数 n_residues	265
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.5 Å
Rg (实空间) rg_real	20.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.3740e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.6360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13740000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8184
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.232
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.405
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2792000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.880; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine/threonine-protein kinase ULK3
分子量 formula_weight	31940.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U
原子数 atom_count	2067

AGPGWGPPRLDGFILTERLGSGTYATVYKAYAKKDTREVVAIKCVAKKSLNKASVENLLTEIEILKGIRHPHIVQLKDFQWDSDNIYLIMEFCAGGDLSRFIHTRRILPEKVARVFMQQLASALQFLHERNISHLDLKPQNILLSSLEKPHLKLADFGFAQHMSPWDEKHVLRGSPLYMAPEMVCQRQYDARVDLWSMGVILYEALFGQPPFASRSFSELEEKIRSNRVIELPLRPLLSRDCRDLLQRLLERDPSRRISFQDFFAHPWVDLEHMPS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	Momelotinib
分子量 formula_weight	414.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	7

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6fdzu_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6fdzU01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	6fdzU02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	75.836 Å
晶胞边长 b length_b	75.836 Å
晶胞边长 c length_c	214.691 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	65.680 Å
R 因子 r_factor	0.2338
R_work r_work	0.2304
R_free r_free	0.3011

fit	/app/data/saxs_computation/fd/6fdz/6fdz.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fd/6fdz/6fdz.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fd/6fdz/6fdz.dat

Unc-51-Like Kinase 3 (ULK3) In Complex With Momelotinib

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase ULK3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction