SAXSdb — 6fey

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neural/ectodermal development factor IMP-L2

Drosophila melanogaster

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 26–267 链 B； UniProt 26–267	未记录	Probable insulin-like peptide 5 × 2 （Q7KUD5） Probable insulin-like peptide 5 × 2 （Q7KUD5）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；Cp 10 mg/ml, 8-10% w/v PEG 4k or 6K, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 6.8-7.5	分辨率 3.48 Å R-free 0.345
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 26–267 链 D； UniProt 26–267	未记录	Probable insulin-like peptide 5 × 2 （Q7KUD5） Probable insulin-like peptide 5 × 2 （Q7KUD5）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；Cp 10 mg/ml, 8-10% w/v PEG 4k or 6K, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 6.8-7.5	分辨率 3.48 Å R-free 0.345

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6FEY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4CBP Crystal structure of neural ectodermal development factor IMP-L2. 提交 2013-10-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 5–267（263 aa）链 B 5–267（263 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；HANGING-DROP EXPERIMENTS BY MIXING 1 UL PROTEIN (5.5. MG/ML IN 10 MM HEPES PH 7.4, 20 MM NACL) AND 1 UL RESERVOIR SOLUTION (17% PEG-6000, 0.1 M TRIS HYDROCHLORIDE, PH 7.0)	分辨率 1.60 Å R-free 0.188
6FF3 Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development factor Imp-L1 with Human IGF-I 提交 2018-01-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 26–267（242 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；cp 10 mg/ml, 4-8% w/v PEG 6K, 5-20 mM MgCl2, 5 mM SB12, 0.1 M TRIS pH 7.5	分辨率 2.57 Å R-free 0.285

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IMPL2_DROME
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–242； UniProt 26–267 作者链 B； PDB构建体 1–242； UniProt 26–267 作者链 C； PDB构建体 1–242； UniProt 26–267 作者链 D； PDB构建体 1–242； UniProt 26–267

Probable insulin-like peptide 5

Drosophila melanogaster

UniProt Q7KUD5

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 G； UniProt 84–108 链 H； UniProt 24–51 链 I； UniProt 84–108 链 J； UniProt 24–51	突变：K95N	Neural/ectodermal development factor IMP-L2 × 2 （Q09024）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；Cp 10 mg/ml, 8-10% w/v PEG 4k or 6K, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 6.8-7.5	分辨率 3.48 Å R-free 0.345
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 84–108 链 F； UniProt 24–51 链 K； UniProt 84–108 链 L； UniProt 24–51	突变：K95N	Neural/ectodermal development factor IMP-L2 × 2 （Q09024）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；291 K；Cp 10 mg/ml, 8-10% w/v PEG 4k or 6K, 20 mM MgCl2, 0.1 M HEPES pH 6.8-7.5	分辨率 3.48 Å R-free 0.345

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6FEY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WFU Crystal structure of DILP5 variant DB 提交 2009-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 87–108（22 aa）片段：RESIDUES 87-108 链 B 24–47（24 aa）片段：RESIDUES 24-47	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% PEG4000	分辨率 1.85 Å R-free 0.256
2WFV Crystal structure of DILP5 variant C4 提交 2009-04-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 84–108（25 aa）片段：RESIDUES 84-108 链 B 24–46（23 aa）片段：RESIDUES 24-46	突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 20% PEG4000	分辨率 1.85 Å R-free 0.232
8CLS Drosophila melanogaster insulin receptor ectodomain in complex with DILP5 提交 2023-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 84–108（25 aa）链 D 24–51（28 aa）链 E 84–108（25 aa）链 F 24–51（28 aa）链 G 84–108（25 aa）链 H 24–51（28 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
9EF9 Cryo-EM structure of Drosophila melanogaster insulin receptor (dmIR) bound with three DILP5, asymmetric conformation 提交 2024-11-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 C 84–108（25 aa）链 D 24–51（28 aa）链 E 84–108（25 aa）链 F 24–51（28 aa）链 G 84–108（25 aa）链 H 24–51（28 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 19	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	INSL5_DROME
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–25； UniProt 84–108 作者链 G； PDB构建体 1–25； UniProt 84–108 作者链 I； PDB构建体 1–25； UniProt 84–108 作者链 K； PDB构建体 1–25； UniProt 84–108 作者链 F； PDB构建体 1–28； UniProt 24–51 作者链 H； PDB构建体 1–28； UniProt 24–51 作者链 J； PDB构建体 1–28； UniProt 24–51 作者链 L； PDB构建体 1–28； UniProt 24–51

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6fey
沉积日期 deposition_date	2018-01-03
结构标题 title	Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development factor Imp-L2 with Drosophila DILP5 insulin
关键词 keywords	insulin, insulin binding protein, Drosophila, imaginal morphogenesis, PEPTIDE BINDING PROTEIN; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.27 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.83 Å
零角强度 I(0) i0	126270000.00
分子量 molecular_weight	83077.0 kDa
排除体积 excluded_volume	101150 Å³
包络体积 envelope_volume	148360 Å³
水化壳体积 shell_volume	38939 Å³
包络直径 envelope_diameter	117.4 Å
壳层 Rg shell_rg	38.36 Å
包络 Rg envelope_rg	32.78 Å
形状 Rg shape_rg	32.81 Å
总 Rg total_rg	33.33 Å
总原子数 total_atoms	5819
残基数 n_residues	841
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	112.8 Å
Rg (实空间) rg_real	33.44 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.89 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2630e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.1400e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	33.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	126300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8650
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	37.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.474
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.243
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	17610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.943; Smooth: 0.840

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Neural/ectodermal development factor IMP-L2
分子量 formula_weight	27290.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,D,C
原子数 atom_count	5823

RAVDLVDDSNDVDNSIEAEEEKPRNRAFEADWLKFTKTPPTKLQQADGATIEIVCEMMGSQVPSIQWVVGHLPRSELDDLDSNQVAEEAPSAIVRVRSSHIIDHVLSEARTYTCVGRTGSKTIYASTVVHPPRSSRLTPEKTYPGAQKPRIIYTEKTHLDLMGSNIQLPCRVHARPRAEITWLNNENKEIVQGHRHRVLANGDLLISEIKWEDMGNYKCIARNVVGKDTADTFVYPVLNEED

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Probable insulin-like peptide 5
分子量 formula_weight	2795.1 kDa
突变 mutation	K95N
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,G,I,K

DFRGVVDSCCRNSCSFSTLRAYCDS

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Probable insulin-like peptide 5
分子量 formula_weight	3018.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H,J,L

NSLRACGPALMDMLRVACPNGFNSMFAK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6feyA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6feyA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6feyB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6feyB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	150.834 Å
晶胞边长 b length_b	150.834 Å
晶胞边长 c length_c	125.321 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.480 Å
最低分辨率 resolution_low	29.600 Å
R 因子 r_factor	0.2655
R_work r_work	0.2614
R_free r_free	0.3446

fit	/app/data/saxs_computation/fe/6fey/6fey.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fe/6fey/6fey.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fe/6fey/6fey.dat

Crystal structure of Drosophila neural ectodermal development factor Imp-L2 with Drosophila DILP5 insulin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neural/ectodermal development factor IMP-L2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Probable insulin-like peptide 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)