SAXSdb — 6fg9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VPS10 domain-containing receptor SorCS2

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 116–1077 链 B； UniProt 116–1077	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；291 K；0.1 M Sodium chloride, 0.02 M Tris pH 7.5, 0.1 M Magnesium chloride hexahydrate and 11 % w/v PEG 1500, final pH 6.4	分辨率 4.20 Å R-free 0.291

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6FG9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6FFY Structure of the mouse SorCS2-NGF complex 提交 2018-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 116–1077（962 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；291 K；0.225 M MES/bis-tris pH 6.6 and 6.6 % w/v PEG 6000	分辨率 3.90 Å R-free 0.305

共 1 个其他 PDB 条目、1 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SORC2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–963； UniProt 116–1077 作者链 B； PDB构建体 2–963； UniProt 116–1077

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6fg9
沉积日期 deposition_date	2018-01-10
结构标题 title	Mouse SORCS2 ectodomain (sortilin related VPS10 domain containing receptor 2)
关键词 keywords	SorCS2, VPS10, transport, sorting, Sortilin, APOPTOSIS; APOPTOSIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	55.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	55.25 Å
零角强度 I(0) i0	623656000.00
分子量 molecular_weight	208680.0 kDa
排除体积 excluded_volume	261700 Å³
包络体积 envelope_volume	422060 Å³
水化壳体积 shell_volume	68230 Å³
包络直径 envelope_diameter	186.7 Å
壳层 Rg shell_rg	52.34 Å
包络 Rg envelope_rg	53.47 Å
形状 Rg shape_rg	55.22 Å
总 Rg total_rg	55.25 Å
总原子数 total_atoms	14712
残基数 n_residues	1833
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	176.0 Å
Rg (实空间) rg_real	55.49 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.79 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2370e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2040e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	54.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	622900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8052
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.467
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.559
角度范围 angular_range	— – 0.1450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	86590000.0000
实空间数据点数 n_real_points	30
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.845; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.913; Smooth: 0.018

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VPS10 domain-containing receptor SorCS2
分子量 formula_weight	109115.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	14712

GARAVPVAGAASASRAQVSLISTSFVLKGDATHNQAMVHWTGENSSVILILTKYYHADMGKVLESSLWRSSDFGTTYTKLTLQPGVTTVIDNFYICPANKRKIILVSSSLGDREQSLFLSTDEGATFQKYPVPFLVETLLFHPKEEDKVLAYTKDSKLYVSSDLGKKWTLLQERVTKDHVFWAVSGVDDDPNLVHVEAQDLSGGYRYYTCLIYNCSAQPHIAPFSGPIDRGSLTVQDEYIFLKATSTNRTKYYVSYRRSDFVLMKLPKYALPKDLQIISTDEQQVFVAVQEWNQVDTYNLYQSDLRGVRYSLVLENVRSSRQAEENVVIDILEVRGVKGVFLANQKVDGKVTTVITYNKGRDWDYLRPPSTDMNGKPTNCQPPDCYLHLHLRWADNPYVSGTVHTKDTAPGLIMGAGNLGSQLVEYKEEMYITSDCGHTWRQVFEEEHHVLYLDHGGVIAAIKDTSIPLKILKFSVDEGHTWSTHNFTSTSVFVDGLLSEPGDETLVMTVFGHISFRSDWELVKVDFRPSFPRQCGEDDYSSWDLTDLQGDHCIMGQQRSYRKRKSTSWCVKGRSFTSALTSRVCKCRDSDFLCDYGFERSSSSESTANKCSANFWFNPLSPPEDCVLGQTYTSSLGYRKVVSNVCEGGVDLQQSPVQLQCPLQAPRGLQVSIRGEAVAVRPREDVLFVVRQEQGDVLTTKYQVDLGDGFKAMYVNLTLTGEPIRHHYESPGIYRVSVRAENMAGHDEAVLFVQVNSPLQALYLEVVPVIGVNQEVNLTAVLLPLNPNLTVFYWWIGHSLQPLLSLDNSVTTKFTDAGDVRVTVQAACGNSVLQDSRLVRVLDQFQVVPLRFSRELDTFNPNTPEWREDVGLVVTRLLSKETSIPEELLVTVVKPGLPTIADLYVLLPLPRPTRKRSLTSDKRLAAVQQALNSHRISFILRGGLRILVELRDTDTGPQRPGGSAAAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	11

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	138.815 Å
晶胞边长 b length_b	329.275 Å
晶胞边长 c length_c	131.409 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.200 Å
最低分辨率 resolution_low	49.203 Å
R 因子 r_factor	0.2514
R_work r_work	0.2493
R_free r_free	0.2907

fit	/app/data/saxs_computation/fg/6fg9/6fg9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fg/6fg9/6fg9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fg/6fg9/6fg9.dat

Mouse SORCS2 ectodomain (sortilin related VPS10 domain containing receptor 2)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VPS10 domain-containing receptor SorCS2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)