SAXSdb — 6fi8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative transposase

Helicobacter pylori

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	DNA 29-MER (LE29) × 2 ;DNA 6-MER (T6') ; × 2 CALCIUM ION × 7 water × 6	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	DNA 29-MER (LE29) × 2 ;DNA 6-MER (T6') ; × 2 CALCIUM ION × 9 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q933Z0_HELPX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–159； UniProt 2–155 作者链 B； PDB构建体 6–159； UniProt 2–155 作者链 G； PDB构建体 6–159； UniProt 2–155 作者链 H； PDB构建体 6–159； UniProt 2–155

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6fi8
沉积日期 deposition_date	2018-01-17
结构标题 title	Crystal structure of the IS608 transposase in complex with left end 29-mer DNA hairpin and a 6-mer DNA representing the intact target site: pre-cleavage target capture complex
关键词 keywords	;DNA-BINDING PROTEIN, PROTEIN-DNA COMPLEX, HUH MOTIF, DNA STEM LOOP, Transposition, TnpA transposase, target capture complex, ISHp608, DNA BINDING PROTEIN ;; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6fi8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6fi8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6fi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.36 Å
Rg（电子密度）	23.23 Å
总 Rg	23.96 Å
原子数	3500
残基数	325
排除体积	58552 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6fi8__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6fi8__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Putative transposase
分子量 formula_weight	18392.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,H
原子数 atom_count	7412

GSAMASNAVLYKSNHNVVYSCKYHIVWCPKYRRKVLVGAVEMRLKEIIQEVAKELRVEIIEMQTDKDHIHILADIDPSFGVMKFIKTAKGRSSRILRQEFNHLKTKLPTLWTNSCFISTVGGAPLNVVKQYIENQQNSNRPKQKEKWKSYVDNLQTKAL

来源 Source

来源生物 organism	Helicobacter pylori
通用名 common_name	Campylobacter pylori
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	210
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA 29-MER (LE29)
分子量 formula_weight	8933.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,D,I,J

AAAGCCCCTAGCTTTTAGCTATGGGGATA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA 6-MER (T6') ;
分子量 formula_weight	1768.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,K,L

ATTACC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	372

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6fi8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1290 — Transposase IS200-like

结构域编号 domain_id	6fi8B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1290 — Transposase IS200-like

结构域编号 domain_id	6fi8G00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1290 — Transposase IS200-like

结构域编号 domain_id	6fi8H00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1290 — Transposase IS200-like

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晶胞边长 a length_a	138.640 Å
晶胞边长 b length_b	138.640 Å
晶胞边长 c length_c	117.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.598 Å
最低分辨率 resolution_low	89.837 Å
R 因子 r_factor	0.1990
R_work r_work	0.1969
R_free r_free	0.2383

Crystal structure of the IS608 transposase in complex with left end 29-mer DNA hairpin and a 6-mer DNA representing the intact target site: pre-cleavage target capture complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative transposase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6fi8__assembly_1__model_1

6fi8__assembly_1__model_1 | I(q)

6fi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the IS608 transposase in complex with left end 29-mer DNA hairpin and a 6-mer DNA representing the intact target site: pre-cleavage target capture complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Putative transposase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6fi8__assembly_1__model_1

6fi8__assembly_1__model_1 | I(q)

6fi8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)