SAXSdb — 6fm4

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

Staphylococcus aureus (strain N315)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-5UAD(PGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-5UAD(PGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGPGP*C)-3') ; × 1 MANGANESE (II) ION × 3 5'-O-CARBOXY-2'-DEOXYADENOSINE × 2 ~{N}-[3-(4-isoquinolin-1-ylpiperazin-1-yl)propyl]benzamide × 1 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRB_STAAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–135； UniProt 409–543 作者链 B； PDB构建体 138–202； UniProt 580–644 作者链 D； PDB构建体 1–135； UniProt 409–543 作者链 D； PDB构建体 138–202； UniProt 580–644

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

Staphylococcus aureus (strain N315)

UniProt Q99XG5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 2 DNA 2	;DNA (5'-5UAD(PGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-5UAD(PGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGPGP*C)-3') ; × 1 MANGANESE (II) ION × 3 5'-O-CARBOXY-2'-DEOXYADENOSINE × 2 ~{N}-[3-(4-isoquinolin-1-ylpiperazin-1-yl)propyl]benzamide × 1 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GYRA_STAAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 203–692； UniProt 2–491 作者链 D； PDB构建体 203–692； UniProt 2–491

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6fm4
沉积日期 deposition_date	2018-01-30
结构标题 title	The crystal structure of S. aureus Gyrase complex with ID-130 and DNA
关键词 keywords	NBTIs, BACTERIAL TOPOISOMERASE, GYRASE, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6fm4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6fm4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6fm4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.03 Å
Rg（电子密度）	36.80 Å
总 Rg	37.19 Å
原子数	11437
残基数	1379
排除体积	200390 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6fm4__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A
分子量 formula_weight	78109.0 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
突变 mutation	Y1123F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D
原子数 atom_count	11536

MDVASLPGKLADCSSKSPEECEIFLVEGDSAGGSTKSGRDSRTQAILPLRGKILNVEKARLDRILNNNEIRQMITAFGTGIGGDFDLAKARYHKIVIMTDADVDGAHIRTLLLTFFYRFMRPLIEAGYVYIAQPPTGYKGLGEMNADQLWETTMNPEHRALLQVKLEDAIEADQTFEMLMGDVVENRRQFIEDNAVYANLDFAELPQSRINERNITSEMRESFLDYAMSVIVARALPDVRDGLKPVHRRILYGLNEQGMTPDKSYKKSARIVGDVMGKYHPHGDSSIYEAMVRMAQDFSYRYPLVDGQGNFGSMDGDGAAAMRFTEARMTKITLELLRDINKDTIDFIDNYDGNEREPSVLPARFPNLLANGASGIAVGMATNIPPHNLTELINGVLSLSKNPDISIAELMEDIEGPDFPTAGLILGKSGIRRAYETGRGSIQMRSRAVIEERGGGRQRIVVTEIPFQVNKARMIEKIAELVRDKKIDGITDLRDETSLRTGVRVVIDVRKDANASVILNNLYKQTPLQTSFGVNMIALVNGRPKLINLKEALVHYLEHQKTVVRRRTQYNLRKAKDRAHILEGLRIALDHIDEIISTIRESDTDKVAMESLQQRFKLSEKQAQAILDMRLRRLTGLERDKIEAEYNELLNYISELETILADEEVLLQLVRDELTEIRDRFGDDRRTEIQLG

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus (strain N315)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	158879
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-5UAD(PGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGPGPCPT)-3') ;
分子量 formula_weight	5822.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GCCGTAGGGCCCTACGGCT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-5UAD(PGPCPCPGPTPAPGPGPGPCPCPCPTPAPCPGPGP*C)-3') ;
分子量 formula_weight	5518.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F

GCCGTAGGGCCCTACGGC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	5'-O-CARBOXY-2'-DEOXYADENOSINE
分子量 formula_weight	295.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	~{N}-[3-(4-isoquinolin-1-ylpiperazin-1-yl)propyl]benzamide
分子量 formula_weight	374.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	62

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6fm4B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	6fm4D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

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晶胞边长 a length_a	92.951 Å
晶胞边长 b length_b	92.951 Å
晶胞边长 c length_c	407.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61
空间群编号 int_tables_number	169
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	43.050 Å
R 因子 r_factor	0.2284
R_work r_work	0.2245
R_free r_free	0.2999

The crystal structure of S. aureus Gyrase complex with ID-130 and DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6fm4__assembly_1__model_1

6fm4__assembly_1__model_1 | I(q)

6fm4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

The crystal structure of S. aureus Gyrase complex with ID-130 and DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit B,DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6fm4__assembly_1__model_1

6fm4__assembly_1__model_1 | I(q)

6fm4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)