6fve

Macrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) with Covalently Bound FITC

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Macrophage migration inhibitory factor

Homo sapiens

UniProt P14174

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–115 链 B; UniProt 2–115 链 C; UniProt 2–115 未记录 6B9 2-(6-hydroxy-3-oxo-3H-xanthen-9-yl)-5-[(E)-(sulfanylmethylidene)amino]benzoic acid × 3 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;298 K;Ammonium Sulfate, 0.1M Hepes pH 7.0 分辨率 1.41 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 117 个其他 PDB 条目、132 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MIF_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 B; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115 作者链 C; PDB构建体 1–114; UniProt 2–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6fve

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6fve
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6fve
沉积日期 deposition_date2018-03-02
结构标题 titleMacrophage Migration Inhibitory Factor (MIF) with Covalently Bound FITC
关键词 keywordsISOMERASE INHIBITOR, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.09
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.89
零角强度 I(0) i025296200.00
分子量 molecular_weight38309.0 kDa
排除体积 excluded_volume47745 ų
包络体积 envelope_volume53715 ų
水化壳体积 shell_volume22868 ų
包络直径 envelope_diameter58.1
壳层 Rg shell_rg26.15
包络 Rg envelope_rg18.96
形状 Rg shape_rg18.91
总 Rg total_rg19.74
总原子数 total_atoms2690
残基数 n_residues342
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.8
Rg (实空间) rg_real19.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.29
I(0) (实空间) i0_real2.5300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8900e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal25300000.0000
解质量估计 total_estimate0.9003
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.5
偏度 Skewness skewness0.026
峰度 Kurtosis kurtosis-0.537
角度范围 angular_range— – 0.3950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha6405000.0000
实空间数据点数 n_real_points71
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.916; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.969; Smooth: 0.986

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd6fvea_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd6fveb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related
结构域编号 domain_idd6fvec_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.80 — Tautomerase/MIF
超家族 Superfamily superfamilyd.80.1 — Tautomerase/MIF
家族 Family familyd.80.1.3 — MIF-related

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6fveA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fveB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
结构域编号 domain_id6fveC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology429 — Macrophage Migration Inhibitory Factor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Macrophage Migration Inhibitory Factor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)