SAXSdb — 6g0c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA

Legionella pneumophila

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 213–907	未记录	1PS 3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7；300 K；100mM Bis Tris Propane pH 7.0-8.0, 0.1-0.2M sodium citrate tribasic dihydrate, 20-30% PEG 3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.293

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6G0C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 756–905（150 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris	分辨率 2.06 Å R-free 0.269
5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 756–905（150 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris	分辨率 2.06 Å R-free 0.269
5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 756–905（150 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris	分辨率 2.06 Å R-free 0.269
5YSJ SdeA mART-C domain WT apo 提交 2017-11-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 756–905（150 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris	分辨率 2.06 Å R-free 0.269
5YSK SdeA mART-C domain EE/AA apo 提交 2017-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 756–905（150 aa）	突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
5YSK SdeA mART-C domain EE/AA apo 提交 2017-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 756–905（150 aa）	突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
5YSK SdeA mART-C domain EE/AA apo 提交 2017-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 756–905（150 aa）	突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
5YSK SdeA mART-C domain EE/AA apo 提交 2017-11-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 756–905（150 aa）	突变：E860A, E862A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG400, Tris	分辨率 2.40 Å R-free 0.261
6WTG SdeA DUB Domain in complex with Ubiquitin 提交 2020-05-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–193（193 aa）	突变：C118A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；0.1 M bicine pH 9.0, 65% (v/v) MPD	分辨率 2.63 Å R-free 0.243
7MIR Cryo-EM structure of SidJ-SdeA-CaM reaction intermediate complex 提交 2021-04-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 231–1190（960 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 6.5；25 mM Bis-tris pH 6.5, 100 mM NaCl, 1 mM TCEP, 2 mM MgCl2, 1 mM ATP cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.50 Å
7PPO Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in pre-glutamylation state 提交 2021-09-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 231–1190（960 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.91 Å
7PQE Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in post-catalysis state 提交 2021-09-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 231–1190（960 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
9R3T C-terminal domain of SdeA Legionella effector 提交 2025-05-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1158–1499（342 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium/ potassium phosphate pH-7.5, 50% PEG 200	分辨率 1.98 Å R-free 0.250
9R3T C-terminal domain of SdeA Legionella effector 提交 2025-05-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 1158–1499（342 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 24	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M sodium chloride, 0.1 M sodium/ potassium phosphate pH-7.5, 50% PEG 200	分辨率 1.98 Å R-free 0.250

共 7 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SDEA_LEGPH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–695； UniProt 213–907

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6g0c
沉积日期 deposition_date	2018-03-17
结构标题 title	Crystal structure of SdeA catalytic core
关键词 keywords	ubiquitination SdeA, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	32.27 Å
零角强度 I(0) i0	78685000.00
分子量 molecular_weight	68962.0 kDa
排除体积 excluded_volume	85794 Å³
包络体积 envelope_volume	117030 Å³
水化壳体积 shell_volume	32105 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.5 Å
壳层 Rg shell_rg	36.83 Å
包络 Rg envelope_rg	31.91 Å
形状 Rg shape_rg	32.29 Å
总 Rg total_rg	32.63 Å
总原子数 total_atoms	9450
残基数 n_residues	624
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	107.9 Å
Rg (实空间) rg_real	32.83 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.91 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.8690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.77 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	78680000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8817
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.374
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.571
角度范围 angular_range	— – 0.2400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	8369000.0000
实空间数据点数 n_real_points	49
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.892; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.879; Smooth: 0.901

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA
分子量 formula_weight	78978.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-,2.3.2.-,2.4.2.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	9450

EMSVKPTAPQDKSVPVWNGFSLYTDDTVKAAAQYAYDNYLGKPYTGSVESAPANFGGRMVYRQHHGLSHTLRTMAYAELIVEEARKAKLRGETLGKFKDGRTIADVTPQELKKIMIAQAFFVAGRDDEASDAKNYQKYHEQSRDAFLKYVKDNESTLIPDVFKDQEDVNFYARVIEDKSHDWESTPAHVLINQGHMVDLVRVKQPPESFLQRYFSSMQRWIGSQATEAVFGIQRQFFHATYEVVAGFDSDNKEPHLVVSGLGRYVIGEDGQPIREAPKKGQKEGDLKVFPQTYKLKENERLMRVDEFLKLPEIQNTFPGSGKHLQGGMPGMNEMDYWNRLNSLNRARCENDVDFCLKQLQTAHDKAKIEPIKQAFQSSKGKERRQPNVDEIAAARIIQQILANPDCIHDDHVLINGQKLEQQFFRDLLAKCEMAVVGSLLNDTDIGNIDTLMRHEKDTEFHSTNPEAVPVKIGEYWINDQRINNSSGNITQKKHDLIFLMQNDAWYFSRVNAIAQNRDKGSTFKEVLITTLMTPLTSKALVDTSQAKPPTRLFRGLNLSEEFTKGLIDQANAMIANTTERLFTDHSPEAFKQIKLNDLSKMSGRTNASTTTEIKLVKETWDSNVIFEMLDPDGLLHSKQVGRHGEGTESEFSVYLPEDVALVPVKVTLDGKTQKGENRYVFTFVAVKSPDFTPRH

来源 Source

来源生物 organism	Legionella pneumophila
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	446
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	3-PYRIDINIUM-1-YLPROPANE-1-SULFONATE
分子量 formula_weight	201.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.721 Å
晶胞边长 b length_b	80.824 Å
晶胞边长 c length_c	86.518 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.57 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.802 Å
最低分辨率 resolution_low	44.216 Å
R 因子 r_factor	0.2597
R_work r_work	0.2578
R_free r_free	0.2932

fit	/app/data/saxs_computation/g0/6g0c/6g0c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g0/6g0c/6g0c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g0/6g0c/6g0c.dat

Crystal structure of SdeA catalytic core

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction