6g17

Non-aged form of Torpedo californica acetylcholinesterase inhibited by nerve agent tabun

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 78.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acetylcholinesterase

物种未注明

UniProt P04058

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 22–558 未记录 NTJ R-ETHYL N,N-DIMETHYLPHOSPHONAMIDATE × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;277 K;150mM MES pH 5.6 36% PEG200 分辨率 2.20 Å R-free 0.214

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 124 个其他 PDB 条目、125 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ACES_TETCF
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–537; UniProt 22–558

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6g17

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6g17
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6g17
沉积日期 deposition_date2018-03-20
结构标题 titleNon-aged form of Torpedo californica acetylcholinesterase inhibited by nerve agent tabun
关键词 keywordsacetylcholinesterase, tabun, nerve agent, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.02
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.71
零角强度 I(0) i060790100.00
分子量 molecular_weight61518.0 kDa
排除体积 excluded_volume77118 ų
包络体积 envelope_volume87138 ų
水化壳体积 shell_volume30685 ų
包络直径 envelope_diameter79.4
壳层 Rg shell_rg31.06
包络 Rg envelope_rg23.04
形状 Rg shape_rg22.66
总 Rg total_rg23.76
总原子数 total_atoms4337
残基数 n_residues532
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax78.9
Rg (实空间) rg_real23.85
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43
I(0) (实空间) i0_real6.0790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error7.5560e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.89
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60790000.0000
解质量估计 total_estimate0.8800
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks0
主峰位置 r_peak_primary
偏度 Skewness skewness0.158
峰度 Kurtosis kurtosis-0.398
角度范围 angular_range— – 0.3300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha17650000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.996

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd6g17a_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.1 — Acetylcholinesterase-like

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id6g17A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)