SAXSdb — 6g1y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriophytochrome protein

Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	;3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(E)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{(Z)-[(3E,4S)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-ylidene]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid ; × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A9CI81_AGRFC
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–501； UniProt 1–501 作者链 B； PDB构建体 1–501； UniProt 1–501

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6g1y
沉积日期 deposition_date	2018-03-22
结构标题 title	Crystal structure of the photosensory core module (PCM) of a bathy phytochrome from Agrobacterium fabrum in the Pfr state.
关键词 keywords	;SIGNALING PROTEIN, PHYTOCHROME, BACTERIOPHYTOCHROME, BILIN CHROMOPHORE, PHOTOISOMERIZATION, SIGNAL TRANSDUCTION, PFR STATE, LIGHT ADAPTATION, BATHY PHYTOCHROME, METHYLATION, PHOTOSENSORY CORE MODULE ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6g1y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6g1y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6g1y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.71 Å
Rg（电子密度）	34.72 Å
总 Rg	35.16 Å
原子数	7764
残基数	980
排除体积	137480 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6g1y__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bacteriophytochrome protein
分子量 formula_weight	56490.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8040

MASTDYHVDLTNCDREPIHIPGYIQPHGCLIACDNAMRMVLRHSENCGELLGLEGDLNGRTAEDVLGKKLVHDLRNALTVTGRTTRPAMLPAMETSDGRSFDISLHRYKSTTIIEFEPSGSDAQPLGTARKMVDRIREADSVESLISRTTRLVKATLGYDRVMIYRFQEDGAGKVVSEAKQPELESFLGQYFPASDIPQQARALYLKNTLRIISDASGTRIPVLPAVDVSGEPLDLSYAHLRSVSPIHCEYLRNMGVAASMSISVIVDGALWGLIACHHYSPRVLSMPVRIAAEMFGEFFSMHLQVLKQKRRLDTINHAHAALDRFLRLAAHHANIEELLVDSFQDFADLMPCDGVGLWVGNNWHGHGATPPHDAIPRLARFVASASEGRVWATHALSQAIPEAEIYAGTAAGMLAIPLSQVKSDYLLFFRKEIVQNLNWAGNPEKSYETGPMGDRLTPRKSFAIWKETVRLQAQPWSEADREIAEAARIALVEVAFHHSEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970)
通用名 common_name	Agrobacterium tumefaciens (strain C58)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	176299
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Bacteriophytochrome protein
分子量 formula_weight	56503.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MASTDYHVDLTNCDREPIHIPGYIQPHGCLIACDNAMRMVLRHSENCGELLGLEGDLNGRTAEDVLGKKLVHDLRNALTVTGRTTRPAMLPAMETSDGRSFDISLHRYKSTTIIEFEPSGSDAQPLGTARKMVDRIREADSVESLISRTTRLVKATLGYDRVMIYRFQEDGAGKVVSEAKQPELESFLGQYFPASDIPQQARALYLKNTLRIISDASGTRIPVLPAVDVSGEPLDLSYAHLRSVSPIHCEYLRNMGVAASMSISVIVDGALWGLIACHHYSPRVLSMPVRIAAEMFGEFFSMHLQVLKQKRRLDTINHAHAALDRFLRLAAHHANIEELLVDSFQDFADLMPCDGVGLWVGNNWHGHGATPPHDAIPRLARFVASASEGRVWATHALSQAIPEAEIYAGTAAGMLAIPLSQVKSDYLLFFRKEIVQNLNWAGNPEKSYETGPMGDRLTPRKSFAIWKETVRLQAQPWSEADREIAEAARIALVEVAFHHSEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Agrobacterium fabrum (strain C58 / ATCC 33970)
通用名 common_name	Agrobacterium tumefaciens (strain C58)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	176299
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;3-[(2Z)-2-({3-(2-carboxyethyl)-5-[(E)-(4-ethenyl-3-methyl-5-oxo-1,5-dihydro-2H-pyrrol-2-ylidene)methyl]-4-methyl-1H-pyrrol-2-yl}methylidene)-5-{(Z)-[(3E,4S)-3-ethylidene-4-methyl-5-oxopyrrolidin-2-ylidene]methyl}-4-methyl-2H-pyrrol-3-yl]propanoic acid ;
分子量 formula_weight	584.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	202

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	6g1yA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GAF domain

结构域编号 domain_id	6g1yA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

结构域编号 domain_id	6g1yB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — GAF domain

结构域编号 domain_id	6g1yB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	450 — Beta-Lactamase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — PAS domain

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晶胞边长 a length_a	74.520 Å
晶胞边长 b length_b	93.360 Å
晶胞边长 c length_c	174.420 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	45.090 Å
R 因子 r_factor	0.2030
R_work r_work	0.2010
R_free r_free	0.2410

Crystal structure of the photosensory core module (PCM) of a bathy phytochrome from Agrobacterium fabrum in the Pfr state.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriophytochrome protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6g1y__assembly_1__model_1

6g1y__assembly_1__model_1 | I(q)

6g1y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the photosensory core module (PCM) of a bathy phytochrome from Agrobacterium fabrum in the Pfr state.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriophytochrome protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6g1y__assembly_1__model_1

6g1y__assembly_1__model_1 | I(q)

6g1y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)