ELAV-like protein 1
Homo sapiens
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–RNA 同源多聚体 蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明:trimeric(3) 与全部聚合物数一致 | 链 A; UniProt 270–353 链 B; UniProt 270–353 | 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | ;RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*UP*U)-3') ; × 1 SO4 SULFATE ION × 1 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M TRIS pH 8.5 and 2.25 M ammonium sulphate | 分辨率 2.01 Å R-free 0.235 |
| 2 | 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 | 链 C; UniProt 270–353 | 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 无其他共同聚合物 | X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M TRIS pH 8.5 and 2.25 M ammonium sulphate | 分辨率 2.01 Å R-free 0.235 |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 6G2K | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3HI9 The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution 提交 2009-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
18–99(82 aa)
片段:RRM1 domain: UNP residues 18-99
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 3HI9 The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution 提交 2009-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
18–99(82 aa)
片段:RRM1 domain: UNP residues 18-99
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 3HI9 The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution 提交 2009-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
18–99(82 aa)
片段:RRM1 domain: UNP residues 18-99
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 3HI9 The x-ray crystal structure of the first RNA recognition motif (RRM1) of the AU-rich element (ARE) binding protein HuR at 2.0 angstrom resolution 提交 2009-05-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
18–99(82 aa)
片段:RRM1 domain: UNP residues 18-99
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.6;293 K;0.2 M Di-ammonium citrate, 20% w/v PEG 3350, 5% Glycerol, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.232 |
| 4ED5 Crystal structure of the two N-terminal RRM domains of HuR complexed with RNA 提交 2012-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
18–186(169 aa)
片段:RRM1/RRM2 domains, UNP RESIDUES 18-186
|
未记录 | GOL GLYCEROL × 7 M2M 1-METHOXY-2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;287 K;18% PEG 5000, 0.1M HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.257 |
| 4ED5 Crystal structure of the two N-terminal RRM domains of HuR complexed with RNA 提交 2012-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 B
18–186(169 aa)
片段:RRM1/RRM2 domains, UNP RESIDUES 18-186
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.5;287 K;18% PEG 5000, 0.1M HEPES, pH7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
|
分辨率 2.00 Å R-free 0.257 |
| 4EGL Crystal structure of two tandem RNA recognition motifs of Human antigen R 提交 2012-03-31 | 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
18–186(169 aa)
片段:N-terminal RRM1 and RRM2 domain, UNP residues 18-186
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;287 K;1.5M Lithium sulfate monohydrate, 0.1M Tris, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.294 |
| 4FXV Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sapiens at 1.90 A resolution 提交 2012-07-03 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
20–99(80 aa)
片段:RRM 1 domain residues 20-99
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.3;277 K;0.200M NH4Cl, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.235 |
| 4FXV Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sapiens at 1.90 A resolution 提交 2012-07-03 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 B
20–99(80 aa)
片段:RRM 1 domain residues 20-99
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.3;277 K;0.200M NH4Cl, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.235 |
| 4FXV Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sapiens at 1.90 A resolution 提交 2012-07-03 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
20–99(80 aa)
片段:RRM 1 domain residues 20-99
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.3;277 K;0.200M NH4Cl, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.235 |
| 4FXV Crystal structure of an ELAV-like protein 1 (ELAVL1) from Homo sapiens at 1.90 A resolution 提交 2012-07-03 | 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 D
20–99(80 aa)
片段:RRM 1 domain residues 20-99
|
非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.3;277 K;0.200M NH4Cl, 20.00% PEG-3350, No Buffer pH 6.3, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.235 |
| 5SZW NMR solution structure of the RRM1 domain of the post-transcriptional regulator HuR 提交 2016-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
28–126(99 aa)
片段:UNP residues 28-126
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
SOLUTION NMR
NMR测量条件
pH 6;298 K;离子强度(mmCIF原始值)100;压力 1
NMR样品组成
1.5 mM [U-15N] HuR_RRM1, 30 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成
1.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HuR_RRM1, 30 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
|
分辨率未提供 |
| 6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 A
241–326(86 aa)
链 B
241–326(86 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP
precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.231 |
| 6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:tetrameric |
链 C
241–326(86 aa)
链 D
241–326(86 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP
precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.231 |
| 6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 A
241–326(86 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP
precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.231 |
| 6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 B
241–326(86 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP
precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.231 |
| 6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 5 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 C
241–326(86 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP
precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.231 |
| 6GC5 Molecular basis for AU-rich element recognition and dimerization by the HuR C-terminal RRM 提交 2018-04-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 6 蛋白–RNA 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:dimeric |
链 D
241–326(86 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8;298 K;20 mM Tris (pH8), 100 mM NaCl, 10% (w/v) Glycerol, 1mM TCEP
precipitant: 2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris well
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.231 |
| 6GD1 Structure of HuR RRM3 提交 2018-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric |
链 A
243–326(84 aa)
链 B
243–326(84 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 4 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;293 K;23% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate
|
分辨率 2.01 Å R-free 0.244 |
| 6GD2 Structure of HuR RRM3 in complex with RNA 提交 2018-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:trimeric |
链 A
243–326(84 aa)
链 B
243–326(84 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.245 |
| 6GD2 Structure of HuR RRM3 in complex with RNA 提交 2018-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 C
243–326(84 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.1 M HEPES pH 7.5, 10% (w/v) PEG 8000
|
分辨率 1.90 Å R-free 0.245 |
| 6GD3 Structure of HuR RRM3 in complex with RNA (UAUUUA) 提交 2018-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白单体 单体;蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric |
链 A
243–326(84 aa)
|
未记录 | NA SODIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 0.05 M sodium cacodylate pH 6.5 and 10 % (w/v) PEG 4000
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.189 |
| 6GD3 Structure of HuR RRM3 in complex with RNA (UAUUUA) 提交 2018-04-21 | 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 同源多聚体;蛋白 × 2 PDB 声明:trimeric |
链 B
243–326(84 aa)
链 C
243–326(84 aa)
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;293 K;0.2 M ammonium acetate, 0.01 M calcium chloride, 0.05 M sodium cacodylate pH 6.5 and 10 % (w/v) PEG 4000
|
分辨率 1.35 Å R-free 0.189 |
| 9W2F Cryo-EM structure of DDB1-CRBN in complex with dHuR-2 and HuR 提交 2025-07-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物;蛋白 × 3 PDB 声明:trimeric |
链 C
15–99(85 aa)
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 A1EUN (3S)-3-[6-[1-[(4-methoxyphenyl)methyl]pyrazol-4-yl]-1-benzofuran-3-yl]piperidine-2,6-dione × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
共 10 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
查看构建体与数据证据
| UniProt名称 | ELAV1_HUMAN |
| Isoform | Q15717-2 |
| PDB实体 | 2 |
| 链与序列区间 | 作者链 A; PDB构建体 2–85; UniProt 270–353 作者链 B; PDB构建体 2–85; UniProt 270–353 作者链 C; PDB构建体 2–85; UniProt 270–353 |