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6g2n

Crystal structure of human cytosolic 5'(3')-deoxyribonucleotidase in complex with the inhibitor PB-PAU

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'(3')-deoxyribonucleotidase, cytosolic type ;

Homo sapiens

UniProt Q8TCD5

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 MAGNESIUM ION × 2 ;[(2~{R},4~{a}~{R},6~{R},7~{a}~{R})-6-[2,4-bis(oxidanylidene)-5-[(~{E})-3-phosphonoprop-1-enyl]pyrimidin-1-yl]-2-phenyl-4~{a},6,7,7~{a}-tetrahydro-4~{H}-furo[3,2-d][1,3]dioxin-2-yl]phosphonic acid ; × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
2i7d 4l57 4yih 6g2n

共 4 个 assembly

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物

暂无

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NT5C_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 6–205； UniProt 2–201 作者链 B； PDB构建体 6–205； UniProt 2–201

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6g2n
沉积日期 deposition_date2018-03-23
结构标题 titleCrystal structure of human cytosolic 5'(3')-deoxyribonucleotidase in complex with the inhibitor PB-PAU
关键词 keywords;5'-nucleotidase, dephosphorylation, phosphorylation, HAD-like, mitochondria, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex, HYDROLASE ;; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6g2n__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6g2n__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6g2n__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）23.55 Å
Rg（电子密度）22.52 Å
总 Rg23.34 Å
原子数3197
残基数380
排除体积56689 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 6g2n__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd6g2na_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamilyc.108.1 — HAD-like
家族 Family familyc.108.1.8 — 5'(3')-deoxyribonucleotidase (dNT-2)
结构域编号 domain_idd6g2nb_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.108 — HAD-like
超家族 Superfamily superfamilyc.108.1 — HAD-like
家族 Family familyc.108.1.8 — 5'(3')-deoxyribonucleotidase (dNT-2)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id6g2nA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1000 — HAD superfamily/HAD-like
结构域编号 domain_id6g2nA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology40 — Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Deoxyribonucleotidase; domain 2
结构域编号 domain_id6g2nB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1000 — HAD superfamily/HAD-like
结构域编号 domain_id6g2nB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology40 — Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — Deoxyribonucleotidase; domain 2
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7. 引用文献 (1)