6g3p

X-ray structure of seleno-methionine labelled NSD3-PWWP1

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.4 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase NSD3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 247–398	片段：UNP residues 247-398 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；50 mM TRIS pH 9.0, 23% PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 247–398	片段：UNP residues 247-398 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；50 mM TRIS pH 9.0, 23% PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 247–398	片段：UNP residues 247-398 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；50 mM TRIS pH 9.0, 23% PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.262
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 247–398	片段：UNP residues 247-398 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；50 mM TRIS pH 9.0, 23% PEG3350	分辨率 2.80 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6G3P	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2DAQ Solution structure of second PWWP domain of WHSC1L1 protein 提交 2005-12-14	构建体不同突变/修饰不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 957–1053（97 aa）片段：PWWP domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）120；压力 ambient NMR样品组成 0.60mM PWWP domain; U-15N, 13C; 20mM d-Tris-HCl(pH 7.0); 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2NCZ Solution NMR structures of BRD4 ET domain in complex with NSD3_1 peptide 提交 2016-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 152–163（12 aa）片段：residues 152-163	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2ND1 Solution NMR structures of BRD4 ET domain in complex with NSD3_3 peptide 提交 2016-04-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 593–605（13 aa）片段：residues 593-605	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 10 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM [U-100% 2H] DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4GND Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1310–1413（104 aa）片段：UNP RESIDUES 1310-1413	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；283 K；0.1M Hepes, 1.1M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.27 Å R-free 0.219
4GND Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1310–1413（104 aa）片段：UNP RESIDUES 1310-1413	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；283 K；0.1M Hepes, 1.1M Sodium Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 2.27 Å R-free 0.219
4GNE Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-7 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1310–1413（104 aa）片段：UNP RESIDUES 1310-1413	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；283 K；0.1M Tris-HCl pH 7.0, 30% (w/v) PEG 3000, 0.2M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.47 Å R-free 0.178
4GNF Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3 peptide 1-15 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1310–1413（104 aa）片段：UNP RESIDUES 1310-1413	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；283 K；0.1M Hepes pH 7.5, 70% v/v MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.55 Å R-free 0.205
4GNG Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1310–1413（104 aa）片段：UNP RESIDUES 1310-1413	未记录	ZN ZINC ION × 4 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.73 Å R-free 0.214
4GNG Crystal Structure of NSD3 tandem PHD5-C5HCH domains complexed with H3K9me3 peptide 提交 2012-08-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1310–1413（104 aa）片段：UNP RESIDUES 1310-1413	未记录	ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；283 K；0.1M Mes pH 6.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 283K	分辨率 1.73 Å R-free 0.214
4RXJ crystal structure of WHSC1L1-PWWP2 提交 2014-12-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 953–1064（112 aa）	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 16	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 3.5；293 K；25% w/v PEG3350, 10% citric acid, pH 3.5, vapor diffusion, temperature 293K, VAPOR DIFFUSION	分辨率 2.10 Å R-free 0.272
5UPD Methyltransferase domain of human Wolf-Hirschhorn Syndrome Candidate 1-Like protein 1 (WHSC1L1) 提交 2017-02-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1054–1285（232 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 17 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG-5000-MME, 0.1 M bis-tris, 0.02 M sarcosine	分辨率 1.80 Å R-free 0.218
6CEN Crystal Structure of WHSC1L1 in Complex with Inhibitor PEP21 提交 2018-02-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1058–1285（228 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M Bis-Tris pH 6.5, 20% w/v PEG5000MME	分辨率 1.61 Å R-free 0.215
6G24 X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 3 提交 2018-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 263–398（136 aa）	未记录	EH2 2-[(~{E})-2-thiophen-2-ylethenyl]benzoic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols	分辨率 2.10 Å R-free 0.235
6G25 X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 4 提交 2018-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 263–398（136 aa）	未记录	EHQ 3,5-dimethyl-4-(4-pyridin-4-yl-1~{H}-pyrazol-3-yl)-1,2-oxazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols	分辨率 1.43 Å R-free 0.229
6G27 X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 5 提交 2018-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 263–398（136 aa）	未记录	EHE 5-methyl-6-phenyl-2-piperidin-4-yl-pyridazin-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols	分辨率 1.65 Å R-free 0.227
6G29 X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 6 提交 2018-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 263–398（136 aa）	未记录	EHK 5-methyl-2-piperidin-4-yl-6-pyridin-4-yl-pyridazin-3-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols	分辨率 1.70 Å R-free 0.210
6G2B X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 8 提交 2018-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 263–398（136 aa）	未记录	EH8 4-(3-methyl-5-phenyl-imidazol-4-yl)pyridine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols	分辨率 1.61 Å R-free 0.225
6G2C X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 9 提交 2018-03-22	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 263–398（136 aa）	未记录	EHT 3,5-dimethyl-4-(1-methyl-5-pyridin-4-yl-imidazol-4-yl)-1,2-oxazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols	分辨率 1.76 Å R-free 0.230
6G2E X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 13 提交 2018-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 263–398（136 aa）	未记录	EHH [3,5-dimethyl-4-(1-methyl-5-pyridin-4-yl-imidazol-4-yl)phenyl]methanamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols	分辨率 1.85 Å R-free 0.252
6G2F X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound 16 提交 2018-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 263–398（136 aa）	未记录	EHW 4-[5-(7-fluoranylquinolin-4-yl)-1-methyl-imidazol-4-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols	分辨率 1.74 Å R-free 0.211
6G2O X-ray structure of NSD3-PWWP1 in complex with compound BI-9321 提交 2018-03-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 263–398（136 aa）	未记录	EJE [4-[5-(7-fluoranylquinolin-4-yl)-1-methyl-imidazol-4-yl]-3,5-dimethyl-phenyl]methanamine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；277 K；100mM Morpheus Buffer 3, 30% P550MME_P20K, 10% Morpheus Ethylene glycols	分辨率 1.81 Å R-free 0.224
6G3T X-ray structure of NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 247–398（152 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM HEPES pH 7.8, 28% PEG3350, 2% PEG200, 1.5% 1,2-Butandiol	分辨率 2.53 Å R-free 0.274
6G3T X-ray structure of NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 247–398（152 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM HEPES pH 7.8, 28% PEG3350, 2% PEG200, 1.5% 1,2-Butandiol	分辨率 2.53 Å R-free 0.274
6G3T X-ray structure of NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 247–398（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM HEPES pH 7.8, 28% PEG3350, 2% PEG200, 1.5% 1,2-Butandiol	分辨率 2.53 Å R-free 0.274
6G3T X-ray structure of NSD3-PWWP1 提交 2018-03-26	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 247–398（152 aa）	未记录	EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM HEPES pH 7.8, 28% PEG3350, 2% PEG200, 1.5% 1,2-Butandiol	分辨率 2.53 Å R-free 0.274
7CRP NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (1:1 binding mode) 提交 2020-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 I 680–1437（758 aa）	突变：E1181K, T1232A	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7CRQ NSD3 bearing E1181K/T1232A dual mutation in complex with 187-bp NCP (2:1 binding mode) 提交 2020-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 I 680–1437（758 aa）链 L 680–1437（758 aa）	突变：E1181K, T1232A 突变：E1181K, T1232A	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane	分辨率 3.15 Å
7CRR Native NSD3 bound to 187-bp nucleosome 提交 2020-08-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 I 680–1437（758 aa）	未记录	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 3	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blotted for 3 s before being plunged into liquid ethane	分辨率 3.48 Å
7JYN Solution NMR structure of human Brd3 ET complexed with NSD3(148-184) peptide 提交 2020-08-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 148–184（37 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NaCl；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NSD3(148-184), 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.25 mM NSD3(148-184), 0.25 mM U-100% 13C; U-100% 15 Brd3ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.25 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] NSD3(148-184), 0.2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Brd3ET, 100 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 2 mM 2-mercaptoethanol, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供

共 24 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NSD3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–153； UniProt 247–398 作者链 B； PDB构建体 2–153； UniProt 247–398 作者链 C； PDB构建体 2–153； UniProt 247–398 作者链 D； PDB构建体 2–153； UniProt 247–398

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6g3p
沉积日期 deposition_date	2018-03-26
结构标题 title	X-ray structure of seleno-methionine labelled NSD3-PWWP1
关键词 keywords	Inhibitor, PWWP domain, ONCOPROTEIN; ONCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.42 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.74 Å
零角强度 I(0) i0	55670400.00
分子量 molecular_weight	57082.0 kDa
排除体积 excluded_volume	70854 Å³
包络体积 envelope_volume	93454 Å³
水化壳体积 shell_volume	28635 Å³
包络直径 envelope_diameter	99.9 Å
壳层 Rg shell_rg	34.32 Å
包络 Rg envelope_rg	27.81 Å
形状 Rg shape_rg	27.71 Å
总 Rg total_rg	28.51 Å
总原子数 total_atoms	4014
残基数 n_residues	465
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.4 Å
Rg (实空间) rg_real	28.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.71 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5670e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.44 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	55670000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7171
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	28.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.299
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.508
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	11840000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.953

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.040 Å
晶胞边长 b length_b	88.550 Å
晶胞边长 c length_c	77.970 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.08 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	17.280 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2190
R_free r_free	0.2620

描述 description	Histone-lysine N-methyltransferase NSD3
分子量 formula_weight	18071.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.43
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	4067

X-ray structure of seleno-methionine labelled NSD3-PWWP1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Histone-lysine N-methyltransferase NSD3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	53

fit	/app/data/saxs_computation/g3/6g3p/6g3p.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g3/6g3p/6g3p.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g3/6g3p/6g3p.dat