SAXSdb — 6g8r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear body protein SP140

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	single-chain variable fragment × 1 1,2-ETHANEDIOL × 2 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SP140_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–177； UniProt 687–862

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6g8r
沉积日期 deposition_date	2018-04-09
结构标题 title	SP140 PHD-Bromodomain complex with scFv
关键词 keywords	;Epigenetics PHD Bromodomain Short-chain variable fragment, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, PEPTIDE BINDING PROTEIN ;; PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6g8r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6g8r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6g8r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.12 Å
Rg（电子密度）	23.67 Å
总 Rg	24.33 Å
原子数	3050
残基数	391
排除体积	53978 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6g8r__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	single-chain variable fragment
分子量 formula_weight	26590.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3063

EVQLLESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFYGSGMGWVRQAPGKGLEWVSSIYSGSGSTYYADSVKGRFTISRDNSKNTLYLQMNSLRAEDTAVYYCARTSIYYYYMDYWGQGTLVTVSSGGGGSGGGGSGGGGSDIQMTQSPSSLSASVGDRVTITCRASQSISSYLNWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQSSSLFTFGQGTKLEIKRTAENLYFQS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nuclear body protein SP140
分子量 formula_weight	23512.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

SMRNLDECEVCRDGGELFCCDTCSRVFHEDCHIPPVEAERTPWNCIFCRMKESPGSQQCCQESEVLERQMCPEEQLKCEFLLLKVYCCSESSFFAKIPYYYYIREACQGLKEPMWLDKIKKRLNEHGYPQVEGFVQDMRLIFQNHRASYKYKDFGQMGFRLEAEFEKNFKEVFAIQESSKGGYGLNDIFEAQKIEWHE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	13

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6g8ra1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6g8ra2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6g8rA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	6g8rB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Herpes Virus-1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger)

结构域编号 domain_id	6g8rB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	920 — Histone Acetyltransferase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Bromodomain-like

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晶胞边长 a length_a	89.200 Å
晶胞边长 b length_b	89.200 Å
晶胞边长 c length_c	343.350 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.740 Å
最低分辨率 resolution_low	64.110 Å
R 因子 r_factor	0.2169
R_work r_work	0.2152
R_free r_free	0.2492

SP140 PHD-Bromodomain complex with scFv

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear body protein SP140

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6g8r__assembly_1__model_1

6g8r__assembly_1__model_1 | I(q)

6g8r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

SP140 PHD-Bromodomain complex with scFv

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nuclear body protein SP140

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6g8r__assembly_1__model_1

6g8r__assembly_1__model_1 | I(q)

6g8r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)