SAXSdb — 6g8w

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Golgi reassembly-stacking protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 108–204 链 B； UniProt 108–204	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；1.4M Na/K phosphate pH 8.2	分辨率 2.12 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6G8W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4REY Crystal Structure of the GRASP65-GM130 C-terminal peptide complex 提交 2014-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–210（209 aa）片段：GRASP domain of GRAS65, UNP residues 1-210	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；291 K；30% PEG 4000, 0.1M Tris, 0.2M Lithium sulfate, , pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 1.96 Å R-free 0.190
6G8T Crystal Structures of the Single PDZ Domains from GRASP65 and their Interaction with the Golgin GM130 提交 2018-04-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–118（118 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293.15 K；24% PEG1500, 20% glycerol	分辨率 2.67 Å R-free 0.258

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GORS1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–97； UniProt 108–204 作者链 B； PDB构建体 1–97； UniProt 108–204

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6g8w
沉积日期 deposition_date	2018-04-10
结构标题 title	Crystal Structures of the Single PDZ Domains from GRASP65 and their Interaction with the Golgin GM130
关键词 keywords	;PDZ2 domain structure, Golgi stacking, GRASP family, Golgins, Golgi apparatus, yeast homolog of GRASP65, vesicle transport, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.54 Å
零角强度 I(0) i0	7488080.00
分子量 molecular_weight	19794.0 kDa
排除体积 excluded_volume	24661 Å³
包络体积 envelope_volume	30583 Å³
水化壳体积 shell_volume	15061 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.2 Å
壳层 Rg shell_rg	22.91 Å
包络 Rg envelope_rg	17.97 Å
形状 Rg shape_rg	17.54 Å
总 Rg total_rg	18.46 Å
总原子数 total_atoms	1394
残基数 n_residues	179
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	63.9 Å
Rg (实空间) rg_real	18.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.47 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.4880e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.0460e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.38 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	7488000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7047
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.390
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.080
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1180000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.738; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.330; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.965

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Golgi reassembly-stacking protein 1
分子量 formula_weight	10552.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1494

ASEQVWHVLDVEPSSPAALAGLRPYTDYVVGSDQILQESEDFFTLIESHEGKPLKLMVYNSKSDSCREVTVTPNAAWGGEGSLGCGIGYGYLHRIPT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	94

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6g8wA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

结构域编号 domain_id	6g8wB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	42 — Pdz3 Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PDZ domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	50.825 Å
晶胞边长 b length_b	82.613 Å
晶胞边长 c length_c	49.220 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.82 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.120 Å
最低分辨率 resolution_low	26.850 Å
R 因子 r_factor	0.1884
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2355

fit	/app/data/saxs_computation/g8/6g8w/6g8w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/g8/6g8w/6g8w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/g8/6g8w/6g8w.dat

Crystal Structures of the Single PDZ Domains from GRASP65 and their Interaction with the Golgin GM130

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Golgi reassembly-stacking protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction