SAXSdb — 6gee

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional enhancer factor TEF-3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Transcriptional coactivator YAP1 × 1 （P46937） MYRISTIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TEAD4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–219； UniProt 216–434

Transcriptional coactivator YAP1

物种未注明

UniProt P46937

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Transcriptional enhancer factor TEF-3 × 1 （Q15561） MYRISTIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YAP1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 2–41； UniProt 60–99

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gee
沉积日期 deposition_date	2018-04-26
结构标题 title	TEAD4 (216-434);E263A COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100); S94A AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 1.96A (P41212 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA
关键词 keywords	TRANSCRIPTION, CO-ACTIVATOR COMPLEX, PROTEIN-PROTEIN INTERACTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6gee__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6gee__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6gee__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	19.98 Å
Rg（电子密度）	18.40 Å
总 Rg	19.40 Å
原子数	2033
残基数	247
排除体积	36400 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6gee__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Transcriptional enhancer factor TEF-3
分子量 formula_weight	25442.7 kDa
突变 mutation	E263A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2332

GRSVASSKLWMLEFSAFLEQQQDPDTYNKHLFVHIGQSSPSYSDPYLAAVDIRQIYDKFPEKKGGLKDLFERGPSNAFFLVKFWADLNTNIEDEGSSFYGVSSQYESPENMIITCSTKVCSFGKQVVEKVETEYARYENGHYSYRIHRSPLCEYMINFIHKLKHLPEKYMMNSVLENFTILQVVTNRDTQETLLCIAYVFEVSASEHGAQHHIYRLVKE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Transcriptional coactivator YAP1
分子量 formula_weight	4531.2 kDa
突变 mutation	S94A
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

XDSETDLEALFNAVMNPKTANVPQTVPMRLRKLPDAFFKPP

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	223

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6geeA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 —

结构域编号 domain_id	6geeL01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	430 — Virus Scaffolding Protein; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	59.315 Å
晶胞边长 b length_b	59.315 Å
晶胞边长 c length_c	158.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.960 Å
最低分辨率 resolution_low	19.790 Å
R 因子 r_factor	0.2176
R_work r_work	0.2162
R_free r_free	0.2450

TEAD4 (216-434);E263A COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100); S94A AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 1.96A (P41212 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional enhancer factor TEF-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Transcriptional coactivator YAP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gee__assembly_1__model_1

6gee__assembly_1__model_1 | I(q)

6gee__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

TEAD4 (216-434);E263A COMPLEXED WITH YAP PEPTIDE (60-100); S94A AND MYRISTOATE (COVALENTLY BOUND) AT 1.96A (P41212 CRYSTAL FORM); MYRISTOYLATION WAS DONE BY ADDING MYR-COA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcriptional enhancer factor TEF-3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Transcriptional coactivator YAP1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gee__assembly_1__model_1

6gee__assembly_1__model_1 | I(q)

6gee__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)