SAXSdb — 6gke

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fucose-specific lectin

Aleuria aurantia

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 2 其他聚合物 2	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose × 2 alpha-L-fucopyranose × 8 GLYCEROL × 8 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LECF_ALEAU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–312； UniProt 2–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gke
沉积日期 deposition_date	2018-05-19
结构标题 title	Aleuria aurantia lectin AAL N224Q mutant in complex with Fucalpha1-6GlcNAc
关键词 keywords	lectin, propeller, fucose, SUGAR BINDING PROTEIN; SUGAR BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6gke__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6gke__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6gke__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.13 Å
Rg（电子密度）	27.29 Å
总 Rg	27.96 Å
原子数	4886
残基数	618
排除体积	86199 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6gke__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fucose-specific lectin
分子量 formula_weight	35063.7 kDa
突变 mutation	N224Q
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3108

PTEFLYTSKIAAISWAATGGRQQRVYFQDLNGKIREAQRGGDNPWTGGSSQNVIGEAKLFSPLAAVTWKSAQGIQIRVYCVNKDNILSEFVYDGSKWITGQLGSVGVKVGSNSKLAALQWGGSESAPPNIRVYYQKSNGSGSSIHEYVWSGKWTAGASFGSTVPGTGIGATAIGPGRLRIYYQATDNKIREHCWDSNSWYVGGFSASASAGVSIAAISWGSTPQIRVYWQKGREELYEAAYGGSWNTPGQIKDASRPTPSLPDTFIAANSSGNIDISVFFQASGVSLQQWQWISGKGWSIGAVVPTGTPAGWLEHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Aleuria aurantia
通用名 common_name	Orange peel mushroom
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	5188
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 branched

描述 description	alpha-L-fucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	367.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	alpha-L-fucopyranose
分子量 formula_weight	164.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	488

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6gkea_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.68 — 6-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.68.8 — Fucose-specific lectin
家族 Family family	b.68.8.1 — Fucose-specific lectin

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6gkeA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	120 — 6 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Neuraminidase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Fucose-specific lectin

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晶胞边长 a length_a	132.320 Å
晶胞边长 b length_b	48.650 Å
晶胞边长 c length_c	57.610 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.080 Å
最低分辨率 resolution_low	17.610 Å
R 因子 r_factor	0.1175
R_work r_work	0.1169
R_free r_free	0.1279

Aleuria aurantia lectin AAL N224Q mutant in complex with Fucalpha1-6GlcNAc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fucose-specific lectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gke__assembly_1__model_1

6gke__assembly_1__model_1 | I(q)

6gke__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Aleuria aurantia lectin AAL N224Q mutant in complex with Fucalpha1-6GlcNAc

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fucose-specific lectin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gke__assembly_1__model_1

6gke__assembly_1__model_1 | I(q)

6gke__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 branched

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)