SAXSdb — 6gm5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fe-hydrogenase

Chlamydomonas reinhardtii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	IRON/SULFUR CLUSTER × 1 CHLORIDE ION × 1 SODIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9FYU1_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–442； UniProt 57–497

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gm5
沉积日期 deposition_date	2018-05-24
结构标题 title	[FeFe]-hydrogenase HydA1 from Chlamydomonas reinhardtii,variant E141A
关键词 keywords	Hydrogenase, H-cluster, apo-form, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6gm5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6gm5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6gm5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.35 Å
Rg（电子密度）	21.42 Å
总 Rg	22.04 Å
原子数	3104
残基数	409
排除体积	55500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6gm5__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fe-hydrogenase
分子量 formula_weight	48819.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.99.1
突变 mutation	E141A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3692

MAAPAAEAPLSHVQQALAELAKPKDDPTRKHVCVQVAPAVRVAIAETLGLAPGATTPKQLAEGLRRLGFDEVFDTLFGADLTIMEAGSELLHRLTEHLEAHPHSDEPLPMFTSCCPGWIAMLEKSYPDLIPYVSSCKSPQMMLAAMVKSYLAEKKGIAPKDMVMVSIMPCTRKQSEADRDWFCVDADPTLRQLDHVITTVELGNIFKERGINLAELPEGEWDNPMGVGSGAGVLFGTTGGVMEAALRTAYELFTGTPLPRLSLSEVRGMDGIKETNITMVPAPGSKFEELLKHRAAARAEAAAHGTPGPLAWDGGAGFTSEDGRGGITLRVAVANGLGNAKKLITKMQAGEAKYDFVEIMACPAGCVGGGGQPRSTDKAITQKRQAALYNLDEKSTLRRSHENPSIRELYDTYLGEPLGHKAHELLHTHYVAGGVEEKDEKKSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Chlamydomonas reinhardtii
通用名 common_name	Chlamydomonas smithii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3055
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	577

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6gm5A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1780 —

结构域编号 domain_id	6gm5A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	950 — Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Fe-only Hydrogenase (Larger Subunit); Chain L, domain 3

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晶胞边长 a length_a	70.620 Å
晶胞边长 b length_b	70.620 Å
晶胞边长 c length_c	154.910 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	47.999 Å
R 因子 r_factor	0.1668
R_work r_work	0.1653
R_free r_free	0.1969

[FeFe]-hydrogenase HydA1 from Chlamydomonas reinhardtii,variant E141A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fe-hydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gm5__assembly_1__model_1

6gm5__assembly_1__model_1 | I(q)

6gm5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

[FeFe]-hydrogenase HydA1 from Chlamydomonas reinhardtii,variant E141A

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fe-hydrogenase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gm5__assembly_1__model_1

6gm5__assembly_1__model_1 | I(q)

6gm5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)