SAXSdb — 6gny

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Membrane-anchored junction protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–106 链 C； UniProt 1–106	未记录	Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2 × 2 （Q8NHR7） TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12M 1,6-Hexanediol; 0.12M 1-Butanol; 0.12M 1,2-Propanediol (racemic); 0.12M 2-Propanol; 0.12M 1,4-Butanediol; 0.12M 1,3-Propanediol; 39.1 mM bicine pH 5.03; 60.9 mM Trizma pH 10.83; 18.3% w/v PEG 1000; 18.3% w/v PEG 3350; 18.3% v/v MPD	分辨率 1.85 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GNY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6GNX Crystal structure of the MAJIN-TERB2 heterotetrameric complex - selenomethionine derivative 提交 2018-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–112（112 aa）链 C 1–112（112 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12M 1,6-Hexanediol; 0.12M 1-Butanol; 0.12M 1,2-Propanediol (racemic); 0.12M 2-Propanol; 0.12M 1,4-Butanediol; 0.12M 1,3-Propanediol, 55.5 mM MES pH 3.11, 44.5 mM imidazole pH 10.23; 12.5% w/v PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350; 12.5% v/v MPD	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
6J08 Crystal structure of human MAJIN and TERB2 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–109（108 aa）片段：NTD domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.8；291 K；100 mM HEPES pH 6.8, 0.2 M Potassium thiocyanate, 22% (w/v) Polyethylene glycol 3350, 25% (v/v) Glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
6J08 Crystal structure of human MAJIN and TERB2 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–109（108 aa）片段：NTD domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.8；291 K；100 mM HEPES pH 6.8, 0.2 M Potassium thiocyanate, 22% (w/v) Polyethylene glycol 3350, 25% (v/v) Glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
6J08 Crystal structure of human MAJIN and TERB2 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–109（108 aa）片段：NTD domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.8；291 K；100 mM HEPES pH 6.8, 0.2 M Potassium thiocyanate, 22% (w/v) Polyethylene glycol 3350, 25% (v/v) Glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.262

共 2 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MAJIN_HUMAN
Isoform	Q3KP22-3
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–108； UniProt 1–106 作者链 C； PDB构建体 3–108； UniProt 1–106

Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2

Homo sapiens

UniProt Q8NHR7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 168–207 链 D； UniProt 168–207	未记录	Membrane-anchored junction protein × 2 （Q3KP22） TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12M 1,6-Hexanediol; 0.12M 1-Butanol; 0.12M 1,2-Propanediol (racemic); 0.12M 2-Propanol; 0.12M 1,4-Butanediol; 0.12M 1,3-Propanediol; 39.1 mM bicine pH 5.03; 60.9 mM Trizma pH 10.83; 18.3% w/v PEG 1000; 18.3% w/v PEG 3350; 18.3% v/v MPD	分辨率 1.85 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6GNY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6GNX Crystal structure of the MAJIN-TERB2 heterotetrameric complex - selenomethionine derivative 提交 2018-06-01	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 169–220（52 aa）链 D 169–220（52 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.12M 1,6-Hexanediol; 0.12M 1-Butanol; 0.12M 1,2-Propanediol (racemic); 0.12M 2-Propanol; 0.12M 1,4-Butanediol; 0.12M 1,3-Propanediol, 55.5 mM MES pH 3.11, 44.5 mM imidazole pH 10.23; 12.5% w/v PEG 1000; 12.5% w/v PEG 3350; 12.5% v/v MPD	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
6J07 Crystal structure of human TERB2 and TERB1 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 4–110（107 aa）片段：NTD domain	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 9；291 K；0.1 M Bicine pH 9.0, 2% (v/v) 1,4-Dioxane, 4% (w/v) Polyethylene glycol 20000	分辨率 3.30 Å R-free 0.337
6J08 Crystal structure of human MAJIN and TERB2 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 174–209（36 aa）片段：TERB2 binding motif	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.8；291 K；100 mM HEPES pH 6.8, 0.2 M Potassium thiocyanate, 22% (w/v) Polyethylene glycol 3350, 25% (v/v) Glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
6J08 Crystal structure of human MAJIN and TERB2 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 174–209（36 aa）片段：TERB2 binding motif	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.8；291 K；100 mM HEPES pH 6.8, 0.2 M Potassium thiocyanate, 22% (w/v) Polyethylene glycol 3350, 25% (v/v) Glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
6J08 Crystal structure of human MAJIN and TERB2 提交 2018-12-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 174–209（36 aa）片段：TERB2 binding motif	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.8；291 K；100 mM HEPES pH 6.8, 0.2 M Potassium thiocyanate, 22% (w/v) Polyethylene glycol 3350, 25% (v/v) Glycerol	分辨率 2.90 Å R-free 0.262

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TERB2_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–43； UniProt 168–207 作者链 D； PDB构建体 4–43； UniProt 168–207

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gny
沉积日期 deposition_date	2018-06-01
结构标题 title	Crystal structure of the MAJIN-TERB2 heterotetrameric complex
关键词 keywords	Meiosis, telomeres, complex, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.40 Å
零角强度 I(0) i0	15371200.00
分子量 molecular_weight	32047.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41191 Å³
包络体积 envelope_volume	48965 Å³
水化壳体积 shell_volume	19809 Å³
包络直径 envelope_diameter	74.1 Å
壳层 Rg shell_rg	27.26 Å
包络 Rg envelope_rg	21.71 Å
形状 Rg shape_rg	21.39 Å
总 Rg total_rg	22.35 Å
总原子数 total_atoms	4543
残基数 n_residues	273
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.4 Å
Rg (实空间) rg_real	22.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.46 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5370e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.9880e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15370000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8930
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.339
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.428
角度范围 angular_range	— – 0.3550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4630000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.877; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.979; Smooth: 0.994

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Membrane-anchored junction protein
分子量 formula_weight	12755.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	4697

GSMSLKPFTYPFPETRFLHAGPNVYKFKIRYGKSIRGEEIENKEVITQELEDSVRVVLGNLDNLQPFATEHFIVFPYKSKWERVSHLKFKHGEIILIPYPFVFTLYVE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2
分子量 formula_weight	4750.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSMPVNNMVTGYISIDAMKKFLGELHDFIPGTSGYLAYHVQNE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL
分子量 formula_weight	122.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	119

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	59.970 Å
晶胞边长 b length_b	88.390 Å
晶胞边长 c length_c	111.670 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.850 Å
最低分辨率 resolution_low	45.350 Å
R 因子 r_factor	0.1893
R_work r_work	0.1883
R_free r_free	0.2072

fit	/app/data/saxs_computation/gn/6gny/6gny.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gn/6gny/6gny.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gn/6gny/6gny.dat

Crystal structure of the MAJIN-TERB2 heterotetrameric complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Membrane-anchored junction protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Telomere repeats-binding bouquet formation protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)