6go5

TdT chimera (Loop1 of pol mu) - Ternary complex with 1-nt gapped DNA substrate

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA nucleotidylexotransferase,DNA-directed DNA/RNA polymerase mu,DNA nucleotidylexotransferase

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 DNA 3	;DNA (5'-D(CPGPCPTPGPGPCPAPAPAPCPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPGPTPTPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPAPGPCPG)-3') ; × 1 SODIUM ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 water × 4	与全部聚合物一致
2	信息不足	单体	蛋白 1 DNA 3	;DNA (5'-D(CPGPCPTPGPGPCPAPAPAPCPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPGPTPTPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPAPGPCPG)-3') ; × 1 SODIUM ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TDT_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–267； UniProt 132–377 作者链 A； PDB构建体 298–401； UniProt 407–510 作者链 B； PDB构建体 22–267； UniProt 132–377 作者链 B； PDB构建体 298–401； UniProt 407–510

DNA nucleotidylexotransferase,DNA-directed DNA/RNA polymerase mu,DNA nucleotidylexotransferase

Mus musculus

UniProt Q9JIW4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	单体	蛋白 1 DNA 3	;DNA (5'-D(CPGPCPTPGPGPCPAPAPAPCPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPGPTPTPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPAPGPCPG)-3') ; × 1 SODIUM ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 water × 4	与全部聚合物一致
2	信息不足	单体	蛋白 1 DNA 3	;DNA (5'-D(CPGPCPTPGPGPCPAPAPAPCPA)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPGPTPTPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(APCPAPGPCPG)-3') ; × 1 SODIUM ION × 1 MAGNESIUM ION × 1 2'-deoxy-5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine × 1 water × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPOLM_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 268–297； UniProt 363–392 作者链 B； PDB构建体 268–297； UniProt 363–392

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6go5
沉积日期 deposition_date	2018-06-01
结构标题 title	TdT chimera (Loop1 of pol mu) - Ternary complex with 1-nt gapped DNA substrate
关键词 keywords	NHEJ pathway, DNA bridging, DNA polymerase polX, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6go5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6go5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6go5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.22 Å
Rg（电子密度）	21.57 Å
总 Rg	22.29 Å
原子数	3119
残基数	367
排除体积	53597 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6go5__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6go5__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA nucleotidylexotransferase,DNA-directed DNA/RNA polymerase mu,DNA nucleotidylexotransferase
分子量 formula_weight	45849.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.31,2.7.7.7,2.7.7.31
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6542

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMSPSPVPGSQNVPAPAVKKISQYACQRRTTLNNYNQLFTDALDILAENDELRENEGSCLAFMRASSVLKSLPFPITSMKDTEGIPCLGDKVKSIIEGIIEDGESSEAKAVLNDERYKSFKLFTSVFGVGLKTAEKWFRMGFRTLSKIQSDKSLRFTQMQKAGFLYYEDLVSCVNRPEAEAVSMLVKEAVVTFLPDALVTMTGGFRRGKMTGHDVDFLITSPEATEDEEQQLLHKVTDFWKQQGLLLYHQYHRSHLADSAHNLRQRSSTMDVFERSFCILKLDHGRVHSEKSGQQEGKGWKAIRVDLVMCPYDRRAFALLGWTGSRQFERDLRRYATHERKMMLDNHALYDRTKRVFLEAESEEEIFAHLGLDYIEPWERNA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPGPCPTPGPGPCPAPAPAPCPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3656.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H,N

CGCTGGCAAACA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPGPTPTPTPG)-3') ;
分子量 formula_weight	1830.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	F,L

TGTTTG

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(APCPAPGPCPG)-3') ;
分子量 formula_weight	1818.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G,M

ACAGCG

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2'-deoxy-5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]methyl}phosphoryl]cytidine
分子量 formula_weight	465.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	327

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6go5A01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	6go5A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	6go5A03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	6go5A04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

结构域编号 domain_id	6go5B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 — DNA polymerase beta, N-terminal domain-like

结构域编号 domain_id	6go5B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

结构域编号 domain_id	6go5B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Beta Polymerase, domain 2

结构域编号 domain_id	6go5B04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	210 — Beta Polymerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA polymerase, thumb domain

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晶胞边长 a length_a	234.180 Å
晶胞边长 b length_b	69.250 Å
晶胞边长 c length_c	59.690 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.20 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	44.860 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2650

TdT chimera (Loop1 of pol mu) - Ternary complex with 1-nt gapped DNA substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA nucleotidylexotransferase,DNA-directed DNA/RNA polymerase mu,DNA nucleotidylexotransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA nucleotidylexotransferase,DNA-directed DNA/RNA polymerase mu,DNA nucleotidylexotransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6go5__assembly_1__model_1

6go5__assembly_1__model_1 | I(q)

6go5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

TdT chimera (Loop1 of pol mu) - Ternary complex with 1-nt gapped DNA substrate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA nucleotidylexotransferase,DNA-directed DNA/RNA polymerase mu,DNA nucleotidylexotransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA nucleotidylexotransferase,DNA-directed DNA/RNA polymerase mu,DNA nucleotidylexotransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6go5__assembly_1__model_1

6go5__assembly_1__model_1 | I(q)

6go5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)