6gpl

Crystal structure of human GDP-D-mannose 4,6-dehydratase in complex with GDP-4k6d-Man

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GDP-mannose 4,6 dehydratase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	BICINE × 1 ;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},6~{R})-6-methyl-3,4-bis(oxidanyl)-5-oxidanylidene-oxan-2-yl] hydrogen phosphate ; × 4 NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 4 1,2-ETHANEDIOL × 9 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GMDS_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–352； UniProt 23–372 作者链 C； PDB构建体 3–352； UniProt 23–372 作者链 D； PDB构建体 3–352； UniProt 23–372 作者链 E； PDB构建体 3–352； UniProt 23–372

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gpl
沉积日期 deposition_date	2018-06-06
结构标题 title	Crystal structure of human GDP-D-mannose 4,6-dehydratase in complex with GDP-4k6d-Man
关键词 keywords	Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Lyase; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6gpl__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6gpl__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6gpl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.27 Å
Rg（电子密度）	32.52 Å
总 Rg	33.10 Å
原子数	11145
残基数	1361
排除体积	196920 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6gpl__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	GDP-mannose 4,6 dehydratase
分子量 formula_weight	40056.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.1.47
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,E
原子数 atom_count	12088

SMRNVALITGITGQDGSYLAEFLLEKGYEVHGIVRRSSSFNTGRIEHLYKNPQAHIEGNMKLHYGDLTDSTCLVKIINEVKPTEIYNLGAQSHVKISFDLAEYTADVDGVGTLRLLDAVKTCGLINSVKFYQASTSELYGKVQEIPQKETTPFYPRSPYGAAKLYAYWIVVNFREAYNLFAVNGILFNHESPRRGANFVTRKISRSVAKIYLGQLECFSLGNLDAKRDWGHAKDYVEAMWLMLQNDEPEDFVIATGEVHSVREFVEKSFLHIGKTIVWEGKNENEVGRCKETGKVHVTVDLKYYRPTEVDFLQGDCTKAKQKLNWKPRVAFDELVREMVHADVELMRTNPNA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	BICINE
分子量 formula_weight	163.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	;[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(2-azanyl-6-oxidanylidene-1~{H}-purin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] [(2~{R},3~{S},4~{R},6~{R})-6-methyl-3,4-bis(oxidanyl)-5-oxidanylidene-oxan-2-yl] hydrogen phosphate ;
分子量 formula_weight	587.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子量 formula_weight	743.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	886

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6gplb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d6gplc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d6gpld_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

结构域编号 domain_id	d6gple_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.2 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
超家族 Superfamily superfamily	c.2.1 — NAD(P)-binding Rossmann-fold domains
家族 Family family	c.2.1.2 — Tyrosine-dependent oxidoreductases

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6gplB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	6gplB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	6gplC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	6gplC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	6gplD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	6gplD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

结构域编号 domain_id	6gplE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	6gplE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	25 — UDP-galactose 4-epimerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — UDP-galactose 4-epimerase, domain 1

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晶胞边长 a length_a	89.260 Å
晶胞边长 b length_b	122.770 Å
晶胞边长 c length_c	139.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.760 Å
最低分辨率 resolution_low	39.090 Å
R 因子 r_factor	0.1696
R_work r_work	0.1686
R_free r_free	0.1896

Crystal structure of human GDP-D-mannose 4,6-dehydratase in complex with GDP-4k6d-Man

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GDP-mannose 4,6 dehydratase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gpl__assembly_1__model_1

6gpl__assembly_1__model_1 | I(q)

6gpl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of human GDP-D-mannose 4,6-dehydratase in complex with GDP-4k6d-Man

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

GDP-mannose 4,6 dehydratase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gpl__assembly_1__model_1

6gpl__assembly_1__model_1 | I(q)

6gpl__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)