6grg

E. coli Microcin synthetase McbBCD complex with pro-MccB17, ADP and phosphate bound

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriocin microcin B17

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Microcin B17-processing protein McbB × 4 （P23184） Microcin B17-processing protein McbC × 2 （P23185） Microcin B17-processing protein McbD × 2 （P23186） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 ZINC ION × 4 SULFATE ION × 2 GLYCEROL × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 1,2-ETHANEDIOL × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 6 CHLORIDE ION × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCBA_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 9–68； UniProt 1–69

Microcin B17-processing protein McbB

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655

UniProt P23184

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Bacteriocin microcin B17 × 2 （P05834） Microcin B17-processing protein McbC × 2 （P23185） Microcin B17-processing protein McbD × 2 （P23186） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 ZINC ION × 4 SULFATE ION × 2 GLYCEROL × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 1,2-ETHANEDIOL × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 6 CHLORIDE ION × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCBB_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–295； UniProt 1–295 作者链 2； PDB构建体 1–295； UniProt 1–295

Microcin B17-processing protein McbC

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655

UniProt P23185

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Bacteriocin microcin B17 × 2 （P05834） Microcin B17-processing protein McbB × 4 （P23184） Microcin B17-processing protein McbD × 2 （P23186） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 ZINC ION × 4 SULFATE ION × 2 GLYCEROL × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 1,2-ETHANEDIOL × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 6 CHLORIDE ION × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCBC_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–272； UniProt 1–272

Microcin B17-processing protein McbD

Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655

UniProt P23186

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	Bacteriocin microcin B17 × 2 （P05834） Microcin B17-processing protein McbB × 4 （P23184） Microcin B17-processing protein McbC × 2 （P23185） FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 ZINC ION × 4 SULFATE ION × 2 GLYCEROL × 2 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 1,2-ETHANEDIOL × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 6 CHLORIDE ION × 2 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MCBD_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–396； UniProt 1–396

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6grg
沉积日期 deposition_date	2018-06-11
结构标题 title	E. coli Microcin synthetase McbBCD complex with pro-MccB17, ADP and phosphate bound
关键词 keywords	microcin, DNA gyrase, heterocyclization, posttranslational modification, BIOSYNTHETIC PROTEIN; BIOSYNTHETIC PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6grg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6grg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6grg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.76 Å
Rg（电子密度）	42.33 Å
总 Rg	42.65 Å
原子数	20086
残基数	2494
排除体积	358410 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6grg__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Bacteriocin microcin B17
分子量 formula_weight	6853.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	10322

MGHHHHHHMELKASEFGVVLSVDALKLSRQSPLGVGIGGGGGGGGGGSCGGQGGGCGGCSNGCSGGNGGSGGSGSHI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511145
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BW25113

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Microcin B17-processing protein McbB
分子量 formula_weight	34032.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2

MVLPDIKKGKDMINILPFEIISRNTKTLLITYISSVDITHEGMKKVLESLRSKQGIISEYLLDKLLDESLIDKDKGKEFLITTGVINKTKTSPLWVNSVIISDVPHLFSNAREQWKCDGVFVSHIIDIKDNNINVSDSTLIWLHLENYHSDIVKRIYSKFESNPGVAFIQSYYLKESFRIDGVYSPDLGTPCHFCHIERWLSREEKSFRRNEMSWANLLQLLKKYQMTLPALALGESERGFSYHLIKRRLQELTGTSLVKSHVDNFMSSVSADLITCILCKEPVIHWQACSCLER

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511145
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BW25113

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Microcin B17-processing protein McbC
分子量 formula_weight	30789.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSKHELSLVEVTHYTDPEVLAIVKDFHVRGNFASLPEFAERTFVSAVPLAHLEKFENKEVLFRPGFSSVINISSSHNFSRERLPSGINFCDKNKLSIRTIEKLLVNAFSSPDPGSVRRPYPSGGALYPIEVFLCRLSENTENWQAGTNVYHYLPLSQALEPVATCNTQSLYRSLSGGDSERLGKPHFALVYCIIFEKALFKYRYRGYRMALMETGSMYQNAVLVADQIGLKNRVWAGYTDSYVAKTMNLDQRTVAPLIVQFFGDVNDDKCLQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511145
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BW25113

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Microcin B17-processing protein McbD
分子量 formula_weight	44964.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MINVYSNLMSAWPATMAMSPKLNRNMPTFSQIWDYERITPASAAGETLKSIQGAIGEYFERRHFFNEIVTGGQKTLYEMMPPSAAKAFTEAFFQISSLTRDEIITHKFKTVRAFNLFSLEQQEIPAVIIALDNITAADDLKFYPDRDTCGCSFHGSLNDAIEGSLCEFMERQSLLLYWLQGKANTEISSEIVTGINHIDEILLALRSEGDIRIFDITLPGAPGHAVLTLYGTKNKISRIKYSTGLSYANSLKKALCKSVVELWQSYICLHNFLIGGYTDDDIIDSYQRHFMSCNKYESFTDLCENTVLLSDDVKLTLEENITSDTNLLNYLQQISDNIFVYYARERVSNSLVWYTKIVSPDFFLHMNNSGAININNKIYHTGDGIKVRESKMVPFP

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	511145
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BW25113

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 14 Entity 14 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 15 Entity 15 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	226

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晶胞边长 a length_a	180.640 Å
晶胞边长 b length_b	83.280 Å
晶胞边长 c length_c	86.790 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.43 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.350 Å
最低分辨率 resolution_low	86.760 Å
R 因子 r_factor	0.1683
R_work r_work	0.1653
R_free r_free	0.2259

E. coli Microcin synthetase McbBCD complex with pro-MccB17, ADP and phosphate bound

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bacteriocin microcin B17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Microcin B17-processing protein McbB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Microcin B17-processing protein McbC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Microcin B17-processing protein McbD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6grg__assembly_1__model_1

6grg__assembly_1__model_1 | I(q)

6grg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (15)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 non-polymer

实体 13 Entity 13 non-polymer

实体 14 Entity 14 non-polymer

实体 15 Entity 15 water

7. 引用文献 (1)