SAXSdb — 6gv2

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

Saccharolobus solfataricus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	3-DEOXY-D-ARABINO-HEXONIC ACID × 4 L-glyceraldehyde × 4 1,2-ETHANEDIOL × 4 GLYCEROL × 14 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDGA_SULSF
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–294； UniProt 1–294 作者链 B； PDB构建体 1–294； UniProt 1–294

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gv2
沉积日期 deposition_date	2018-06-20
结构标题 title	Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase Y103F,Y130F,A198F variant in complex with L-2-keto, 3-deoxy-galactonate
关键词 keywords	2-keto-3-deoxygalactonate, aldolase, Sulfolobus solfataricus, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6gv2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6gv2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6gv2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.42 Å
Rg（电子密度）	31.31 Å
总 Rg	32.22 Å
原子数	19152
残基数	1168
排除体积	171230 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6gv2__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
分子量 formula_weight	33196.5 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.55
突变 mutation	Y103F, Y130F, A198F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	10278

MPEIITPIITPFTKDNRIDKEKLKIHAENLIRKGIDKLFVNGTTGLGPSLSPEEKLENLKAVYDVTNKIIFQVGGLNLDDAIRLAKLSKDFDIVGIASYAPYFYPRMSEKHLVKYFKTLCEVSPHPVYLFNYPTATGKDIDAKVAKEIGCFTGVKDTIENIIHTLDYKRLNPNMLVYSGSDMLIATVASTGLDGNVAFGSNYLPEVTVTIKKLAMERKIDEALKLQFLHDEVIEASRIFGSLSSNYVLTKYFQGYDLGYPRPPIFPLDDEEERQLIKKVEGIRAKLVELKILKE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	3-DEOXY-D-ARABINO-HEXONIC ACID
分子量 formula_weight	180.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	L-glyceraldehyde
分子量 formula_weight	90.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	361

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6gv2a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

结构域编号 domain_id	d6gv2b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.10 — Aldolase
家族 Family family	c.1.10.1 — Class I aldolase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6gv2A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	6gv2B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

▶

晶胞边长 a length_a	103.478 Å
晶胞边长 b length_b	103.478 Å
晶胞边长 c length_c	245.551 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.101 Å
最低分辨率 resolution_low	42.092 Å
R 因子 r_factor	0.1667
R_work r_work	0.1642
R_free r_free	0.2124

Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase Y103F,Y130F,A198F variant in complex with L-2-keto, 3-deoxy-galactonate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gv2__assembly_1__model_1

6gv2__assembly_1__model_1 | I(q)

6gv2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase Y103F,Y130F,A198F variant in complex with L-2-keto, 3-deoxy-galactonate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gv2__assembly_1__model_1

6gv2__assembly_1__model_1 | I(q)

6gv2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)