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6gvw

Crystal structure of the BRCA1-A complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 201.1 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BRCA1-A complex subunit Abraxas 1

Mus musculus

UniProt Q8BPZ8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–407 链 F； UniProt 1–407 未记录 Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 × 2 （P46737） BRISC and BRCA1-A complex member 2 × 2 （Q8K3W0） BRISC and BRCA1-A complex member 1 × 2 （Q3UI43） BRCA1-A complex subunit RAP80 × 2 （Q5U5Q9） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；100 mM MES-KOH pH 5.6, 200 mM MgCl2, 8% (w/v) PEG6000 分辨率 3.75 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ABRX1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–411； UniProt 1–407 作者链 F； PDB构建体 5–411； UniProt 1–407

Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36

Mus musculus

UniProt P46737

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–291 链 G； UniProt 1–291 未记录 BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 × 2 （Q8BPZ8） BRISC and BRCA1-A complex member 2 × 2 （Q8K3W0） BRISC and BRCA1-A complex member 1 × 2 （Q3UI43） BRCA1-A complex subunit RAP80 × 2 （Q5U5Q9） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；100 mM MES-KOH pH 5.6, 200 mM MgCl2, 8% (w/v) PEG6000 分辨率 3.75 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BRCC3_MOUSE
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 5–295； UniProt 1–291 作者链 G； PDB构建体 5–295； UniProt 1–291

BRISC and BRCA1-A complex member 2

Mus musculus

UniProt Q8K3W0

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 1–383 链 H； UniProt 1–383 未记录 BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 × 2 （Q8BPZ8） Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 × 2 （P46737） BRISC and BRCA1-A complex member 1 × 2 （Q3UI43） BRCA1-A complex subunit RAP80 × 2 （Q5U5Q9） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；100 mM MES-KOH pH 5.6, 200 mM MgCl2, 8% (w/v) PEG6000 分辨率 3.75 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BABA2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 5–387； UniProt 1–383 作者链 H； PDB构建体 5–387； UniProt 1–383

BRISC and BRCA1-A complex member 1

Mus musculus

UniProt Q3UI43

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 1–333 链 I； UniProt 1–333 未记录 BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 × 2 （Q8BPZ8） Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 × 2 （P46737） BRISC and BRCA1-A complex member 2 × 2 （Q8K3W0） BRCA1-A complex subunit RAP80 × 2 （Q5U5Q9） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；100 mM MES-KOH pH 5.6, 200 mM MgCl2, 8% (w/v) PEG6000 分辨率 3.75 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 BABA1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 5–337； UniProt 1–333 作者链 I； PDB构建体 5–337； UniProt 1–333

BRCA1-A complex subunit RAP80

Mus musculus

UniProt Q5U5Q9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10） 与蛋白拷贝数一致 链 E； UniProt 275–334 链 J； UniProt 275–334 未记录 BRCA1-A complex subunit Abraxas 1 × 2 （Q8BPZ8） Lys-63-specific deubiquitinase BRCC36 × 2 （P46737） BRISC and BRCA1-A complex member 2 × 2 （Q8K3W0） BRISC and BRCA1-A complex member 1 × 2 （Q3UI43） ZN ZINC ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；100 mM MES-KOH pH 5.6, 200 mM MgCl2, 8% (w/v) PEG6000 分辨率 3.75 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6GVW Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3A1Q Crystal structure of the mouse RAP80 UIMs in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 80–120（41 aa） 片段：UNP residues 80-120
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100mM Tris-HCl(pH8.5), 32% PEG4000, 200mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.268
3A1Q Crystal structure of the mouse RAP80 UIMs in complex with Lys63-linked di-ubiquitin 提交 2009-04-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 F 80–120（41 aa） 片段：UNP residues 80-120
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；100mM Tris-HCl(pH8.5), 32% PEG4000, 200mM sodium acetate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.20 Å R-free 0.268

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UIMC1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 5–64； UniProt 275–334 作者链 J； PDB构建体 5–64； UniProt 275–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6gvw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6gvw
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6gvw
沉积日期 deposition_date2018-06-21
结构标题 titleCrystal structure of the BRCA1-A complex
关键词 keywordsDeubiquitinase complex, DUB, Lysine-63 linkage specific, BRCC36-containing, BRCA1A binding, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier66.50 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron67.45 Å
零角强度 I(0) i01146370000.00
分子量 molecular_weight286410.0 kDa
排除体积 excluded_volume359030 ų
包络体积 envelope_volume628760 ų
水化壳体积 shell_volume83009 ų
包络直径 envelope_diameter222.5 Å
壳层 Rg shell_rg63.47 Å
包络 Rg envelope_rg63.67 Å
形状 Rg shape_rg67.48 Å
总 Rg total_rg67.23 Å
总原子数 total_atoms40104
残基数 n_residues2517
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax201.1 Å
Rg (实空间) rg_real67.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.87 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1460e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2030e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal65.76 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1143000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8075
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary67.0 Å
偏度 Skewness skewness0.344
峰度 Kurtosis kurtosis-0.788
角度范围 angular_range— – 0.1200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha31270000.0000
实空间数据点数 n_real_points25
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.887; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.835; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6gvwB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytidine Deaminase, domain 2
结构域编号 domain_id6gvwG01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology140 — Cytidine Deaminase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytidine Deaminase, domain 2
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)