SAXSdb — 6gyb

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VirB7

Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	VirB9 protein × 14 （Q8PJB5） VirB10 protein × 14 （Q8PJB6）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8PJB3_XANAC
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 D； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 G； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 J； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 M； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 P； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 S； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 a； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 d； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 g； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 j； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 m； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 p； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139 作者链 s； PDB构建体 1–139； UniProt 1–139

VirB9 protein

Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306)

UniProt Q8PJB5

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	VirB7 × 14 （Q8PJB3） VirB10 protein × 14 （Q8PJB6）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8PJB5_XANAC
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 E； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 H； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 K； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 N； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 Q； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 T； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 b； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 e； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 h； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 k； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 n； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 q； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255 作者链 t； PDB构建体 1–255； UniProt 1–255

VirB10 protein

Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306)

UniProt Q8PJB6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 42	VirB7 × 14 （Q8PJB3） VirB9 protein × 14 （Q8PJB5）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8PJB6_XANAC
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 F； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 I； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 L； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 O； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 R； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 U； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 c； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 f； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 i； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 l； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 o； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 r； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389 作者链 u； PDB构建体 1–389； UniProt 1–389

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gyb
沉积日期 deposition_date	2018-06-28
结构标题 title	Cryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion system core complex from Xanthomonas citri
关键词 keywords	core complex, bacterial killing, protein transport, bacterial Type IV Secretion System, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6gyb__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6gyb__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6gyb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	73.67 Å
Rg（电子密度）	73.38 Å
总 Rg	73.46 Å
原子数	59318
残基数	7546
排除体积	1056200 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6gyb__assembly_1__model_1`	42-meric （42）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	VirB7
分子量 formula_weight	14762.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	a,d,g,j,m,p,s,A,D,G,J,M,P,S
原子数 atom_count	59318

MNPMYVSKLSLVLVAAALVGACATKPAPDFGGRWKHVNHFDEAPTEIPLYTSYTYQATPMDGTLKTMLERWAADSNMQLSYNLPSDYTLIGPVSAISTTSVQQAATELSAVYAAQGVSVSVSANKLLVQPVPVSSGAKL

来源 Source

来源生物 organism	Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	190486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	VirB9 protein
分子量 formula_weight	29359.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	b,e,h,k,n,q,t,B,E,H,K,N,Q,T

MKLFNRYRVALLSALPLALCALSAAAQVVQEYEYAPDRIYQVRTGLGITTQVELSPNEKILDYSTGFTGGWELTRRENVFYLKPKNVDVDTNMMIRTATHSYILELKVVATDWQRLEQAKQAGVQYKVVFTYPKDTSFNNVADADTSKNGPLLNAKILKDRRYYYDYDYATRTKKSWLIPSRVYDDGKFTYINMDLTRFPTGNFPAVFAREKEHAEDFLVNTTVEGNTLIVHGTYPFLVVRHGDNVVGLRRNKQK

来源 Source

来源生物 organism	Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	190486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	VirB10 protein
分子量 formula_weight	43392.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	14

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	c,f,i,l,o,r,u,C,F,I,L,O,R,U

MNSNIPNSPDERIQNHGGDEQHNGDHNERNNPYFARQQASAEPDLDANEPILRSSDIKRLNRKALVFLAAIAALLILAIFWLATQSGEDSAPPKPRTETVVAPALPQSMTAPVEEAPVPLAQQPSLPPLPPMPTDNSEEVSSAPERQRGPTLLERRILAESAANGGGVPGQLGAQPAPTQEDGPVTLAKPISNPDGLLVRGTYIRCILETRIISDFGGYTSCIVTEPVYSINGHNLLLPKGSKMLGQYSAGEPTSHRLQVVWDRVTTPTGLDVTLMGPGIDTLGSSGHPGNYNAHWGNKIASALFISLLSDAFKYAAAEYGPETTTIGVGSGIVTQQPFESNTARSMQQLAEQAVEKSGRRPATLTINQGTVLNVYVAKDVDFSAVLPKAAALEGLSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	Xanthomonas axonopodis pv. citri (strain 306)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	190486
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.28 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	142306

Cryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion system core complex from Xanthomonas citri

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VirB7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VirB9 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

VirB10 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gyb__assembly_1__model_1

6gyb__assembly_1__model_1 | I(q)

6gyb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the bacteria-killing type IV secretion system core complex from Xanthomonas citri

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

VirB7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VirB9 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

VirB10 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gyb__assembly_1__model_1

6gyb__assembly_1__model_1 | I(q)

6gyb__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (1)