SAXSdb — 6gzc

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Katanin p60 ATPase-containing subunit A1 × 2 （Q9WV86） DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KTNB1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 35–212； UniProt 481–658 作者链 C； PDB构建体 35–212； UniProt 481–658

Katanin p60 ATPase-containing subunit A1

Mus musculus

UniProt Q9WV86

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1 × 2 （Q8BG40） DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 1,2-ETHANEDIOL × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KTNA1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–80； UniProt 1–78 作者链 D； PDB构建体 3–80； UniProt 1–78

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6gzc
沉积日期 deposition_date	2018-07-03
结构标题 title	heterotetrameric katanin p60:p80 complex
关键词 keywords	Katanin, severing enzyme, MICROTUBULE, cytoskeleton, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6gzc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6gzc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6gzc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.11 Å
Rg（电子密度）	31.08 Å
总 Rg	31.24 Å
原子数	3842
残基数	480
排除体积	69497 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6gzc__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1
分子量 formula_weight	23207.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	3923

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMASMTGGQQMGRGSQQAELVDEDAMSQIRKGHDTMFVVLTSRHKNLDTVRAVWTTGDIKTSVDSAVAINDLSVVVDLLNIVNQKASLWALDLCTTVLPQIEKLLQSKYESYVQTGCTSLKLILQAFLPLITDILAAPPSVGVDISREERLHKCRLCFKQLKSISGLVKSKSGLSGRHGSAFRELHLLMASLD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Katanin p60 ATPase-containing subunit A1
分子量 formula_weight	9534.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.4.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MGMSLQMIVENVKLAREYALLGNYDSAMVYYQGVLDQMNKYLYSVKDTHLRQKWQQVWQEINVEAKQVKDIMKTLESFKL

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	72

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6gzcB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit

结构域编号 domain_id	6gzcD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	80 — Phosphotransferase system, lactose/cellobiose-type IIA subunit

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晶胞边长 a length_a	45.490 Å
晶胞边长 b length_b	57.850 Å
晶胞边长 c length_c	59.770 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	108.32 °
晶胞夹角 β angle_beta	101.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	98.26 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	43.575 Å
R 因子 r_factor	0.2100
R_work r_work	0.2091
R_free r_free	0.2282

heterotetrameric katanin p60:p80 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Katanin p60 ATPase-containing subunit A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gzc__assembly_1__model_1

6gzc__assembly_1__model_1 | I(q)

6gzc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

heterotetrameric katanin p60:p80 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Katanin p80 WD40 repeat-containing subunit B1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Katanin p60 ATPase-containing subunit A1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6gzc__assembly_1__model_1

6gzc__assembly_1__model_1 | I(q)

6gzc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)