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6h41

Structure of the complex of the IL-5 inhibitory peptide AF17121 bound to the IL-5 receptor IL-5Ralpha

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Interleukin-5 receptor subunit alpha

Homo sapiens

UniProt Q01344

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 27–335 突变：C66A VAL-ASP-GLU-CYS-TRP-ARG-ILE-ILE-ALA-SER-HIS-THR-TRP-PHE-CYS-ALA-GLU-GLU × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；294 K；0.1 M sodium acetate pH 5.0, 3% (w/v) PEG 4000, 15% - 20% (v/v) 2-methyl-2,4-pentanediol 分辨率 2.75 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6H41 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1OBX Crystal structure of the complex of PDZ2 of syntenin with an interleukin 5 receptor alpha peptide. 提交 2003-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 413–420（8 aa） 片段：LAST 8 RESIDUES, RESIDUES 413-420
未记录 CO COBALT (II) ION × 4 SO4 SULFATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；SITTING DROP 0.1 M HEPES, PH 7.0, 1.6 M AMMONIUM SULFATE, 20 MM COCL2, 0.2 M MGSO4 WITH MICROSEEDIN
分辨率 1.35 Å R-free 0.212
1OBZ Crystal structure of the complex of the PDZ tandem of syntenin with an interleukin 5 receptor alpha peptide. 提交 2003-01-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 P 413–420（8 aa） 片段：LAST 8 RESIDUES, RESIDUES 413-420
未记录 ACT ACETATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；SITTING DROP WITH 0.2 M SODIUM ACETATE, PH 4.6 28% PEG4000, 0.2 M AMMONIUM ACETATE
分辨率 1.70 Å R-free 0.213
3QT2 Structure of a cytokine ligand-receptor complex 提交 2011-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 20–335（316 aa）
突变：C66A, K72M, L138M, K167M, L234M BGC beta-D-glucopyranose × 3 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；10% (w/v) PEG 20000, 0.1M MOPS pH 6.5, 20% (w/v) glucose, 2.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.55 Å R-free 0.264
3QT2 Structure of a cytokine ligand-receptor complex 提交 2011-02-22 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 20–335（316 aa）
突变：C66A, K72M, L138M, K167M, L234M BGC beta-D-glucopyranose × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；10% (w/v) PEG 20000, 0.1M MOPS pH 6.5, 20% (w/v) glucose, 2.5% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 2.55 Å R-free 0.264
3VA2 Crystal structure of human Interleukin-5 in complex with its alpha receptor 提交 2011-12-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 21–335（315 aa） 片段：ectodomain, UNP residues 21-335
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.3；293 K；0.1M Na HEPES, 22% (v/v) PEG 4000, 2% i-Propanol, 6% (w/v) 1,6-Hexanediol , pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.70 Å R-free 0.276
8TLD Structure of the IL-5 Signaling Complex 提交 2023-07-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 F 21–341（321 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 5 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 IL5RA_HUMAN
Isoform Q01344-2
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–309； UniProt 27–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6h41

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6h41
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6h41
沉积日期 deposition_date2018-07-20
结构标题 titleStructure of the complex of the IL-5 inhibitory peptide AF17121 bound to the IL-5 receptor IL-5Ralpha
关键词 keywordsInterleukin-5, inhibitor peptide, peptide-receptor complex, atopic diseases, CYTOKINE; CYTOKINE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier27.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.86 Å
零角强度 I(0) i023713700.00
分子量 molecular_weight37344.0 kDa
排除体积 excluded_volume46721 ų
包络体积 envelope_volume60998 ų
水化壳体积 shell_volume20734 ų
包络直径 envelope_diameter99.0 Å
壳层 Rg shell_rg30.90 Å
包络 Rg envelope_rg27.46 Å
形状 Rg shape_rg26.84 Å
总 Rg total_rg27.40 Å
总原子数 total_atoms2637
残基数 n_residues327
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.7 Å
Rg (实空间) rg_real27.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.01 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3710e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.9990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal27.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23710000.0000
解质量估计 total_estimate0.8376
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.4 Å
偏度 Skewness skewness0.443
峰度 Kurtosis kurtosis-0.357
角度范围 angular_range— – 0.2900 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4467000.0000
实空间数据点数 n_real_points59
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.765; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.690; Smooth: 0.900
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id6h41A01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6h41A02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id6h41A03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)