SAXSdb — 6h77

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–346 链 B； UniProt 36–346	未记录	Ubiquitin-fold modifier 1 × 2 （P61960） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 2.10 Å R-free 0.221
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 36–346 链 D； UniProt 36–346	未记录	Ubiquitin-fold modifier 1 × 2 （P61960） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 2.10 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6H77	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3GUC Human Ubiquitin-activating Enzyme 5 in Complex with AMPPNP 提交 2009-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–329（273 aa）链 B 57–329（273 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；287 K；1 M LITHIUM SULPHATE, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE,0.1 M SODIUM CITRATE, PH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 287K	分辨率 2.25 Å R-free 0.255
3H8V Human Ubiquitin-activating Enzyme 5 in Complex with ATP 提交 2009-04-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 57–329（273 aa）片段：residues 57-329 链 B 57–329（273 aa）片段：residues 57-329	未记录	ZN ZINC ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.2；287 K；1 M LITHIUM SULPHATE, 0.3 M AMMONIUM SULPHATE, 0.1 M SODIUM CITRATE, PH 6.2 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K	分辨率 2.00 Å R-free 0.224
5IAA Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 提交 2016-02-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 57–346（290 aa）片段：UNP residues 57-346 链 B 57–346（290 aa）片段：UNP residues 57-346	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% Tascimate, pH 7.0 and 16% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.206
5L95 Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 and AMP 提交 2016-06-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 68–346（279 aa）链 B 68–346（279 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M HEPES pH7.5, 10% PEG 6000 and 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 36–335（300 aa）链 B 36–335（300 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 36–335（300 aa）链 D 36–335（300 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 36–335（300 aa）链 F 36–335（300 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 36–335（300 aa）链 H 36–335（300 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 36–335（300 aa）链 J 36–335（300 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 36–335（300 aa）链 L 36–335（300 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 36–335（300 aa）链 N 36–335（300 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
6H78 E1 enzyme for ubiquitin like protein activation. 提交 2018-07-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 36–335（300 aa）链 P 36–335（300 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；293.13 K；0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350.	分辨率 2.70 Å R-free 0.242
6H8C Structure of the human GABARAPL2 protein in complex with the UBA5 LIR motif 提交 2018-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 333–348（16 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] GABARAPL2, 1.0 mM No Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (UBA5) LIR motif, 50 mM No sodium phosphate, 100 mM No sodium chloride, 4.6 mM No sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.0 mM No GABARAPL2, 0.6 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 (UBA5) LIR motif, 50 mM No sodium phosphate, 100 mM No sodium chloride, 4.6 mM No sodium azide, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
7NVK Crystal structure of UBA5 fragment fused to the N-terminus of UFC1 提交 2021-03-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 AAA 347–404（58 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；2% (v/v) Tacsimate pH 7.0, 20% PEG 3350, 0.1M HEPES pH 7.5, 6mM zinc sulfate	分辨率 2.65 Å R-free 0.264
7NW1 Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 提交 2021-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 FFF 389–404（16 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride	分辨率 1.95 Å R-free 0.280
7NW1 Crystal structure of UFC1 in complex with UBA5 提交 2021-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 CCC 389–404（16 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；35 mM citric acid, 65 mM bis-tris propane, 19% PEG3350, 100 mM lithium chloride	分辨率 1.95 Å R-free 0.280
7OVC Structure of the human UFC1 protein in complex with the UBA5 C-terminal UFC1-binding motif. 提交 2021-06-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 381–404（24 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 1.0 mM Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1.2 mM Ubiquitin-fold modifier-conjugating enzyme 1, 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5, 50 mM TRIS, 100 mM sodium chloride, 2 mM TCEP, 5 mM AEBSF protease inhibitor, 0.15 mM DSS, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供

共 9 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBA5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–311； UniProt 36–346 作者链 B； PDB构建体 1–311； UniProt 36–346 作者链 C； PDB构建体 1–311； UniProt 36–346 作者链 D； PDB构建体 1–311； UniProt 36–346

Ubiquitin-fold modifier 1

Homo sapiens

UniProt P61960

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 Q； UniProt 1–78 链 T； UniProt 1–78	未记录	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 × 2 （Q9GZZ9） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 18	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 2.10 Å R-free 0.221
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 R； UniProt 1–78 链 S； UniProt 1–78	未记录	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5 × 2 （Q9GZZ9） ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 17 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.1；293.15 K；0.2 M Lithium Nitrate, 21% PEG 3350, 0.2 M Magnesium chloride hexahydrate and 3.5 % v/v Pentaerythritol ethoxylate (3/4 EO/OH)	分辨率 2.10 Å R-free 0.221

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6H77	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1WXS Solution Structure of Ufm1, a ubiquitin-fold modifier 提交 2005-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–85（85 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；303 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM；压力 ambient NMR样品组成 0.1mM Ufm1 U-13C,15N; 10mM phosphate buffer NA; 100mM NaCl; 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
5HKH Crystal structure of Ufm1 in complex with UBA5 提交 2016-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 2–83（82 aa）链 C 2–83（82 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M ammonium acetate, 0.01 M magnesium acetate, 30% polyethylene glycol 8000, 0.05 M sodium cacodylate, pH 8.0	分辨率 2.55 Å R-free 0.248
5IA7 Crystal structure of Ubiquitin fold modifier 1 (Ufm1) 提交 2016-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–83（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate and 30% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
5IA7 Crystal structure of Ubiquitin fold modifier 1 (Ufm1) 提交 2016-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–83（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate and 30% PEG 4000	分辨率 2.00 Å R-free 0.230
5IA8 Structure of a Ubiquitin like protein with an E1 fragment 提交 2016-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–83（83 aa）片段：UNP residues 334-346,UNP residues 1-83	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5IA8 Structure of a Ubiquitin like protein with an E1 fragment 提交 2016-02-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–83（83 aa）片段：UNP residues 334-346,UNP residues 1-83	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.2M Potassium phosphate dibasic and 20% PEG 3350	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5IAA Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 提交 2016-02-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–83（83 aa）链 D 1–83（83 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；8% Tascimate, pH 7.0 and 16% PEG3350	分辨率 1.85 Å R-free 0.206
5L95 Crystal structure of human UBA5 in complex with UFM1 and AMP 提交 2016-06-09	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 4–83（80 aa）链 D 4–83（80 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M HEPES pH7.5, 10% PEG 6000 and 5% 2-Methyl-2,4-pentanediol (MPD)	分辨率 2.10 Å R-free 0.222
7W3N Crystal structure of Ufm1 fused to UFBP1 UFIM 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–83（83 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；28% 2-propanol, 3% PEG 200, 0.1M MES at pH 6.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.200
8BZR UFC1-UFM1 conjugate 提交 2022-12-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–83（83 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；292 K；30% v/v PEG400, 0.1M Tris, 0.2M Na citrate	分辨率 1.78 Å R-free 0.226
8OHD 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (native) 提交 2023-03-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 D 1–85（85 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
8OJ0 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 2 (native) 提交 2023-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 D 1–85（85 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8OJ5 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 3 (in-vitro reconstitution) 提交 2023-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：49-meric	链 D 1–85（85 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
9GY4 60S ribosomal subunit in complex with E3-UFM1 ligase and RQC machinery components NEMF and LTN1 (Composite map) 提交 2024-10-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric	链 D 1–85（85 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 219 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å

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UniProt名称	UFM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78 作者链 R； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78 作者链 S； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78 作者链 T； PDB构建体 1–78； UniProt 1–78

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6h77
沉积日期 deposition_date	2018-07-30
结构标题 title	E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL
关键词 keywords	Ubiquitin like protein activating enzyme, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	38.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	38.97 Å
零角强度 I(0) i0	448217000.00
分子量 molecular_weight	171820.0 kDa
排除体积 excluded_volume	214790 Å³
包络体积 envelope_volume	274350 Å³
水化壳体积 shell_volume	58189 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.1 Å
壳层 Rg shell_rg	44.35 Å
包络 Rg envelope_rg	39.51 Å
形状 Rg shape_rg	38.99 Å
总 Rg total_rg	39.19 Å
总原子数 total_atoms	11997
残基数 n_residues	1517
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.0 Å
Rg (实空间) rg_real	38.95 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4820e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.7940e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	38.88 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	448200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8022
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	42.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.430
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.289
角度范围 angular_range	— – 0.2050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	106000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	42
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.814; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.982; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5
分子量 formula_weight	34607.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12866

GRVRIEKMSSEVVDSNPYSRLMALKRMGIVSDYEKIRTFAVAIVGVGGVGSVTAEMLTRCGIGKLLLFDYDKVELANMNRLFFQPHQAGLSKVQAAEHTLRNINPDVLFEVHNYNITTVENFQHFMDRISNGGLEEGKPVDLVLSCVDNFEARMTINTACNELGQTWMESGVSENAVSGHIQLIIPGESACFACAPPLVVAANIDEKTLKREGVCAASLPTTMGVVAGILVQNVLKFLLNFGTVSFYLGYNAMQDFFPTMSMKPNPQCDDRNCRKQQEEYKKKVAALPKQEVIQEEEEIIHEDNEWGIELV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ubiquitin-fold modifier 1
分子量 formula_weight	8352.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S,T

MSKVSFKITLTSDPRLPYKVLSVPESTPFTAVLKFAAEEFKVPAATSAIITNDGIGINPAQTAGNVFLKHGSELRIIP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	35

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	515

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	6h77A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	6h77B01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	6h77C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	6h77D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	6h77Q00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6h77R00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6h77S00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

结构域编号 domain_id	6h77T00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	87.110 Å
晶胞边长 b length_b	105.520 Å
晶胞边长 c length_c	93.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	52.760 Å
R 因子 r_factor	0.1849
R_work r_work	0.1840
R_free r_free	0.2209

fit	/app/data/saxs_computation/h7/6h77/6h77.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h7/6h77/6h77.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h7/6h77/6h77.dat

E1 enzyme for ubiquitin like protein activation in complex with UBL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ubiquitin-fold modifier 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)