6h78

E1 enzyme for ubiquitin like protein activation.

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 189.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 5

Homo sapiens

UniProt Q9GZZ9

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 36–335 链 B; UniProt 36–335 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 8 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;293.13 K;0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350. 分辨率 2.70 Å R-free 0.242
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 36–335 链 D; UniProt 36–335 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;293.13 K;0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350. 分辨率 2.70 Å R-free 0.242
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 36–335 链 F; UniProt 36–335 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;293.13 K;0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350. 分辨率 2.70 Å R-free 0.242
4 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 36–335 链 H; UniProt 36–335 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;293.13 K;0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350. 分辨率 2.70 Å R-free 0.242
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 I; UniProt 36–335 链 J; UniProt 36–335 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;293.13 K;0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350. 分辨率 2.70 Å R-free 0.242
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 K; UniProt 36–335 链 L; UniProt 36–335 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 5 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;293.13 K;0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350. 分辨率 2.70 Å R-free 0.242
7 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 M; UniProt 36–335 链 N; UniProt 36–335 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;293.13 K;0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350. 分辨率 2.70 Å R-free 0.242
8 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 O; UniProt 36–335 链 P; UniProt 36–335 未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 ZN ZINC ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 7.9;293.13 K;0.2M sodium citrate tribasic dihydrate pH 7.9, 20% PEG 3350. 分辨率 2.70 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBA5_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 B; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 C; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 D; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 E; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 F; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 G; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 H; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 I; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 J; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 K; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 L; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 M; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 N; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 O; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335 作者链 P; PDB构建体 1–300; UniProt 36–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6h78

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6h78
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6h78
沉积日期 deposition_date2018-07-30
结构标题 titleE1 enzyme for ubiquitin like protein activation.
关键词 keywordsUbiquitin like protein activating enzyme, transferase; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier56.54
回转半径 Rg (电子) rg_electron56.21
零角强度 I(0) i03814670000.00
分子量 molecular_weight504220.0 kDa
排除体积 excluded_volume624850 ų
包络体积 envelope_volume877330 ų
水化壳体积 shell_volume126920 ų
包络直径 envelope_diameter196.0
壳层 Rg shell_rg61.44
包络 Rg envelope_rg54.71
形状 Rg shape_rg56.18
总 Rg total_rg56.40
总原子数 total_atoms35100
残基数 n_residues4460
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax189.5
Rg (实空间) rg_real56.37
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.38
I(0) (实空间) i0_real3.8150e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7620e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal56.67
I(0) (倒空间) i0_reciprocal3816000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8746
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary74.4
偏度 Skewness skewness0.224
峰度 Kurtosis kurtosis-0.352
角度范围 angular_range— – 0.1400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha221200000.0000
实空间数据点数 n_real_points29
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.839; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.864

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

CATH v4.4 (16 domains)

结构域编号 domain_id6h78A01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78B01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78C01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78D01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78E01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78F01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78G01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78H01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78I01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78J01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78K01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78L01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78M01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78N01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78O01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain
结构域编号 domain_id6h78P01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)