SAXSdb — 6h7s

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

Sulfolobus solfataricus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	L-2-keto-3deoxy-gluconate × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KDGA_SULSF
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–293； UniProt 2–294 作者链 B； PDB构建体 1–293； UniProt 2–294

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6h7s
沉积日期 deposition_date	2018-07-31
结构标题 title	Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase T157V/A198L variant in complex with L-2-keto-3deoxy-gluconate
关键词 keywords	aldolase, lyase; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6h7s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6h7s__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6h7s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.44 Å
Rg（电子密度）	31.34 Å
总 Rg	32.22 Å
原子数	18998
残基数	1172
排除体积	169720 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6h7s__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase
分子量 formula_weight	33061.3 kDa
EC 编号 ec_number	4.1.2.55
突变 mutation	T157V, A198L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	9511

PEIITPIITPFTKDNRIDKEKLKIHAENLIRKGIDKLFVNGTTGLGPSLSPEEKLENLKAVYDVTNKIIFQVGGLNLDDAIRLAKLSKDFDIVGIASYAPYYYPRMSEKHLVKYFKTLCEVSPHPVYLYNYPTATGKDIDAKVAKEIGCFTGVKDVIENIIHTLDYKRLNPNMLVYSGSDMLIATVASTGLDGNVALGSNYLPEVTVTIKKLAMERKIDEALKLQFLHDEVIEASRIFGSLSSNYVLTKYFQGYDLGYPRPPIFPLDDEEERQLIKKVEGIRAKLVELKILKE

来源 Source

来源生物 organism	Sulfolobus solfataricus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2287
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	L-2-keto-3deoxy-gluconate
分子量 formula_weight	178.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	12

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6h7sA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

结构域编号 domain_id	6h7sB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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晶胞边长 a length_a	105.061 Å
晶胞边长 b length_b	105.061 Å
晶胞边长 c length_c	246.416 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.202 Å
最低分辨率 resolution_low	26.265 Å
R 因子 r_factor	0.1809
R_work r_work	0.1775
R_free r_free	0.2440

Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase T157V/A198L variant in complex with L-2-keto-3deoxy-gluconate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6h7s__assembly_1__model_1

6h7s__assembly_1__model_1 | I(q)

6h7s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Sulfolobus solfataricus 2-keto-3-deoxygluconate aldolase T157V/A198L variant in complex with L-2-keto-3deoxy-gluconate

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2-dehydro-3-deoxy-phosphogluconate/2-dehydro-3-deoxy-6-phosphogalactonate aldolase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6h7s__assembly_1__model_1

6h7s__assembly_1__model_1 | I(q)

6h7s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)