SAXSdb — 6har

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PRSS3 protein

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 28–251	未记录	Amyloid-beta A4 protein × 1 （H7C0V9） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES pH 6.8, 16% PEG 20, 000	分辨率 1.50 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6HAR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3L3T Human mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibitor variant (APPIR15K) 提交 2009-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–251（224 aa）片段：UNP residues 28-251	突变：S195A	FMT FORMIC ACID × 7 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4M sodium formate solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.38 Å R-free 0.237
3L3T Human mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibitor variant (APPIR15K) 提交 2009-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–251（224 aa）片段：UNP residues 28-251	突变：S195A	FMT FORMIC ACID × 5 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4M sodium formate solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.38 Å R-free 0.237
3L3T Human mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibitor variant (APPIR15K) 提交 2009-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 28–251（224 aa）片段：UNP residues 28-251	突变：S195A	FMT FORMIC ACID × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4M sodium formate solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.38 Å R-free 0.237
3L3T Human mesotrypsin complexed with amyloid precursor protein inhibitor variant (APPIR15K) 提交 2009-12-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 28–251（224 aa）片段：UNP residues 28-251	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；4M sodium formate solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.38 Å R-free 0.237
3P92 Human mesotrypsin complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor variant (BPTI-K15R/R17G) 提交 2010-10-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–251（224 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25% PEG4000, 0.2M Na acetate and 100mM Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.159
3P92 Human mesotrypsin complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor variant (BPTI-K15R/R17G) 提交 2010-10-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 28–251（224 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25% PEG4000, 0.2M Na acetate and 100mM Tris pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.159
3P95 Human mesotrypsin complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor variant (BPTI-K15R/R17D) 提交 2010-10-15	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–251（224 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；25% PEG4000, 0.2M Na acetate and 100mM Tris pH 8.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.30 Å R-free 0.132
4DG4 Human mesotrypsin-S39Y complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) 提交 2012-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–251（224 aa）片段：unp residues 28-251	突变：S195A, S39Y	SO4 SULFATE ION × 5 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.211
4DG4 Human mesotrypsin-S39Y complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) 提交 2012-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–251（224 aa）片段：unp residues 28-251	突变：S195A, S39Y	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.211
4DG4 Human mesotrypsin-S39Y complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) 提交 2012-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 28–251（224 aa）片段：unp residues 28-251	突变：S195A, S39Y	SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.211
4DG4 Human mesotrypsin-S39Y complexed with bovine pancreatic trypsin inhibitor (BPTI) 提交 2012-01-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 28–251（224 aa）片段：unp residues 28-251	突变：S195A, S39Y	SO4 SULFATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1.6M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.40 Å R-free 0.211
5JBT Mesotrypsin in complex with cleaved amyloid precursor like protein 2 inhibitor (APLP2) 提交 2016-04-13	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 28–251（224 aa）	突变：S195A	CA CALCIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.2 M Ammonium Sulfate 0.1 M Sodium Cacodylate Trihydrate 30% PEG 8000	分辨率 1.40 Å R-free 0.199
6GFI Structure of Human Mesotrypsin in complex with APPI variant T11V/M17R/I18F/F34V 提交 2018-04-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 28–251（224 aa）	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium Chloride, 0.1M Bis-Tris pH 6.8 , 1.42M Ammonium Sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.301
6GFI Structure of Human Mesotrypsin in complex with APPI variant T11V/M17R/I18F/F34V 提交 2018-04-30	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 28–251（224 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M Sodium Chloride, 0.1M Bis-Tris pH 6.8 , 1.42M Ammonium Sulfate	分辨率 2.30 Å R-free 0.301

共 6 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8N2U3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–224； UniProt 28–251

Amyloid-beta A4 protein

Homo sapiens

UniProt H7C0V9

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 216–268	未记录	PRSS3 protein × 1 （Q8N2U3） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES pH 6.8, 16% PEG 20, 000	分辨率 1.50 Å R-free 0.193

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H7C0V9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 18–70； UniProt 216–268

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6har
沉积日期 deposition_date	2018-08-08
结构标题 title	Crystal structure of Mesotrypsin in complex with APPI-M17C/I18F/F34C
关键词 keywords	PRSS3, Mesotrypsin, Serine protease, Kunitz type inhibitor, APPI, protein fibril; PROTEIN FIBRIL
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.00 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.10 Å
零角强度 I(0) i0	17247900.00
分子量 molecular_weight	30260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37318 Å³
包络体积 envelope_volume	42244 Å³
水化壳体积 shell_volume	19310 Å³
包络直径 envelope_diameter	61.2 Å
壳层 Rg shell_rg	24.59 Å
包络 Rg envelope_rg	18.53 Å
形状 Rg shape_rg	18.09 Å
总 Rg total_rg	19.02 Å
总原子数 total_atoms	2116
残基数 n_residues	275
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	60.7 Å
Rg (实空间) rg_real	18.91 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.28 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7250e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.93 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17250000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8964
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.219
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.369
角度范围 angular_range	— – 0.4200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	4932000.0000
实空间数据点数 n_real_points	73
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.884; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.998

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PRSS3 protein
分子量 formula_weight	24257.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2437

IVGGYTCEENSLPYQVSLNSGSHFCGGSLISEQWVVSAAHCYKTRIQVRLGEHNIKVLEGNEQFINAAKIIRHPKYNRDTLDNDIMLIKLSSPAVINARVSTISLPTAPPAAGTECLISGWGNTLSFGADYPDELKCLDAPVLTQAECKASYPGKITNSMFCVGFLEGGKDSCQRDAGGPVVCNGQLQGVVSWGHGCAWKNRPGVYTKVYNYVDWIKDTIAANS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Amyloid-beta A4 protein
分子量 formula_weight	9070.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

YVDYKDDDDKEFEVCSEQAETGPCRACFSRWYFDVTEGKCAPFCYGGCGGNRNNFDTEEYCMAVCGSAIPRHHHHHHAAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Komagataella phaffii GS115

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	250

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6hara_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.47 — Trypsin-like serine proteases
超家族 Superfamily superfamily	b.47.1 — Trypsin-like serine proteases
家族 Family family	b.47.1.2 — Eukaryotic proteases

结构域编号 domain_id	d6hare1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.8 — BPTI-like
超家族 Superfamily superfamily	g.8.1 — BPTI-like
家族 Family family	g.8.1.1 — Small Kunitz-type inhibitors & BPTI-like toxins

结构域编号 domain_id	d6hare2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6harA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	6harE00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	410 — Factor Xa Inhibitor
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	34.091 Å
晶胞边长 b length_b	82.781 Å
晶胞边长 c length_c	46.559 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	93.63 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.497 Å
最低分辨率 resolution_low	46.466 Å
R 因子 r_factor	0.1703
R_work r_work	0.1690
R_free r_free	0.1928

fit	/app/data/saxs_computation/ha/6har/6har.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ha/6har/6har.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ha/6har/6har.dat

Crystal structure of Mesotrypsin in complex with APPI-M17C/I18F/F34C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PRSS3 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Amyloid-beta A4 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)