SAXSdb — 6hd5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 × 1 （P07347） N-alpha-acetyltransferase NAT5 × 1 （Q08689）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NAT1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 t； PDB构建体 1–854； UniProt 1–854

N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1

物种未注明

UniProt P07347

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 × 1 （P12945） N-alpha-acetyltransferase NAT5 × 1 （Q08689）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARD1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 u； PDB构建体 1–238； UniProt 1–238

N-alpha-acetyltransferase NAT5

物种未注明

UniProt Q08689

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1 × 1 （P12945） N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1 × 1 （P07347）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NAT5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 v； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hd5
沉积日期 deposition_date	2018-08-17
结构标题 title	Cryo-EM structure of the ribosome-NatA complex
关键词 keywords	N-terminal acetylation, protein modification, ribosome, expansion segments, TRANSLATION; TRANSLATION
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6hd5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6hd5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6hd5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.29 Å
Rg（电子密度）	35.35 Å
总 Rg	35.83 Å
原子数	9707
残基数	1234
排除体积	172770 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6hd5__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1
分子量 formula_weight	99050.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	t
原子数 atom_count	9707

MSRKRSTKPKPAAKIALKKENDQFLEALKLYEGKQYKKSLKLLDAILKKDGSHVDSLALKGLDLYSVGEKDDAASYVANAIRKIEGASASPICCHVLGIYMRNTKEYKESIKWFTAALNNGSTNKQIYRDLATLQSQIGDFKNALVSRKKYWEAFLGYRANWTSLAVAQDVNGERQQAINTLSQFEKLAEGKISDSEKYEHSECLMYKNDIMYKAASDNQDKLQNVLKHLNDIEPCVFDKFGLLERKATIYMKLGQLKDASIVYRTLIKRNPDNFKYYKLLEVSLGIQGDNKLKKALYGKLEQFYPRCEPPKFIPLTFLQDKEELSKKLREYVLPQLERGVPATFSNVKPLYQRRKSKVSPLLEKIVLDYLSGLDPTQDPIPFIWTNYYLSQHFLFLKDFPKAQEYIDAALDHTPTLVEFYILKARILKHLGLMDTAAGILEEGRQLDLQDRFINCKTVKYFLRANNIDKAVEVASLFTKNDDSVNGIKDLHLVEASWFIVEQAEAYYRLYLDRKKKLDDLASLKKEVESDKSEQIANDIKENQWLVRKYKGLALKRFNAIPKFYKQFEDDQLDFHSYCMRKGTPRAYLEMLEWGKALYTKPMYVRAMKEASKLYFQMHDDRLKRKSDSLDENSDEIQNNGQNSSSQKKKAKKEAAAMNKRKETEAKSVAAYPSDQDNDVFGEKLIETSTPMEDFATEFYNNYSMQVREDERDYILDFEFNYRIGKLALCFASLNKFAKRFGTTSGLFGSMAIVLLHATRNDTPFDPILKKVVTKSLEKEYSENFPLNEISNNSFDWLNFYQEKFGKNDINGLLFLYRYRDDVPIGSSNLKEMIISSLSPLEPHSQNEILQYYL

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1
分子量 formula_weight	27635.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.255
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	u

MPINIRRATINDIICMQNANLHNLPENYMMKYYMYHILSWPEASFVATTTTLDCEDSDEQDENDKLELTLDGTNDGRTIKLDPTYLAPGEKLVGYVLVKMNDDPDQQNEPPNGHITSLSVMRTYRRMGIAENLMRQALFALREVHQAEYVSLHVRQSNRAALHLYRDTLAFEVLSIEKSYYQDGEDAYAMKKVLKLEELQISNFTHRRLKENEEKLEDDLESDLLEDIIKQGVNDIIV

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	N-alpha-acetyltransferase NAT5
分子量 formula_weight	19753.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.258
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	v

MGRDICTLDNVYANNLGMLTKLAHVTVPNLYQDAFFSALFAEDSLVAKNKKPSSKKDVHFTQMAYYSEIPVGGLVAKLVPKKQNELSLKGIQIEFLGVLPNYRHKSIGSKLLKFAEDKCSECHQHNVFVYLPAVDDLTKQWFIAHGFEQVGETVNNFIKGVNGDEQDAILLKKHIS

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分辨率 resolution	4.80 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	262507

Cryo-EM structure of the ribosome-NatA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

N-alpha-acetyltransferase NAT5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hd5__assembly_1__model_1

6hd5__assembly_1__model_1 | I(q)

6hd5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Cryo-EM structure of the ribosome-NatA complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

N-terminal acetyltransferase A complex subunit NAT1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

N-terminal acetyltransferase A complex catalytic subunit ARD1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

N-alpha-acetyltransferase NAT5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hd5__assembly_1__model_1

6hd5__assembly_1__model_1 | I(q)

6hd5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)