Pyrococcus horikoshii (strain ATCC 700860 / DSM 12428 / JCM 9974 / NBRC 100139 / OT-3)
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白同源多聚体 | 同源多聚体 | 蛋白 6 | Tb-Xo4 × 6 MALONATE ION × 6 TERBIUM(III) ION × 8 water × 6 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | DEGLY_PYRHO |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 B； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 作者链 C； PDB构建体 1–166； UniProt 1–166 |
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| 条目编号 entry_id | 6hf6 |
| 沉积日期 deposition_date | 2018-08-21 |
| 结构标题 title | Crystal structure of the Protease 1 (E29A,E60A,E80A) from Pyrococcus horikoshii co-crystallized with Tb-Xo4. |
| 关键词 keywords | ;meshandcollect, de novo phasing, SAD, crystallization, Tb-Xo4, crystallophore, Lanthanide complex, multi-crystals data collection, ccCluster, HYDROLASE ;; HYDROLASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 31.98 Å |
| Rg（电子密度） | 31.25 Å |
| 总 Rg | 31.84 Å |
| 原子数 | 15992 |
| 残基数 | 996 |
| 排除体积 | 144460 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d6hf6a_ |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.23 — Flavodoxin-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like |
| 家族 Family family | c.23.16.2 — DJ-1/PfpI |
| 结构域编号 domain_id | d6hf6b_ |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.23 — Flavodoxin-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like |
| 家族 Family family | c.23.16.2 — DJ-1/PfpI |
| 结构域编号 domain_id | d6hf6c_ |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.23 — Flavodoxin-like |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.23.16 — Class I glutamine amidotransferase-like |
| 家族 Family family | c.23.16.2 — DJ-1/PfpI |
| 结构域编号 domain_id | 6hf6A00 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 50 — Rossmann fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain |
| 结构域编号 domain_id | 6hf6B00 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 50 — Rossmann fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain |
| 结构域编号 domain_id | 6hf6C00 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 40 — 3-Layer(aba) Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 50 — Rossmann fold |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 880 — Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain |