6hjx

X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 7'C pore mutant (L238C) in complex with nanobody 72

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cys-loop ligand-gated ion channel

Dickeya chrysanthemi

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 10	nanobody 72 × 5 HEXAETHYLENE GLYCOL × 4 PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 SODIUM ION × 1 water × 10	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELIC_DICCH
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4, 5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–306； UniProt 9–313 作者链 B； PDB构建体 3–309； UniProt 8–313 作者链 C； PDB构建体 3–312； UniProt 8–316 作者链 D； PDB构建体 1–310； UniProt 9–317 作者链 E； PDB构建体 1–307； UniProt 8–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hjx
沉积日期 deposition_date	2018-09-04
结构标题 title	X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 7'C pore mutant (L238C) in complex with nanobody 72
关键词 keywords	ion channel, pentameric ligand-gated ion channel, cya-loop receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6hjx__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6hjx__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6hjx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.53 Å
Rg（电子密度）	39.56 Å
总 Rg	40.10 Å
原子数	16830
残基数	2131
排除体积	299840 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6hjx__assembly_1__model_1`	decameric （10）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cys-loop ligand-gated ion channel
分子量 formula_weight	35244.1 kDa
突变 mutation	C300S, C313S, L238C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17226

ARPVDVSVSIFINKIYGVNTLEQTYKVDGYIVAQWTGKPRKTPGDKPLIVENTQIERWINNGLWVPALEFINVVGSPDTGNKRLMLFPDGRVIYNARFLGSFSNDMDFRLFPFDRQQFVLELEPFSYNNQQLRFSDIQVYTENIDNEEIDEWWIRGKASTHISDIRYDHLSSVQPNQNEFSRITVRIDAVRNPSYYLWSFILPLGLIIAASWSVFWLESFSERLQTSFTCMLTVVAYAFYTSNILPRLPYTTVIDQMIIAGYGSIFAAILLIIFAHHRQANGVEDDLLIQRSRLAFPLGFLAIGSV

来源 Source

来源生物 organism	Dickeya chrysanthemi
通用名 common_name	Pectobacterium chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cys-loop ligand-gated ion channel
分子量 formula_weight	35555.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PVDARPVDVSVSIFINKIYGVNTLEQTYKVDGYIVAQWTGKPRKTPGDKPLIVENTQIERWINNGLWVPALEFINVVGSPDTGNKRLMLFPDGRVIYNARFLGSFSNDMDFRLFPFDRQQFVLELEPFSYNNQQLRFSDIQVYTENIDNEEIDEWWIRGKASTHISDIRYDHLSSVQPNQNEFSRITVRIDAVRNPSYYLWSFILPLGLIIAASWSVFWLESFSERLQTSFTCMLTVVAYAFYTSNILPRLPYTTVIDQMIIAGYGSIFAAILLIIFAHHRQANGVEDDLLIQRSRLAFPLGFLAIGSV

来源 Source

来源生物 organism	Dickeya chrysanthemi
通用名 common_name	Pectobacterium chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cys-loop ligand-gated ion channel
分子量 formula_weight	35880.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

来源 Source

来源生物 organism	Dickeya chrysanthemi
通用名 common_name	Pectobacterium chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cys-loop ligand-gated ion channel
分子量 formula_weight	35726.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

来源 Source

来源生物 organism	Dickeya chrysanthemi
通用名 common_name	Pectobacterium chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cys-loop ligand-gated ion channel
分子量 formula_weight	35359.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

DARPVDVSVSIFINKIYGVNTLEQTYKVDGYIVAQWTGKPRKTPGDKPLIVENTQIERWINNGLWVPALEFINVVGSPDTGNKRLMLFPDGRVIYNARFLGSFSNDMDFRLFPFDRQQFVLELEPFSYNNQQLRFSDIQVYTENIDNEEIDEWWIRGKASTHISDIRYDHLSSVQPNQNEFSRITVRIDAVRNPSYYLWSFILPLGLIIAASWSVFWLESFSERLQTSFTCMLTVVAYAFYTSNILPRLPYTTVIDQMIIAGYGSIFAAILLIIFAHHRQANGVEDDLLIQRSRLAFPLGFLAIGSV

来源 Source

来源生物 organism	Dickeya chrysanthemi
通用名 common_name	Pectobacterium chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	nanobody 72
分子量 formula_weight	13368.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,I,J

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGRIFSTNVMGWFRQAPGKEREFVATVGRIGGSTVYADFVKGRFTLSRDNAKNMVYLQMNSLKPEDTAVYYCGARIGGSDRLAPENYGYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	308

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d6hjxf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6hjxf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6hjxg1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6hjxg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6hjxh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6hjxh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6hjxi1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6hjxi2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6hjxj1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6hjxj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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晶胞边长 a length_a	96.251 Å
晶胞边长 b length_b	156.277 Å
晶胞边长 c length_c	102.496 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	47.587 Å
R 因子 r_factor	0.2063
R_work r_work	0.2042
R_free r_free	0.2451

X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 7'C pore mutant (L238C) in complex with nanobody 72

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cys-loop ligand-gated ion channel

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hjx__assembly_1__model_1

6hjx__assembly_1__model_1 | I(q)

6hjx__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

7. 引用文献 (1)