6hjx

X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 7'C pore mutant (L238C) in complex with nanobody 72

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 123.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cys-loop ligand-gated ion channel

Dickeya chrysanthemi

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 10 PDB 声明：decameric（10）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 9–313 链 B； UniProt 8–313 链 C； UniProt 8–316 链 D； UniProt 9–317 链 E； UniProt 8–313	突变：C300S, C313S, L238C	nanobody 72 × 5 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 4 PTY PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE × 1 LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100 mM MES (pH 6.5) and 30% PEG400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6HJX	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2VL0 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 提交 2008-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–321（321 aa）链 B 1–321（321 aa）链 C 1–321（321 aa）链 D 1–321（321 aa）链 E 1–321（321 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；15 % PEG 4000, 200MM AMMONIUM SULFATE, 50 MM ADA PH 6.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
2VL0 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 提交 2008-01-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–321（321 aa）链 G 1–321（321 aa）链 H 1–321（321 aa）链 I 1–321（321 aa）链 J 1–321（321 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；15 % PEG 4000, 200MM AMMONIUM SULFATE, 50 MM ADA PH 6.5	分辨率 3.30 Å R-free 0.274
2YKS PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL ELIC MUTANT F246A 提交 2011-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–321（321 aa）链 B 1–321（321 aa）链 C 1–321（321 aa）链 D 1–321（321 aa）链 E 1–321（321 aa）	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；50MM ADA PH6.5, 200MM NALISO4, 10% (W/V) PEG4000	分辨率 3.30 Å R-free 0.265
2YKS PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL ELIC MUTANT F246A 提交 2011-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–321（321 aa）链 G 1–321（321 aa）链 H 1–321（321 aa）链 I 1–321（321 aa）链 J 1–321（321 aa）	突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；50MM ADA PH6.5, 200MM NALISO4, 10% (W/V) PEG4000	分辨率 3.30 Å R-free 0.265
2YOE X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with GABA and flurazepam 提交 2012-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）链 G 11–316（306 aa）链 H 11–316（306 aa）链 I 11–316（306 aa）链 J 11–316（306 aa）	未记录	ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.90 Å R-free 0.230
2YOE X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with GABA and flurazepam 提交 2012-10-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）链 B 11–316（306 aa）链 C 11–316（306 aa）链 D 11–316（306 aa）链 E 11–316（306 aa）	未记录	ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 1 FL7 Flurazepam × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.90 Å R-free 0.230
3ZKR X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromoform 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）链 G 11–316（306 aa）链 H 11–316（306 aa）链 I 11–316（306 aa）链 J 11–316（306 aa）	未记录	MBR TRIBROMOMETHANE × 11	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.264
3ZKR X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromoform 提交 2013-01-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）链 B 11–316（306 aa）链 C 11–316（306 aa）链 D 11–316（306 aa）链 E 11–316（306 aa）	未记录	MBR TRIBROMOMETHANE × 11	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.65 Å R-free 0.264
4A97 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with zopiclone 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 B 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 C 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 D 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 E 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316	未记录	ZPC (5R)-6-(5-chloropyridin-2-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[3,4-b]pyrazin-5-yl 4-methylpiperazine-1-carboxylate × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.34 Å R-free 0.259
4A97 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with zopiclone 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 G 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 H 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 I 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 J 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316	未记录	ZPC (5R)-6-(5-chloropyridin-2-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-5H-pyrrolo[3,4-b]pyrazin-5-yl 4-methylpiperazine-1-carboxylate × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.34 Å R-free 0.259
4A98 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromoflurazepam 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 B 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 C 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 D 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 E 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316	未记录	BFZ 7-BROMO-1-[2-(DIETHYLAMINO)ETHYL]-5-(2-FLUOROPHENYL)-1,3-DIHYDRO-2H-1,4-BENZODIAZEPIN-2-ONE × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.61 Å R-free 0.245
4A98 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromoflurazepam 提交 2011-11-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 G 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 H 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 I 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316 链 J 11–316（306 aa）片段：RESIDUES 11-316	未记录	BFZ 7-BROMO-1-[2-(DIETHYLAMINO)ETHYL]-5-(2-FLUOROPHENYL)-1,3-DIHYDRO-2H-1,4-BENZODIAZEPIN-2-ONE × 5	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.61 Å R-free 0.245
4TWD X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with memantine 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 A 11–316（306 aa）链 B 11–316（306 aa）链 C 11–316（306 aa）链 D 11–316（306 aa）链 E 11–316（306 aa）	突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S	377 Memantine × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate, 50 mM ADA, pH 5.5, 20 % PEG 4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.252
4TWD X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with memantine 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 F 11–316（306 aa）链 G 11–316（306 aa）链 H 11–316（306 aa）链 I 11–316（306 aa）链 J 11–316（306 aa）	突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S 突变：F16S	377 Memantine × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate, 50 mM ADA, pH 5.5, 20 % PEG 4000	分辨率 3.20 Å R-free 0.252
4TWF X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromomemantine 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 A 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 B 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 C 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 D 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 E 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316	突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S	BR7 Bromomemantine × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate, 50 mM ADA pH 5.5, 20 % PEG 4000	分辨率 3.90 Å R-free 0.250
4TWF X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromomemantine 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 F 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 G 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 H 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 I 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 J 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316	突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S	BR7 Bromomemantine × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate, 50 mM ADA pH 5.5, 20 % PEG 4000	分辨率 3.90 Å R-free 0.250
4TWH X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) mutant F16'S 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 A 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 B 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 C 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 D 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 E 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316	突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate 50 mM ADA, pH 5.5 20 % PEG 4000	分辨率 3.60 Å R-free 0.263
4TWH X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) mutant F16'S 提交 2014-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：Pentameric	链 F 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 G 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 H 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 I 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316 链 J 11–316（306 aa）片段：UNP residues 11-316	突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S 突变：F246S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；200 mM ammonium sulphate 50 mM ADA, pH 5.5 20 % PEG 4000	分辨率 3.60 Å R-free 0.263
4YEU ELIC-GLIC chimera in the resting conformation 提交 2015-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–199（189 aa）链 B 11–199（189 aa）链 C 11–199（189 aa）链 D 11–199（189 aa）链 E 11–199（189 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；PEG 4000, Ammonium Sulfate, Sodium ADA	分辨率 4.60 Å R-free 0.248
5LID X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromopromazine 提交 2016-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）链 B 11–316（306 aa）链 C 11–316（306 aa）链 D 11–316（306 aa）链 E 11–316（306 aa）	未记录	6XY bromopromazine × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 50 mM ADA pH 6.5, 9-12 % PEG4000	分辨率 4.50 Å R-free 0.257
5LID X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) in complex with bromopromazine 提交 2016-07-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）链 G 11–316（306 aa）链 H 11–316（306 aa）链 I 11–316（306 aa）链 J 11–316（306 aa）	未记录	6XY bromopromazine × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 50 mM ADA pH 6.5, 9-12 % PEG4000	分辨率 4.50 Å R-free 0.257
5SXV X-ray structure of 2-bromoethanol bound to a pentameric ligand gated ion channel (ELIC) in a resting state 提交 2016-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–321（321 aa）链 B 1–321（321 aa）链 C 1–321（321 aa）链 D 1–321（321 aa）链 E 1–321（321 aa）	未记录	BRJ 2-BROMOETHANOL × 16 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate	分辨率 3.40 Å R-free 0.259
5SXV X-ray structure of 2-bromoethanol bound to a pentameric ligand gated ion channel (ELIC) in a resting state 提交 2016-08-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 1–321（321 aa）链 G 1–321（321 aa）链 H 1–321（321 aa）链 I 1–321（321 aa）链 J 1–321（321 aa）	未记录	BRJ 2-BROMOETHANOL × 16 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；277 K；PEG 4000, ammonium sulfate	分辨率 3.40 Å R-free 0.259
6HJY X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) Delta8 truncation mutant in complex with nanobody 72 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 9–284（276 aa）链 B 8–284（277 aa）链 C 8–284（277 aa）链 D 10–284（275 aa）链 E 8–284（277 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；300 mM ammonium formate, 50 mM TRIS pH 9.0 and 33% PEG monomethylether 550	分辨率 2.78 Å R-free 0.233
6HK0 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) F16'S pore mutant (F247S) with alternate M4 conformation. 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 11–316（306 aa）链 B 11–316（306 aa）链 C 11–316（306 aa）链 D 11–316（306 aa）链 E 11–316（306 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 50 mM ADA pH 6.5, 12% PEG4000	分辨率 3.45 Å R-free 0.266
6HK0 X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) F16'S pore mutant (F247S) with alternate M4 conformation. 提交 2018-09-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 11–316（306 aa）链 G 11–316（306 aa）链 H 11–316（306 aa）链 I 11–316（306 aa）链 J 11–316（306 aa）	未记录	LMT DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；200 mM ammonium sulfate, 50 mM ADA pH 6.5, 12% PEG4000	分辨率 3.45 Å R-free 0.266
6SSI Structure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC in complex with a PAM nanobody 提交 2019-09-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 A 8–320（313 aa）链 B 8–320（313 aa）链 C 8–320（313 aa）链 D 8–320（313 aa）链 E 8–320（313 aa）	未记录	ABU GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 5 GOL GLYCEROL × 6 CA CALCIUM ION × 5 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 5 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M GABA, 0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M MES buffer, 10% PEG8000	分辨率 2.59 Å R-free 0.246
6SSP Structure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC in complex with a NAM nanobody 提交 2019-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 8–320（313 aa）链 B 8–320（313 aa）链 C 8–320（313 aa）链 D 8–320（313 aa）链 E 8–320（313 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Na2SO4, 0.1 M bis-trispropane, 10% PEG3350	分辨率 3.25 Å R-free 0.264
6SSP Structure of the pentameric ligand-gated ion channel ELIC in complex with a NAM nanobody 提交 2019-09-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 F 8–320（313 aa）链 G 8–320（313 aa）链 H 8–320（313 aa）链 I 8–320（313 aa）链 J 8–320（313 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Na2SO4, 0.1 M bis-trispropane, 10% PEG3350	分辨率 3.25 Å R-free 0.264
8VUW ELIC5 with cysteamine in 2:1:1 POPC:POPE:POPG nanodisc in open conformation 提交 2024-01-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 1–321（321 aa）链 B 1–321（321 aa）链 C 1–321（321 aa）链 D 1–321（321 aa）链 E 1–321（321 aa）	突变：P254G, V261Y, C300S, G319F, I320F 突变：P254G, V261Y, C300S, G319F, I320F 突变：P254G, V261Y, C300S, G319F, I320F 突变：P254G, V261Y, C300S, G319F, I320F 突变：P254G, V261Y, C300S, G319F, I320F	PGW (1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl (9Z)-octadec-9-enoate × 5 DHL 2-AMINO-ETHANETHIOL × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 2 seconds before plunging	分辨率 3.19 Å

共 17 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELIC_DICCH
Isoform	—
PDB实体	1, 2, 3, 4, 5
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–306； UniProt 9–313 作者链 B； PDB构建体 3–309； UniProt 8–313 作者链 C； PDB构建体 3–312； UniProt 8–316 作者链 D； PDB构建体 1–310； UniProt 9–317 作者链 E； PDB构建体 1–307； UniProt 8–313

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hjx
沉积日期 deposition_date	2018-09-04
结构标题 title	X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 7'C pore mutant (L238C) in complex with nanobody 72
关键词 keywords	ion channel, pentameric ligand-gated ion channel, cya-loop receptor, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.53 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.56 Å
零角强度 I(0) i0	792558000.00
分子量 molecular_weight	237850.0 kDa
排除体积 excluded_volume	299840 Å³
包络体积 envelope_volume	388440 Å³
水化壳体积 shell_volume	78514 Å³
包络直径 envelope_diameter	126.1 Å
壳层 Rg shell_rg	47.89 Å
包络 Rg envelope_rg	39.05 Å
形状 Rg shape_rg	39.53 Å
总 Rg total_rg	40.10 Å
总原子数 total_atoms	16830
残基数 n_residues	2131
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	123.8 Å
Rg (实空间) rg_real	40.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.87 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.9260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.3120e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.53 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	792800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8952
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	53.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.060
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.536
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	127600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.923; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.971; Smooth: 0.900

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cys-loop ligand-gated ion channel
分子量 formula_weight	35244.1 kDa
突变 mutation	C300S, C313S, L238C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	17226

ARPVDVSVSIFINKIYGVNTLEQTYKVDGYIVAQWTGKPRKTPGDKPLIVENTQIERWINNGLWVPALEFINVVGSPDTGNKRLMLFPDGRVIYNARFLGSFSNDMDFRLFPFDRQQFVLELEPFSYNNQQLRFSDIQVYTENIDNEEIDEWWIRGKASTHISDIRYDHLSSVQPNQNEFSRITVRIDAVRNPSYYLWSFILPLGLIIAASWSVFWLESFSERLQTSFTCMLTVVAYAFYTSNILPRLPYTTVIDQMIIAGYGSIFAAILLIIFAHHRQANGVEDDLLIQRSRLAFPLGFLAIGSV

来源 Source

来源生物 organism	Dickeya chrysanthemi
通用名 common_name	Pectobacterium chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cys-loop ligand-gated ion channel
分子量 formula_weight	35555.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PVDARPVDVSVSIFINKIYGVNTLEQTYKVDGYIVAQWTGKPRKTPGDKPLIVENTQIERWINNGLWVPALEFINVVGSPDTGNKRLMLFPDGRVIYNARFLGSFSNDMDFRLFPFDRQQFVLELEPFSYNNQQLRFSDIQVYTENIDNEEIDEWWIRGKASTHISDIRYDHLSSVQPNQNEFSRITVRIDAVRNPSYYLWSFILPLGLIIAASWSVFWLESFSERLQTSFTCMLTVVAYAFYTSNILPRLPYTTVIDQMIIAGYGSIFAAILLIIFAHHRQANGVEDDLLIQRSRLAFPLGFLAIGSV

来源 Source

来源生物 organism	Dickeya chrysanthemi
通用名 common_name	Pectobacterium chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Cys-loop ligand-gated ion channel
分子量 formula_weight	35880.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

来源 Source

来源生物 organism	Dickeya chrysanthemi
通用名 common_name	Pectobacterium chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Cys-loop ligand-gated ion channel
分子量 formula_weight	35726.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

来源 Source

来源生物 organism	Dickeya chrysanthemi
通用名 common_name	Pectobacterium chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	Cys-loop ligand-gated ion channel
分子量 formula_weight	35359.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

DARPVDVSVSIFINKIYGVNTLEQTYKVDGYIVAQWTGKPRKTPGDKPLIVENTQIERWINNGLWVPALEFINVVGSPDTGNKRLMLFPDGRVIYNARFLGSFSNDMDFRLFPFDRQQFVLELEPFSYNNQQLRFSDIQVYTENIDNEEIDEWWIRGKASTHISDIRYDHLSSVQPNQNEFSRITVRIDAVRNPSYYLWSFILPLGLIIAASWSVFWLESFSERLQTSFTCMLTVVAYAFYTSNILPRLPYTTVIDQMIIAGYGSIFAAILLIIFAHHRQANGVEDDLLIQRSRLAFPLGFLAIGSV

来源 Source

来源生物 organism	Dickeya chrysanthemi
通用名 common_name	Pectobacterium chrysanthemi
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	556
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	nanobody 72
分子量 formula_weight	13368.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,G,H,I,J

QVQLQESGGGLVQAGGSLRLSCAASGRIFSTNVMGWFRQAPGKEREFVATVGRIGGSTVYADFVKGRFTLSRDNAKNMVYLQMNSLKPEDTAVYYCGARIGGSDRLAPENYGYWGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	HEXAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	282.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子量 formula_weight	734.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子量 formula_weight	510.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 12 Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	308

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d6hjxf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6hjxf2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6hjxg1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6hjxg2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6hjxh1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6hjxh2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6hjxi1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6hjxi2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6hjxj1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d6hjxj2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	96.251 Å
晶胞边长 b length_b	156.277 Å
晶胞边长 c length_c	102.496 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	47.587 Å
R 因子 r_factor	0.2063
R_work r_work	0.2042
R_free r_free	0.2451

fit	/app/data/saxs_computation/hj/6hjx/6hjx.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hj/6hjx/6hjx.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hj/6hjx/6hjx.dat

X-ray structure of a pentameric ligand gated ion channel from Erwinia chrysanthemi (ELIC) 7'C pore mutant (L238C) in complex with nanobody 72

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cys-loop ligand-gated ion channel

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (12)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 non-polymer

实体 12 Entity 12 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)