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6hki

Crystal structure of surface entropy mutant of human O-GlcNAc hydrolase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 101.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein O-GlcNAcase

Homo sapiens

UniProt O60502

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–916 链 B； UniProt 1–916 突变：E602A, E605A 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.2 M sodium citrate tribasic, 17% polyethylene glycol 3350 分辨率 3.30 Å R-free 0.234

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6HKI Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2YDQ CpOGA D298N in complex with hOGA-derived O-GlcNAc peptide 提交 2011-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 T 402–408（7 aa） 片段：HOGA O-GLCNAC PEPTIDE, RESIDUES 402-408
未记录 CD CADMIUM ION × 19 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；0.6M NAAC, 0.175M CDSO4, 0.1M HEPES PH 7.5
分辨率 2.60 Å R-free 0.231
5M7R Structure of human O-GlcNAc hydrolase 提交 2016-10-28 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–916（916 aa）
链 B 1–916（916 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.14 - 0.2 M triammonium citrate pH 7.5, 16-20 % PEG 3350
分辨率 2.35 Å R-free 0.249
5M7S Structure of human O-GlcNAc hydrolase with bound transition state analog ThiametG 提交 2016-10-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–916（916 aa）
链 B 1–916（916 aa）
未记录 NHT (3AR,5R,6S,7R,7AR)-2-(ETHYLAMINO)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D][1,3]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1-0.2 M tri ammonium citrate pH 7.5 16-20 % PEG 3350
分辨率 2.40 Å R-free 0.232
5M7T Structure of human O-GlcNAc hydrolase with PugNAc type inhibitor 提交 2016-10-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–916（916 aa）
链 B 1–916（916 aa）
未记录 GDV (5R,6R,7R,8S)-8-(ACETYLAMINO)-6,7-DIHYDROXY-5-(HYDROXYMETHYL)-N-PHENYL-1,5,6,7,8,8A-HEXAHYDROIMIDAZO[1,2-A]PYRIDINE-2-CARBOXAMIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1-0.2 M tri Ammonium citrate 16-20 % PEG 3350
分辨率 2.60 Å R-free 0.235
5M7U Structure of human O-GlcNAc hydrolase with new iminocyclitol type inhibitor 提交 2016-10-28 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–916（916 aa）
链 B 1–916（916 aa）
未记录 XHA 2-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(hydroxymethyl)-3,4-bis(oxidanyl)-1-[3-[3-(trifluoromethyl)phenyl]propyl]pyrrolidin-2-yl]-~{N}-methyl-ethanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；292 K；0.1-0.2 M tri Ammonium citrate pH 7.5 16-20 % PEG 3350
分辨率 2.30 Å R-free 0.227
5TKE Crystal Structure of Eukaryotic Hydrolase 提交 2016-10-06 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–400（341 aa） 片段：unp residues 60-542; unp residues 553-704
链 A 553–704（152 aa） 片段：unp residues 60-542; unp residues 553-704
链 B 60–400（341 aa） 片段：unp residues 60-542; unp residues 553-704
链 B 553–704（152 aa） 片段：unp residues 60-542; unp residues 553-704
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 7；293 K；0.032 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.02 M MES monohydrate, 0.016 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 0.128 M potassium thiocyanate, 12.8% w/v polyethylene glycol 3,350, 3.2% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 5% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 2.48 Å R-free 0.236
5UHK Crystal structure of the core catalytic domain of Human O-GlcNAcase 提交 2017-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 56–400（345 aa）
链 B 544–705（162 aa）
链 C 56–400（345 aa）
链 D 544–705（162 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14-17% PEG 3350, 0.2 M Mg Formate
分辨率 2.97 Å R-free 0.251
5UHL Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase complexed with Thiamet G 提交 2017-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 56–400（345 aa）
链 B 544–705（162 aa）
链 C 56–400（345 aa）
链 D 544–705（162 aa）
未记录 8BJ (2Z,3aR,5R,6S,7R,7aR)-2-(ethylimino)-5-(hydroxymethyl)hexahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14-17% PEG 3350, 0.2 M Mg Formate
分辨率 3.14 Å R-free 0.257
5UHO Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase complexed with PUGNAc 提交 2017-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 56–400（345 aa）
链 B 544–705（162 aa）
链 C 56–400（345 aa）
链 D 544–705（162 aa）
未记录 OAN O-(2-ACETAMIDO-2-DEOXY D-GLUCOPYRANOSYLIDENE) AMINO-N-PHENYLCARBAMATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14-17% PEG 3350, 0.2 M Mg Formate
分辨率 3.21 Å R-free 0.259
5UHP Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase 提交 2017-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 14–400（387 aa）
链 B 14–400（387 aa）
链 F 554–705（152 aa）
链 G 554–705（152 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M K Na tartrate tetrahydrate, 20% PEG 3350
分辨率 2.79 Å R-free 0.292
5UHP Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase 提交 2017-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 14–400（387 aa）
链 D 14–400（387 aa）
链 E 554–705（152 aa）
链 H 554–705（152 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M K Na tartrate tetrahydrate, 20% PEG 3350
分辨率 2.79 Å R-free 0.292
5UN8 Crystal Structure of human O-GlcNAcase in complex with glycopeptide p53 提交 2017-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
链 A 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
链 C 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
链 C 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.032 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.02 M MES monohydrate, 0.016 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 0.128 M potassium thiocyanate, 12.8% w/v polyethylene glycol 3,350, 3.2% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 5% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550.
分辨率 2.13 Å R-free 0.229
5UN8 Crystal Structure of human O-GlcNAcase in complex with glycopeptide p53 提交 2017-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
链 B 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
链 D 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
链 D 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.032 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.02 M MES monohydrate, 0.016 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 0.128 M potassium thiocyanate, 12.8% w/v polyethylene glycol 3,350, 3.2% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 5% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550.
分辨率 2.13 Å R-free 0.229
5UN9 The crystal structure of human O-GlcNAcase in complex with Thiamet-G 提交 2017-01-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
链 A 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
链 B 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
链 B 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400 and 553-704
未记录 NHT (3AR,5R,6S,7R,7AR)-2-(ETHYLAMINO)-5-(HYDROXYMETHYL)-5,6,7,7A-TETRAHYDRO-3AH-PYRANO[3,2-D][1,3]THIAZOLE-6,7-DIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.128 M potassium thiocyanate, 0.032 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.016 M imidazole (pH 7.0), 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 0.02 M MES monohydrate (pH 6.5), 12.8% w/v polyethylene glycol 3,350, 3.2% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, 5% v/v polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 2.50 Å R-free 0.260
5VVO Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase 提交 2017-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 A 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 B 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 B 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
突变：D175N 突变：D175N 突变：D175N 突变：D175N 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 2.60 Å R-free 0.259
5VVT Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase 提交 2017-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 60–400（341 aa）
链 A 553–704（152 aa）
链 C 60–400（341 aa）
链 C 553–704（152 aa）
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 2.80 Å R-free 0.291
5VVU Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase 提交 2017-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 A 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 C 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 C 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 2.70 Å R-free 0.275
5VVV Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase 提交 2017-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 A 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 C 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 C 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 2.80 Å R-free 0.257
5VVX Structural Investigations of the Substrate Specificity of Human O-GlcNAcase 提交 2017-05-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 A 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 C 60–400（341 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
链 C 553–704（152 aa） 片段：UNP residues 60-400, 553-704
未记录 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；293 K；0.024 M ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 0.015 M MES monohydrate, 0.096 M potassium thiocyanate, 0.25 M Sodium acetate trihydrate, 0.037 M imidazole, 0.002 M zinc sulfate heptahydrate, 9.6 % w/v polyethylene glycol 3,350, 2.4 % w/v polyethylene glycol monomethyl ether 2,000, and 4% w/v polyethylene glycol monomethyl ether 550
分辨率 2.90 Å R-free 0.282
6PM9 Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase bound to MK-8719 提交 2019-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 14–400（387 aa）
链 B 14–400（387 aa）
链 F 554–705（152 aa）
链 G 554–705（152 aa）
未记录 OQ1 (3aR,5S,6S,7R,7aR)-5-(difluoromethyl)-2-(ethylamino)-5,6,7,7a-tetrahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M K-Na-tartrate tetrahydrate, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.86 Å R-free 0.309
6PM9 Crystal structure of the core catalytic domain of human O-GlcNAcase bound to MK-8719 提交 2019-07-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 14–400（387 aa）
链 D 14–400（387 aa）
链 E 554–705（152 aa）
链 H 554–705（152 aa）
未记录 OQ1 (3aR,5S,6S,7R,7aR)-5-(difluoromethyl)-2-(ethylamino)-5,6,7,7a-tetrahydro-3aH-pyrano[3,2-d][1,3]thiazole-6,7-diol × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M K-Na-tartrate tetrahydrate, 20% (w/v) PEG 3350
分辨率 2.86 Å R-free 0.309
7OU6 Human O-GlcNAc hydrolase in complex with DNJNAc-thiazolidines 提交 2021-06-11 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 AAA 1–916（916 aa）
链 BBB 1–916（916 aa）
未记录 1XI ~{N}-[(3~{Z},6~{S},7~{R},8~{R},8~{a}~{S})-7,8-bis(oxidanyl)-3-(phenylmethyl)imino-1,5,6,7,8,8~{a}-hexahydro-[1,3]thiazolo[3,4-a]pyridin-6-yl]ethanamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291.15 K；0.14 - 0.2 M triammonium citrate pH 7.5, 16-20 % PEG 3350
分辨率 2.41 Å R-free 0.271
7YEH Cryo-EM structure of human OGT-OGA complex 提交 2022-07-05 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 C 1–916（916 aa）
链 D 1–916（916 aa）
未记录 UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.92 Å
8P0L Crystal structure of human O-GlcNAcase in complex with an S-linked CKII peptide 提交 2023-05-10 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–916（916 aa）
链 B 1–916（916 aa）
未记录 CYS CYSTEINE × 1 SER SERINE × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291.15 K；0.14 - 0.2 M triammonium citrate pH 7.5, 16-20 % PEG 3350
分辨率 2.50 Å R-free 0.271
9BA8 O-GlcNAcase (OGA) inhibitor complex for the Treatment of Alzheimer's Disease 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 55–713（659 aa）
链 B 55–713（659 aa）
未记录 A1AKM N-[4-fluoro-5-({(2S,4S)-2-methyl-4-[(5-methyl-1,2,4-oxadiazol-3-yl)methoxy]piperidin-1-yl}methyl)-1,3-thiazol-2-yl]acetamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；294 K；15% PEG 3350, 200mM Magnesium Chloride, 100mM Hepes pH 7.0, 5% DMSO
分辨率 2.54 Å R-free 0.231
9BA9 O-GlcNAcase (OGA) inhibitor complex for the Treatment of Alzheimer's Disease 提交 2024-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 55–713（659 aa）
未记录 A1AKL N-{5-[(piperidin-1-yl)methyl]-1,3-thiazol-2-yl}acetamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；281 K；33% PEG 300, 100mM Hepes pH 8.5
分辨率 2.75 Å R-free 0.260
9NE2 cryoEM structure of the human OGA-L Catalytic Dimer 提交 2025-02-19 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–916（916 aa）
链 B 1–916（916 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.63 Å
9NE4 cryoEM structure of the A-chain of the human OGA-L Catalytic Dimer 提交 2025-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–916（916 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 2.98 Å
9NE5 cryoEM structure of the B-chain of the human OGA-L Catalytic Dimer 提交 2025-02-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–916（916 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.05 Å
9QEN Cryo-EM structure of human O-GlcNAcase 提交 2025-03-10 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 11–420（410 aa）
链 A 553–916（364 aa）
链 B 11–420（410 aa）
链 B 553–916（364 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.08 Å

共 27 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 OGA_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–916； UniProt 1–916 作者链 B； PDB构建体 1–916； UniProt 1–916

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6hki

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6hki
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6hki
沉积日期 deposition_date2018-09-06
结构标题 titleCrystal structure of surface entropy mutant of human O-GlcNAc hydrolase
关键词 keywordsHYDROLASE, O-GlcNAc, deglycosylation, glycosidase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier32.03 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.00 Å
零角强度 I(0) i0184879000.00
分子量 molecular_weight111520.0 kDa
排除体积 excluded_volume140590 ų
包络体积 envelope_volume176730 ų
水化壳体积 shell_volume46314 ų
包络直径 envelope_diameter101.8 Å
壳层 Rg shell_rg39.14 Å
包络 Rg envelope_rg31.03 Å
形状 Rg shape_rg30.97 Å
总 Rg total_rg31.79 Å
总原子数 total_atoms7865
残基数 n_residues976
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax101.8 Å
Rg (实空间) rg_real31.88 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real1.8490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0610e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal184900000.0000
解质量估计 total_estimate0.8997
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary39.5 Å
偏度 Skewness skewness0.220
峰度 Kurtosis kurtosis-0.441
角度范围 angular_range— – 0.2450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha41650000.0000
实空间数据点数 n_real_points50
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.986
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6hkiA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
结构域编号 domain_id6hkiB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80 — Glycosidases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)