SAXSdb — 6hkw

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–360	未记录	SO4 SULFATE ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；ammonium sulfate, PEG 4000, glycerol	分辨率 3.09 Å R-free 0.239
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–360	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；ammonium sulfate, PEG 4000, glycerol	分辨率 3.09 Å R-free 0.239
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–360	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；ammonium sulfate, PEG 4000, glycerol	分辨率 3.09 Å R-free 0.239
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 1–360	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；ammonium sulfate, PEG 4000, glycerol	分辨率 3.09 Å R-free 0.239
5	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 1–360	未记录	SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；ammonium sulfate, PEG 4000, glycerol	分辨率 3.09 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6HKW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6MKY Human SDS22 提交 2018-09-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 57–317（261 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.01 M Cadmium chloride hemi(pentahydrate), 0.1 M HEPES 7.5, 25 % v/v PEG Smear Medium (12.5%w/v PEG 3350 12.5%w/v PEG 4000 12.5%w/v PEG 2000 12.5%w/v PEG 5000 MME)	分辨率 2.90 Å R-free 0.272
6MKY Human SDS22 提交 2018-09-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 57–317（261 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.01 M Cadmium chloride hemi(pentahydrate), 0.1 M HEPES 7.5, 25 % v/v PEG Smear Medium (12.5%w/v PEG 3350 12.5%w/v PEG 4000 12.5%w/v PEG 2000 12.5%w/v PEG 5000 MME)	分辨率 2.90 Å R-free 0.272
6OBN The crystal structure of coexpressed SDS22:PP1 complex 提交 2019-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 56–360（305 aa）片段：UNP residues 56-360	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 5 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；14% PEG4000, 6% MPD, sodium/potassium phosphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
6OBN The crystal structure of coexpressed SDS22:PP1 complex 提交 2019-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 56–360（305 aa）片段：UNP residues 56-360	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 FE FE (III) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；14% PEG4000, 6% MPD, sodium/potassium phosphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.246
6OBP Reconstituted PP1 holoenzyme 提交 2019-03-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 56–360（305 aa）片段：UNP residues 56-360	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 2 MN MANGANESE (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；289 K；14% PEG4000, 6% MPD, sodium/potassium phosphate	分辨率 2.70 Å R-free 0.258
8B5R p97-p37-SPI substrate complex 提交 2022-09-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：undecameric	链 S 1–360（360 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.10 Å
8U5G Crystal structure of the co-expressed SDS22:PP1:I3 complex 提交 2023-09-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 56–360（305 aa）	未记录	FE FE (III) ION × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；289 K；1.8 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic pH 8.2	分辨率 3.20 Å R-free 0.240

共 5 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PP1R7_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–363； UniProt 1–360 作者链 B； PDB构建体 4–363； UniProt 1–360 作者链 C； PDB构建体 4–363； UniProt 1–360 作者链 D； PDB构建体 4–363； UniProt 1–360 作者链 E； PDB构建体 4–363； UniProt 1–360

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hkw
沉积日期 deposition_date	2018-09-09
结构标题 title	Crystal structure of human SDS22
关键词 keywords	LRR protein, signaling protein, PP1 regulator; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	45.51 Å
零角强度 I(0) i0	485077000.00
分子量 molecular_weight	179530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	224470 Å³
包络体积 envelope_volume	321160 Å³
水化壳体积 shell_volume	60082 Å³
包络直径 envelope_diameter	154.5 Å
壳层 Rg shell_rg	48.76 Å
包络 Rg envelope_rg	44.55 Å
形状 Rg shape_rg	45.52 Å
总 Rg total_rg	45.65 Å
总原子数 total_atoms	12575
残基数 n_residues	1530
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	152.8 Å
Rg (实空间) rg_real	45.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.75 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.8510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0310e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	485100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6590
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	52.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.269
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.489
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	23390000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.010; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.845

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7
分子量 formula_weight	41949.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	12600

GEFMAAERGAGQQQSQEMMEVDRRVESEESGDEEGKKHSSGIVADLSEQSLKDGEERGEEDPEEEHELPVDMETINLDRDAEDVDLNHYRIGKIEGFEVLKKVKTLCLRQNLIKCIENLEELQSLRELDLYDNQIKKIENLEALTELEILDISFNLLRNIEGVDKLTRLKKLFLVNNKISKIENLSNLHQLQMLELGSNRIRAIENIDTLTNLESLFLGKNKITKLQNLDALTNLTVLSMQSNRLTKIEGLQNLVNLRELYLSHNGIEVIEGLENNNKLTMLDIASNRIKKIENISHLTELQEFWMNDNLLESWSDLDELKGARSLETVYLERNPLQKDPQYRRKVMLALPSVRQIDATFVRF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	20

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	25

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	177.764 Å
晶胞边长 b length_b	81.153 Å
晶胞边长 c length_c	191.958 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	104.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.090 Å
最低分辨率 resolution_low	46.863 Å
R 因子 r_factor	0.2112
R_work r_work	0.2098
R_free r_free	0.2388

fit	/app/data/saxs_computation/hk/6hkw/6hkw.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hk/6hkw/6hkw.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hk/6hkw/6hkw.dat

Crystal structure of human SDS22

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein phosphatase 1 regulatory subunit 7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction