SAXSdb — 6hpv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fetuin-B

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACETATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FETUB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–370； UniProt 19–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hpv
沉积日期 deposition_date	2018-09-22
结构标题 title	Crystal structure of mouse fetuin-B
关键词 keywords	;Glycoprotein, cystatin domain, fertilization, egg coat, zona pellucida, hardening, metalloprotease inhibitor, ovastacin, ZP2, hydrolase inhibitor, liver-secreted protein ;; hydrolase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6hpv__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6hpv__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6hpv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.68 Å
Rg（电子密度）	21.86 Å
总 Rg	22.67 Å
原子数	4684
残基数	299
排除体积	42134 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6hpv__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fetuin-B
分子量 formula_weight	41954.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4780

RSPPAPPLPQRPLSPLHPLGCNDSEVLAVAGFALQNINRDQKDGYMLSLNRVHDVREHYQEDMGSLFYLTLDVLETDCHVLSRKAQKDCKPRMFYESVYGQCKAMFHINKPRRVLYLPAYNCTLRPVSKRKTHTTCPDCPSPIDLSNPSALEAATESLAKFNSKSPSKKYELVKVTKAMNQWVSGPAYYVEYLIKEAPCTKSQASCSLQHSDSEPVGICQGSTVQSSLRHVPLIQPVEKSVTVTCEFFESQAQVPGDENPAVTQGPQKLPQKNTAPTSSPSVTAPRGSIQHLPELDDEKPEESKGGSPEEAFPVQLDLTTNPQGDTLDVSFLYLEPGDKKLVVLPFPGKEQRSAECPGPEKENNPLVLPPLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	85

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6hpvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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7. 引用文献 (11)

Structure of mammalian plasma fetuin-B and its mechanism of selective metallopeptidase inhibition.

Iucrj (2019)

PMID: 30867929 · DOI: 10.1107/S2052252519001568 PRIMARY

Mammalian plasma fetuin-B is a selective inhibitor of ovastacin and meprin metalloproteinases.

Sci Rep (2019)

PMID: 30679641 · DOI: 10.1038/s41598-018-37024-5

Maternal malnourishment induced upregulation of fetuin-B blunts nephrogenesis in the low birth weight neonate.

Dev. Biol. (2018)

PMID: 30189195 · DOI: 10.1016/j.ydbio.2018.09.001

Recombinant fetuin-B protein maintains high fertilization rate in cumulus cell-free mouse oocytes.

Mol. Hum. Reprod. (2017)

PMID: 27733489 · DOI: 10.1093/molehr/gaw067

The novel adipokine/hepatokine fetuin B in severe human and murine diabetic kidney disease.

Diabetes Metab. (2017)

PMID: 28214129 · DOI: 10.1016/j.diabet.2017.01.005

Association of high fetuin-B concentrations in serum with fertilization rate in IVF: a cross-sectional pilot study.

Hum. Reprod. (2016)

PMID: 26759143 · DOI: 10.1093/humrep/dev340

Fetuin B Is a Secreted Hepatocyte Factor Linking Steatosis to Impaired Glucose Metabolism.

Cell Metab. (2015)

PMID: 26603189 · DOI: 10.1016/j.cmet.2015.09.023

Mammalian gamete fusion depends on the inhibition of ovastacin by fetuin-B.

Biol. Chem. (2014)

PMID: 25205729 · DOI: 10.1515/hsz-2014-0189

Fetuin-B, a liver-derived plasma protein is essential for fertilization.

Dev. Cell (2013)

PMID: 23562279 · DOI: 10.1016/j.devcel.2013.03.001

Tissue distribution and activity testing suggest a similar but not identical function of fetuin-B and fetuin-A.

Biochem. J. (2003)

PMID: 12943536 · DOI: 10.1042/BJ20030676

Fetuin-B, a second member of the fetuin family in mammals.

Biochem. J. (2000)

PMID: 10947975 · DOI: 10.1042/bj3500589

晶胞边长 a length_a	67.710 Å
晶胞边长 b length_b	67.710 Å
晶胞边长 c length_c	197.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	47.878 Å
R 因子 r_factor	0.2255
R_work r_work	0.2241
R_free r_free	0.2529

Crystal structure of mouse fetuin-B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fetuin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hpv__assembly_1__model_1

6hpv__assembly_1__model_1 | I(q)

6hpv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (11)

Crystal structure of mouse fetuin-B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fetuin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hpv__assembly_1__model_1

6hpv__assembly_1__model_1 | I(q)

6hpv__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (11)