SAXSdb — 6hpv

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fetuin-B

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–388	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.8；293 K；150 mM NaCl, 100 mM NaOAc, 20 mM Na-HEPES pH 7.8, 25% PEG 4000, 8% isopropanol	分辨率 2.30 Å R-free 0.253

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6HPV	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6HT9 Mouse fetuin-B in complex with crayfish astacin 提交 2018-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–388（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium sulfate, polyethylene glycol 2000, sodium acetate, pH 4.6.	分辨率 3.10 Å R-free 0.270
6HT9 Mouse fetuin-B in complex with crayfish astacin 提交 2018-10-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 19–388（370 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；ammonium sulfate, polyethylene glycol 2000, sodium acetate, pH 4.6.	分辨率 3.10 Å R-free 0.270
7AUW Inhibitory complex of human meprin beta with mouse fetuin-B. 提交 2020-11-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–388（388 aa）链 D 1–388（388 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.3；293 K；20.0% PEG smear medium, 0.1M ammonium sulfate, 0.05M magnesium sulfate heptahydrate, 0.1M bicine pH 9.3, 10% ethylene glycol.	分辨率 2.80 Å R-free 0.261

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FETUB_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–370； UniProt 19–388

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hpv
沉积日期 deposition_date	2018-09-22
结构标题 title	Crystal structure of mouse fetuin-B
关键词 keywords	;Glycoprotein, cystatin domain, fertilization, egg coat, zona pellucida, hardening, metalloprotease inhibitor, ovastacin, ZP2, hydrolase inhibitor, liver-secreted protein ;; hydrolase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	22.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.86 Å
零角强度 I(0) i0	20456100.00
分子量 molecular_weight	33786.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42134 Å³
包络体积 envelope_volume	51517 Å³
水化壳体积 shell_volume	20513 Å³
包络直径 envelope_diameter	76.9 Å
壳层 Rg shell_rg	27.92 Å
包络 Rg envelope_rg	22.09 Å
形状 Rg shape_rg	21.86 Å
总 Rg total_rg	22.67 Å
总原子数 total_atoms	4684
残基数 n_residues	299
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	76.3 Å
Rg (实空间) rg_real	22.73 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0460e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0180e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	22.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20460000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8749
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.417
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.322
角度范围 angular_range	— – 0.3500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3434000.0000
实空间数据点数 n_real_points	67
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.826; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.967; Smooth: 0.926

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fetuin-B
分子量 formula_weight	41954.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4780

RSPPAPPLPQRPLSPLHPLGCNDSEVLAVAGFALQNINRDQKDGYMLSLNRVHDVREHYQEDMGSLFYLTLDVLETDCHVLSRKAQKDCKPRMFYESVYGQCKAMFHINKPRRVLYLPAYNCTLRPVSKRKTHTTCPDCPSPIDLSNPSALEAATESLAKFNSKSPSKKYELVKVTKAMNQWVSGPAYYVEYLIKEAPCTKSQASCSLQHSDSEPVGICQGSTVQSSLRHVPLIQPVEKSVTVTCEFFESQAQVPGDENPAVTQGPQKLPQKNTAPTSSPSVTAPRGSIQHLPELDDEKPEESKGGSPEEAFPVQLDLTTNPQGDTLDVSFLYLEPGDKKLVVLPFPGKEQRSAECPGPEKENNPLVLPPLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	85

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6hpvA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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8. 引用文献 (11)

Structure of mammalian plasma fetuin-B and its mechanism of selective metallopeptidase inhibition.

Iucrj (2019)

PMID: 30867929 · DOI: 10.1107/S2052252519001568 PRIMARY

Mammalian plasma fetuin-B is a selective inhibitor of ovastacin and meprin metalloproteinases.

Sci Rep (2019)

PMID: 30679641 · DOI: 10.1038/s41598-018-37024-5

Maternal malnourishment induced upregulation of fetuin-B blunts nephrogenesis in the low birth weight neonate.

Dev. Biol. (2018)

PMID: 30189195 · DOI: 10.1016/j.ydbio.2018.09.001

Recombinant fetuin-B protein maintains high fertilization rate in cumulus cell-free mouse oocytes.

Mol. Hum. Reprod. (2017)

PMID: 27733489 · DOI: 10.1093/molehr/gaw067

The novel adipokine/hepatokine fetuin B in severe human and murine diabetic kidney disease.

Diabetes Metab. (2017)

PMID: 28214129 · DOI: 10.1016/j.diabet.2017.01.005

Association of high fetuin-B concentrations in serum with fertilization rate in IVF: a cross-sectional pilot study.

Hum. Reprod. (2016)

PMID: 26759143 · DOI: 10.1093/humrep/dev340

Fetuin B Is a Secreted Hepatocyte Factor Linking Steatosis to Impaired Glucose Metabolism.

Cell Metab. (2015)

PMID: 26603189 · DOI: 10.1016/j.cmet.2015.09.023

Mammalian gamete fusion depends on the inhibition of ovastacin by fetuin-B.

Biol. Chem. (2014)

PMID: 25205729 · DOI: 10.1515/hsz-2014-0189

Fetuin-B, a liver-derived plasma protein is essential for fertilization.

Dev. Cell (2013)

PMID: 23562279 · DOI: 10.1016/j.devcel.2013.03.001

Tissue distribution and activity testing suggest a similar but not identical function of fetuin-B and fetuin-A.

Biochem. J. (2003)

PMID: 12943536 · DOI: 10.1042/BJ20030676

Fetuin-B, a second member of the fetuin family in mammals.

Biochem. J. (2000)

PMID: 10947975 · DOI: 10.1042/bj3500589

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晶胞边长 a length_a	67.710 Å
晶胞边长 b length_b	67.710 Å
晶胞边长 c length_c	197.810 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	47.878 Å
R 因子 r_factor	0.2255
R_work r_work	0.2241
R_free r_free	0.2529

fit	/app/data/saxs_computation/hp/6hpv/6hpv.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hp/6hpv/6hpv.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hp/6hpv/6hpv.dat

Crystal structure of mouse fetuin-B

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fetuin-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction