6hs4

Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with inhibitor 118

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein,GP1,Envelope glycoprotein

Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	同源多聚体	蛋白 6 其他聚合物 3	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 15 GLYCEROL × 9 1-[2-[3-oxidanyl-4-(4-phenyl-1~{H}-pyrazol-5-yl)phenoxy]ethyl]piperidine-4-carboxamide × 6 DIMETHYL SULFOXIDE × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VGP_EBOZM
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–284； UniProt 32–311 作者链 A； PDB构建体 293–331； UniProt 463–501 作者链 B； PDB构建体 1–131； UniProt 502–632

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hs4
沉积日期 deposition_date	2018-09-28
结构标题 title	Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with inhibitor 118
关键词 keywords	Ebola Glycoprotein, Structure-based In Silico Screening, compound 118, compound 118a, Natural compound, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6hs4__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6hs4__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6hs4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.25 Å
Rg（电子密度）	35.59 Å
总 Rg	35.99 Å
原子数	9723
残基数	1164
排除体积	172710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6hs4__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein,GP1,Envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	36387.8 kDa
突变 mutation	T42A,T42A,T42A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3416

ETGRSIPLGVIHNSALQVSDVDKLVCRDKLSSTNQLRSVGLNLEGNGVATDVPSATKRWGFRSGVPPKVVNYEAGEWAENCYNLEIKKPDGSECLPAAPDGIRGFPRCRYVHKVSGTGPCAGDFAFHKEGAFFLYDRLASTVIYRGTTFAEGVVAFLILPQAKKDFFSSHPLREPVNATEDPSSGYYSTTIRYQATGFGTNETEYLFEVDNLTYVQLESRFTPQFLLQLNETIYTSGKRSNTTGKLIWKVNPEIDTTIGEWAFWETKKNLTRKIRSEELSFTVVXXXXXXXXSTHHQDTGEESASSGKLGLITNTIAGVAGLITGGRRTRR

来源 Source

来源生物 organism	Zaire ebolavirus (strain Mayinga-76)
通用名 common_name	ZEBOV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	128952
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Envelope glycoprotein
分子量 formula_weight	18922.3 kDa
突变 mutation	H613A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

EAIVNAQPKCNPNLHYWTTQDEGAAIGLAWIPYFGPAAEGIYIEGLMHNQDGLICGLRQLANETTQALQLFLRATTELRTFSILNRKAIDFLLQRWGGTCHILGPDCCIEPADWTKNITDKIDQIIHDFVDGSGYIPEAPRDGQAYVRKDGEWVLLSTFLGTHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Zaire ebolavirus
通用名 common_name	ZEBOV
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	128952
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 branched

描述 description	;alpha-D-mannopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-6)]beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ;
分子量 formula_weight	910.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1-[2-[3-oxidanyl-4-(4-phenyl-1~{H}-pyrazol-5-yl)phenoxy]ethyl]piperidine-4-carboxamide
分子量 formula_weight	406.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	165

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6hs4a1
类 Class class	f — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold fold	f.64 — Filovirus surface glycoprotein-like
超家族 Superfamily superfamily	f.64.1 — Filovirus surface glycoprotein-like
家族 Family family	f.64.1.1 — Filovirus surface glycoproteins

结构域编号 domain_id	d6hs4a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

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晶胞边长 a length_a	114.160 Å
晶胞边长 b length_b	114.160 Å
晶胞边长 c length_c	305.458 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	18

空间群 space_group	H 3 2
空间群编号 int_tables_number	155
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	57.080 Å
R 因子 r_factor	0.1915
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2198

Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with inhibitor 118

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein,GP1,Envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hs4__assembly_1__model_1

6hs4__assembly_1__model_1 | I(q)

6hs4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Ebolavirus glycoprotein in complex with inhibitor 118

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Envelope glycoprotein,GP1,Envelope glycoprotein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hs4__assembly_1__model_1

6hs4__assembly_1__model_1 | I(q)

6hs4__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 branched

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

7. 引用文献 (1)