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6ht5

Oct4/Sox2:UTF1 structure

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 87.9 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Transcription factor SOX-2

Mus musculus

UniProt P48432

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 D； UniProt 41–120 未记录 ;DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*G)-3') ; × 1 POU domain, class 5, transcription factor 1 × 1 （P20263） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM 4-morpholineethanesulfonic acid at pH 6.0, 33% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol 分辨率 3.45 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6HT5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1GT0 Crystal structure of a POU/HMG/DNA ternary complex 提交 2002-01-09 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 D 41–120（80 aa） 片段：HMG DOMAIN RESIDUES 41-120
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；18% PEG3350, 50 MM HEPES PH 7.0, 20 MM MGCL2, 5% GLYCEROL
分辨率 2.60 Å R-free 0.285
8BX1 Oct4/Sox2 protein:DNA complex 提交 2022-12-07 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 E 41–120（80 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M sodium acetate, 12% (v/v) PEG 4000
分辨率 2.50 Å R-free 0.274
8BX2 Oct4/Sox2 protein:DNA complex 提交 2022-12-07 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 E 41–120（80 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 70% (v/v) MPD
分辨率 3.14 Å R-free 0.252

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SOX2_MOUSE
Isoform —
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 D； PDB构建体 4–83； UniProt 41–120

POU domain, class 5, transcription factor 1

Mus musculus

UniProt P20263

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 131–282 未记录 ;DNA (5'-D(P*CP*CP*TP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*TP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*TP*GP*AP*AP*G)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*TP*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*AP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*AP*GP*G)-3') ; × 1 Transcription factor SOX-2 × 1 （P48432） X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；293 K；100 mM 4-morpholineethanesulfonic acid at pH 6.0, 33% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol 分辨率 3.45 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6HT5 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1OCP SOLUTION STRUCTURE OF OCT3 POU-HOMEODOMAIN 提交 1995-02-21 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 217–282（66 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
3L1P POU protein:DNA complex 提交 2009-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 131–282（152 aa） 片段：UNP residues 131-282
链 B 131–282（152 aa） 片段：UNP residues 131-282
突变：C48S, C61S, C84S, C115S, C142S 突变：C48S, C61S, C84S, C115S, C142S 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；pH 5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å R-free 0.257
8BX1 Oct4/Sox2 protein:DNA complex 提交 2022-12-07 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 131–282（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；277 K；0.1M sodium acetate, 12% (v/v) PEG 4000
分辨率 2.50 Å R-free 0.274
8BX2 Oct4/Sox2 protein:DNA complex 提交 2022-12-07 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 131–282（152 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1M HEPES, 70% (v/v) MPD
分辨率 3.14 Å R-free 0.252

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PO5F1_MOUSE
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 3–154； UniProt 131–282

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ht5

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ht5
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ht5
沉积日期 deposition_date2018-10-03
结构标题 titleOct4/Sox2:UTF1 structure
关键词 keywordsCell reprogramming, transcription factor, DNA binding, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.63 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.90 Å
零角强度 I(0) i030320900.00
分子量 molecular_weight33288.0 kDa
排除体积 excluded_volume37853 ų
包络体积 envelope_volume53332 ų
水化壳体积 shell_volume20619 ų
包络直径 envelope_diameter94.0 Å
壳层 Rg shell_rg28.22 Å
包络 Rg envelope_rg23.47 Å
形状 Rg shape_rg22.86 Å
总 Rg total_rg23.58 Å
总原子数 total_atoms2287
残基数 n_residues220
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax87.9 Å
Rg (实空间) rg_real23.74 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.00 Å
I(0) (实空间) i0_real3.0320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1390e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.72 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal30320000.0000
解质量估计 total_estimate0.8215
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.1 Å
偏度 Skewness skewness0.462
峰度 Kurtosis kurtosis-0.174
角度范围 angular_range— – 0.3350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3589000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.676; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.684; Smooth: 0.965
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id6ht5D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology30 — DNA Binding (I), subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — High mobility group box domain
结构域编号 domain_id6ht5E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology260 — 434 Repressor (Amino-terminal Domain)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — lambda repressor-like DNA-binding domains
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)