SAXSdb — 6hw2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 3

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 109–183 链 C； UniProt 109–183	未记录	Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-4 × 1 CA CALCIUM ION × 4 GOL GLYCEROL × 1 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 5 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；292 K；0.15 M NaCl, 12-14% PEG 3350 , pH 5.0, calcium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K	分辨率 1.94 Å R-free 0.209

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6HW2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2L11 Solution NMR structure of the Cbx3 in complex with H3K9me3 peptide 提交 2010-07-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–81（53 aa）片段：UNP Residues 29-81	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）200；压力 ambient NMR样品组成 20 mM sodium phosphate, 200 mM sodium chloride, 2 mM DTT, 1 mM TCEP, 0.5 mM PMSF, 1 mM Benzamidine, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3DM1 Crystal structure of the complex of human chromobox homolog 3 (CBX3) with peptide 提交 2008-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86 链 C 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86 链 E 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86 链 G 29–86（58 aa）片段：Chromo 1 domain: Residues 29-86	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.5 microliter of the protein solution mixed with with 1.5 microliter of the reservoir solution containing 40% PEG 550 MME, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3KUP Crystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–173（64 aa）片段：Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173) 链 B 110–173（64 aa）片段：Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173)	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.261
3KUP Crystal Structure of the CBX3 Chromo Shadow Domain 提交 2009-11-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 110–173（64 aa）片段：Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173) 链 D 110–173（64 aa）片段：Chromo Shadow Domain (UNP residues 110-173)	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG1500, 0.2M sodium chloride, 0.1M HEPES, 5% MPD, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.77 Å R-free 0.261
3TZD Crystal structure of the complex of Human Chromobox Homolog 3 (CBX3) 提交 2011-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 29–81（53 aa）片段：UNP residues 29-81	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；300 K；peg, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K	分辨率 1.81 Å R-free 0.231
5T1I CBX3 chromo shadow domain in complex with histone H3 peptide 提交 2016-08-19	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 110–176（67 aa）片段：unp residues 110-176 链 B 110–176（67 aa）片段：unp residues 110-176	未记录	UNX UNKNOWN LIGAND × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Hepes, 5% Ethylene Glycol	分辨率 1.60 Å R-free 0.239
9OSC Crystal structure of HP1gamma chromoshadow domain in complex with KAP1 peptide 提交 2025-05-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 110–176（67 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；1.0 M LiCl2, 0.1 M citrate buffer pH 4.0, and 20% PEG6000	分辨率 1.77 Å R-free 0.236

共 6 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBX3_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–75； UniProt 109–183 作者链 C； PDB构建体 1–75； UniProt 109–183

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hw2
沉积日期 deposition_date	2018-10-11
结构标题 title	The Crystal Structure of CaV beta4c in complex with HP1gamma chromo shadow domains
关键词 keywords	Complex, transport protein; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.19 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.05 Å
零角强度 I(0) i0	15837400.00
分子量 molecular_weight	29745.0 kDa
排除体积 excluded_volume	37150 Å³
包络体积 envelope_volume	47077 Å³
水化壳体积 shell_volume	18816 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.6 Å
壳层 Rg shell_rg	27.62 Å
包络 Rg envelope_rg	22.89 Å
形状 Rg shape_rg	22.04 Å
总 Rg total_rg	22.87 Å
总原子数 total_atoms	4112
残基数 n_residues	259
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	82.8 Å
Rg (实空间) rg_real	23.30 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.72 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.5840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.28 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	15840000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8463
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.499
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.073
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3107000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.736; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.841; Smooth: 0.949

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Voltage-dependent L-type calcium channel subunit beta-4
分子量 formula_weight	17531.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4353

GSRPSDSDVSLEEDREAIRQEREQQAAIQLERAKSKPVAFAVKTNVSYCGALDEDVPVPSTAISFDAKDFLHIKEKYNNDWWIGRLVKEGCEIGFIPSPLRLENIRIQQEQKRGRFHGEFAKQKQKVTEHIPPYDVVPSMRPVVLVGPSLKGYE

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Chromobox protein homolog 3
分子量 formula_weight	8468.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C

DAADKPRGFARGLDPERIIGATDSSGELMFLMKWKDSDEADLVLAKEANMKCPQIVIAFYEERLTWHSCPEDEAQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	;Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' ;

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	BETA-MERCAPTOETHANOL
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	202

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6hw2b_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

结构域编号 domain_id	d6hw2c_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamily	b.34.13 — Chromo domain-like
家族 Family family	b.34.13.2 — Chromo domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	6hw2A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	6hw2B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	6hw2C00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	115.026 Å
晶胞边长 b length_b	58.036 Å
晶胞边长 c length_c	57.546 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	109.70 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	monoclinic

分辨率 resolution	1.941 Å
最低分辨率 resolution_low	33.120 Å
R 因子 r_factor	0.1792
R_work r_work	0.1775
R_free r_free	0.2095

fit	/app/data/saxs_computation/hw/6hw2/6hw2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hw/6hw2/6hw2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hw/6hw2/6hw2.dat

The Crystal Structure of CaV beta4c in complex with HP1gamma chromo shadow domains

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chromobox protein homolog 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)