SAXSdb — 6hy1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spermidine synthase

Plasmodium falciparum

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	N,N'-Bis(3-aminopropyl)-1,4-cyclohexanediamine × 2 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE × 2 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 2 GLYCEROL × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	N,N'-Bis(3-aminopropyl)-1,4-cyclohexanediamine × 1 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE × 2 2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL × 1 GLYCEROL × 6 trans-N-(3-aminopropyl)cyclohexane-1,4-diamine × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8II73_PLAF7
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–281； UniProt 41–321 作者链 B； PDB构建体 1–281； UniProt 41–321 作者链 C； PDB构建体 1–281； UniProt 41–321

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hy1
沉积日期 deposition_date	2018-10-19
结构标题 title	Plasmodium falciparum spermidine synthase in complex with 5'-methylthioadenosine and N,N'-Bis(3-aminopropyl)-1,4-cyclohexanediamine after catalysis in crystal
关键词 keywords	Inhibitor complex, catalysis, kinetics, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6hy1__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6hy1__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6hy1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.37 Å
Rg（电子密度）	24.35 Å
总 Rg	25.27 Å
原子数	4624
残基数	561
排除体积	83613 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6hy1__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`6hy1__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Spermidine synthase
分子量 formula_weight	32077.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	7721

KKWFSEFSIMWPGQAFSLKIKKILYETKSKYQNVLVFESTTYGKVLVLDGVIQLTEKDEFAYHEMMTHVPMTVSKEPKNVLVVGGGDGGIIRELCKYKSVENIDICEIDETVIEVSKIYFKNISCGYEDKRVNVFIEDASKFLENVTNTYDVIIVDSSDPIGPAETLFNQNFYEKIYNALKPNGYCVAQCESLWIHVGTIKNMIGYAKKLFKKVEYANISIPTYPCGCIGILCCSKTDTGLTKPNKKLESKEFADLKYYNYENHSAAFKLPAFLLKEIENI

来源 Source

来源生物 organism	Plasmodium falciparum
通用名 common_name	isolate 3D7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	36329
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N,N'-Bis(3-aminopropyl)-1,4-cyclohexanediamine
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE
分子量 formula_weight	297.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHANOL
分子量 formula_weight	252.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	trans-N-(3-aminopropyl)cyclohexane-1,4-diamine
分子量 formula_weight	171.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	784

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d6hy1a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6hy1b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6hy1c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	6hy1A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6hy1A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6hy1B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6hy1B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	6hy1C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	140 — Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Spermidine synthase, tetramerisation domain

结构域编号 domain_id	6hy1C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

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晶胞边长 a length_a	199.870 Å
晶胞边长 b length_b	135.000 Å
晶胞边长 c length_c	48.570 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.95 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	32.167 Å
R 因子 r_factor	0.1770
R_work r_work	0.1757
R_free r_free	0.2003

Plasmodium falciparum spermidine synthase in complex with 5'-methylthioadenosine and N,N'-Bis(3-aminopropyl)-1,4-cyclohexanediamine after catalysis in crystal

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spermidine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hy1__assembly_2__model_1

6hy1__assembly_2__model_1 | I(q)

6hy1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Plasmodium falciparum spermidine synthase in complex with 5'-methylthioadenosine and N,N'-Bis(3-aminopropyl)-1,4-cyclohexanediamine after catalysis in crystal

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Spermidine synthase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hy1__assembly_2__model_1

6hy1__assembly_2__model_1 | I(q)

6hy1__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)