SAXSdb — 6hy2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	TRP-MET-LEU-ASP-PRO-ILE-ALA-GLY-LYS-TRP-SER-ARG × 3 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LPXA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–262； UniProt 1–262

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6hy2
沉积日期 deposition_date	2018-10-19
结构标题 title	Structure guided design of an antibacterial peptide that targets UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase
关键词 keywords	LpxA, antibiotics, inhibitor, acyltransferase, TRANSFERASE; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6hy2__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6hy2__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6hy2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.55 Å
Rg（电子密度）	26.75 Å
总 Rg	27.45 Å
原子数	6222
残基数	822
排除体积	110180 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6hy2__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase
分子量 formula_weight	28117.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.1.129
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	2500

MIDKSAFVHPTAIVEEGASIGANAHIGPFCIVGPHVEIGEGTVLKSHVVVNGHTKIGRDNEIYQFASIGEVNQDLKYAGEPTRVEIGDRNRIRESVTIHRGTVQGGGLTKVGSDNLLMINAHIAHDCTVGNRCILANNATLAGHVSVDDFAIIGGMTAVHQFCIIGAHVMVGGCSGVAQDVPPYVIAQGNHATPFGVNIEGLKRRGFSREAITAIRNAYKLIYRSGKTLDEVKPEIAELAETYPEVKAFTDFFARSTRGLIR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TRP-MET-LEU-ASP-PRO-ILE-ALA-GLY-LYS-TRP-SER-ARG
分子量 formula_weight	1461.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

WMLDPIAGKWSR

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	400

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6hy2X01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	160 — 3 Solenoid
拓扑 Topology topology	10 — UDP N-Acetylglucosamine Acyltransferase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hexapeptide repeat proteins

结构域编号 domain_id	6hy2X02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1180 — Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Udp N-acetylglucosamine O-acyltransferase, C-terminal domain

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晶胞边长 a length_a	96.809 Å
晶胞边长 b length_b	96.809 Å
晶胞边长 c length_c	96.809 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	21.650 Å
R 因子 r_factor	0.1984
R_work r_work	0.1969
R_free r_free	0.2264

Structure guided design of an antibacterial peptide that targets UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hy2__assembly_1__model_1

6hy2__assembly_1__model_1 | I(q)

6hy2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure guided design of an antibacterial peptide that targets UDP-N-acetylglucosamine acyltransferase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acyl-[acyl-carrier-protein]--UDP-N-acetylglucosamine O-acyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6hy2__assembly_1__model_1

6hy2__assembly_1__model_1 | I(q)

6hy2__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)