6i2r

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD (alpha-ketoglutarate decarboxylase), mutant R802A, in complex with GarA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Glycogen accumulation regulator GarA × 2 （A0QYG2） THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 CALCIUM ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KGD_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–868； UniProt 361–1227 作者链 C； PDB构建体 2–868； UniProt 361–1227

Glycogen accumulation regulator GarA

Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155)

UniProt A0QYG2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme × 2 （A0R2B1） THIAMINE DIPHOSPHATE × 2 MAGNESIUM ION × 2 CALCIUM ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GARA_MYCS2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–115； UniProt 45–158 作者链 D； PDB构建体 2–115； UniProt 45–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6i2r
沉积日期 deposition_date	2018-11-01
结构标题 title	Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD (alpha-ketoglutarate decarboxylase), mutant R802A, in complex with GarA
关键词 keywords	oxoglutarate dehydrogenase, decarboxylase, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6i2r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6i2r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6i2r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.47 Å
Rg（电子密度）	36.77 Å
总 Rg	37.19 Å
原子数	14224
残基数	1832
排除体积	251500 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6i2r__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme
分子量 formula_weight	97080.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.2.1.5,4.1.1.71,1.2.4.2,2.3.1.61
突变 mutation	R802A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	14687

GDSIEDKNARVIELIAAYRNRGHLMADIDPLRLDNTRFRSHPDLDVNSHGLTLWDLDREFKVDGFAGVQRKKLRDILSVLRDAYCRHVGVEYTHILEPEQQRWIQERVETKHDKPTVAEQKYILSKLNAAEAFETFLQTKYVGQKRFSLEGAETVIPMMDAVIDQCAEHGLDEVVIAMPHRGRLNVLANIVGKPYSQIFSEFEGNLNPSQAHGSGDVKYHLGATGTYIQMFGDNDIEVSLTANPSHLEAVDPVLEGLVRAKQDLLDTGEEGSDNRFSVVPLMLHGDAAFAGQGVVAETLNLALLRGYRTGGTIHIVVNNQIGFTTAPTDSRSSEYCTDVAKMIGAPIFHVNGDDPEACAWVARLAVDFRQAFKKDVVIDMLCYRRRGHNEGDDPSMTQPYMYDVIDTKRGSRKAYTEALIGRGDISMKEAEDALRDYQGQLEAVFNEVRELEKHEIEPSESVEADQQIPSKLATAVDKAMLQRIGDAHLALPEGFTVHPRVRPVLEKRREMAYEGRIDWAFAELLALGSLIAEGKLVRLSGQDTQRGTFTQRHAVIVDRKTGEEFTPLQLLATNPDGTPTGGKFLVYNSALSEFAAVGFEYGYSVGNPDAMVLWEAQFGDFVNGAQSIIDEFISSGEAKWGQLSDVVLLLPHGHEGQGPDHTSGRIERFLQLWAEGSMTIAMPSTPANYFHLLRRHGKDGIQRPLIVFTPKSMLRNKAAVSDIRDFTESKFRSVLEEPMYTDGEGDRNKVTRLLLTSGKIYYELAARKAKENREDVAIVRIEQLAPLPRRRLAETLDRYPNVKEKFWVQEEPANQGAWPSFGLTLPEILPDHFTGLKRISRRAMSAPSSGSSKVHAVEQQEILDTAFG

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glycogen accumulation regulator GarA
分子量 formula_weight	12112.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GSGVEGLPSGSALLVVKRGPNAGSRFLLDQPTTSAGRHPDSDIFLDDVTVSRRHAEFRLEGGEFQVVDVGSLNGTYVNREPVDSAVLANGDEVQIGKFRLVFLTGPKSDDSGSNA

来源 Source

来源生物 organism	Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	246196
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	THIAMINE DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	425.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	454

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6i2rb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.26 — SMAD/FHA domain
超家族 Superfamily superfamily	b.26.1 — SMAD/FHA domain
家族 Family family	b.26.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d6i2rd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.26 — SMAD/FHA domain
超家族 Superfamily superfamily	b.26.1 — SMAD/FHA domain
家族 Family family	b.26.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	6i2rA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — TPP helical domain

结构域编号 domain_id	6i2rA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	6i2rA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12470 —

结构域编号 domain_id	6i2rA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11610 — Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	6i2rB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	6i2rC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1150 — TPP helical domain

结构域编号 domain_id	6i2rC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	970 — Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains

结构域编号 domain_id	6i2rC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	12470 —

结构域编号 domain_id	6i2rC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11610 — Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	6i2rD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Tumour Suppressor Smad4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	95.745 Å
晶胞边长 b length_b	143.145 Å
晶胞边长 c length_c	167.106 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	48.150 Å
R 因子 r_factor	0.1960
R_work r_work	0.1950
R_free r_free	0.2190

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD (alpha-ketoglutarate decarboxylase), mutant R802A, in complex with GarA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glycogen accumulation regulator GarA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6i2r__assembly_1__model_1

6i2r__assembly_1__model_1 | I(q)

6i2r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the SucA domain of Mycobacterium smegmatis KGD (alpha-ketoglutarate decarboxylase), mutant R802A, in complex with GarA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Multifunctional 2-oxoglutarate metabolism enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glycogen accumulation regulator GarA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6i2r__assembly_1__model_1

6i2r__assembly_1__model_1 | I(q)

6i2r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)