SAXSdb — 6i3h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix protein 1

Influenza A virus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–158	突变：G18A	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；30% EDO_P8K, 0.1 M MB2 pH 7.5, 10% NPS	分辨率 1.90 Å R-free 0.233
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1–158	突变：G18A	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；30% EDO_P8K, 0.1 M MB2 pH 7.5, 10% NPS	分辨率 1.90 Å R-free 0.233

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6I3H	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4PUS Crystal Structure of Influenza A Virus Matrix Protein M1 提交 2014-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–165（164 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 2-165) 链 B 2–165（164 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 2-165)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；298 K；protein in 55 mM phosphate, 0.2 M sodium chloride, 2 mM TCEP, pH 4.0, precipitant: 15% PEG3000, 75 mM sodium citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.264
5V6G Crystal structure of Influenza A virus Matrix Protein M1(NLS-88R) 提交 2017-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–165（164 aa）链 B 2–165（164 aa）	突变：G88R, R101S, R105S 突变：G88R, R101S, R105S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Protein solution: 13.7 mg/ml in 55 mM K2HPO4/KH2PO4/H3PO4, 0.2M NaCl, 10 mM BME, pH 4.0 Reservoir solution: 75 mM Tris-HCl, pH 7.0, 15% PEG-1000	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5V6G Crystal structure of Influenza A virus Matrix Protein M1(NLS-88R) 提交 2017-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–165（164 aa）链 D 2–165（164 aa）	突变：G88R, R101S, R105S 突变：G88R, R101S, R105S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Protein solution: 13.7 mg/ml in 55 mM K2HPO4/KH2PO4/H3PO4, 0.2M NaCl, 10 mM BME, pH 4.0 Reservoir solution: 75 mM Tris-HCl, pH 7.0, 15% PEG-1000	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5V6G Crystal structure of Influenza A virus Matrix Protein M1(NLS-88R) 提交 2017-03-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–165（164 aa）链 B 2–165（164 aa）链 C 2–165（164 aa）链 D 2–165（164 aa）	突变：G88R, R101S, R105S 突变：G88R, R101S, R105S 突变：G88R, R101S, R105S 突变：G88R, R101S, R105S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；Protein solution: 13.7 mg/ml in 55 mM K2HPO4/KH2PO4/H3PO4, 0.2M NaCl, 10 mM BME, pH 4.0 Reservoir solution: 75 mM Tris-HCl, pH 7.0, 15% PEG-1000	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
5V7B Crystal structure of Influenza A virus matrix protein M1 (NLS-88E) 提交 2017-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–165（164 aa）链 B 2–165（164 aa）	突变：G88E, R101S, R105S 突变：G88E, R101S, R105S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 BATCH MODE；pH 7；277 K；16.7 mg/ml protein in 25mM Hepes/NaOH, 0.2M NaCl, 2mM TCEP, pH 7.0	分辨率 2.50 Å R-free 0.308
5V7S Crystal structure of Influenza A virus matrix protein M1 (NLS-88E, pH 6.2) 提交 2017-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–165（164 aa）链 C 2–165（164 aa）	突变：G88E, R101S, R105S 突变：G88E, R101S, R105S	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；Protein solution: 8 mg/ml in 50mM K2HPO4/KH2PO4/H3PO4, 0.2M NaCl, 10mM bME, pH 3.2 Reservoir solution: 0.1M Tris-HCl, pH 8.2, 8% PEG-8K	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
5V7S Crystal structure of Influenza A virus matrix protein M1 (NLS-88E, pH 6.2) 提交 2017-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–165（164 aa）	突变：G88E, R101S, R105S	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.2；293 K；Protein solution: 8 mg/ml in 50mM K2HPO4/KH2PO4/H3PO4, 0.2M NaCl, 10mM bME, pH 3.2 Reservoir solution: 0.1M Tris-HCl, pH 8.2, 8% PEG-8K	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
5V8A Crystal structure of Influenza A virus matrix protein M1 (NLS-88R, pH 7.3) 提交 2017-03-21	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–165（164 aa）	突变：G88R, R101S, R105S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.3；293 K；Protein solution: 10 mg/ml in K2HPO4/KH2PO4, 0.2M NaCl, 10bME, pH 7.2. Reservoir solution: 0.2M NaF, 20% PEG-3350, pH 7.3	分辨率 3.00 Å R-free 0.321
6QZD HLA-DR1 with SGP Influenza Matrix Peptide 提交 2019-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 CCC 17–30（14 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris 0.2 M NH4 SO4 25% PEG 4000	分辨率 2.66 Å R-free 0.254
6QZD HLA-DR1 with SGP Influenza Matrix Peptide 提交 2019-03-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 FFF 17–30（14 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；291 K；0.1 M Tris 0.2 M NH4 SO4 25% PEG 4000	分辨率 2.66 Å R-free 0.254

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	M1_I33A0
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 20–177； UniProt 1–158 作者链 B； PDB构建体 20–177； UniProt 1–158

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6i3h
沉积日期 deposition_date	2018-11-06
结构标题 title	Crystal structure of influenza A virus M1 N-terminal domain (G18A mutation)
关键词 keywords	Matrix protein 1 N-terminal domain G18A mutation, VIRAL PROTEIN; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.22 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.97 Å
零角强度 I(0) i0	20600900.00
分子量 molecular_weight	35494.0 kDa
排除体积 excluded_volume	44907 Å³
包络体积 envelope_volume	56334 Å³
水化壳体积 shell_volume	20630 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.9 Å
壳层 Rg shell_rg	29.43 Å
包络 Rg envelope_rg	24.24 Å
形状 Rg shape_rg	23.98 Å
总 Rg total_rg	24.63 Å
总原子数 total_atoms	2486
残基数 n_residues	322
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.2 Å
Rg (实空间) rg_real	24.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.0600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4220e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	20600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7725
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.517
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.128
角度范围 angular_range	— – 0.3300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5091000.0000
实空间数据点数 n_real_points	65
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.506; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.526; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Matrix protein 1
分子量 formula_weight	19532.6 kDa
突变 mutation	G18A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2675

MAHHHHHHSSGLEVLFQGPMSLLTEVETYVLSIVPSAPLKAEIAQRLEDVFAGKNTDLEVLMEWLKTRPILSPLTKGILGFVFTLTVPSERGLQRRRFVQNALNGNGDPNNMDKAVKLYRKLKREITFHGAKEIALSYSAGALASCMGLIYNRMGAVTTEVAFGLVCATCEQIADSQ

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11320
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	153

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d6i3ha1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.95 — Influenza virus matrix protein M1
超家族 Superfamily superfamily	a.95.1 — Influenza virus matrix protein M1
家族 Family family	a.95.1.1 — Influenza virus matrix protein M1

结构域编号 domain_id	d6i3ha2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d6i3hb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.95 — Influenza virus matrix protein M1
超家族 Superfamily superfamily	a.95.1 — Influenza virus matrix protein M1
家族 Family family	a.95.1.1 — Influenza virus matrix protein M1

结构域编号 domain_id	d6i3hb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6i3hA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

结构域编号 domain_id	6i3hB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	180 — Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	35.560 Å
晶胞边长 b length_b	35.580 Å
晶胞边长 c length_c	69.290 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.71 °
晶胞夹角 β angle_beta	84.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	69.02 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	21.370 Å
R 因子 r_factor	0.2072
R_work r_work	0.2059
R_free r_free	0.2327

fit	/app/data/saxs_computation/i3/6i3h/6i3h.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i3/6i3h/6i3h.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i3/6i3h/6i3h.dat

Crystal structure of influenza A virus M1 N-terminal domain (G18A mutation)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction