SAXSdb — 6i3v

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1 × 2 （O43715） MYRISTIC ACID × 2 CHLORIDE ION × 13 SODIUM ION × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRLD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 10–182； UniProt 1–173 作者链 F； PDB构建体 10–182； UniProt 1–173

TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

Homo sapiens

UniProt O43715

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial × 2 （Q9Y255） MYRISTIC ACID × 2 CHLORIDE ION × 13 SODIUM ION × 3 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRIA1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–69； UniProt 1–67 作者链 C； PDB构建体 3–69； UniProt 1–67

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6i3v
沉积日期 deposition_date	2018-11-07
结构标题 title	x-ray structure of the human mitochondrial PRELID1 in complex with TRIAP1
关键词 keywords	prelid1 lipid transport mitochondrial protein, LIPID BINDING PROTEIN; LIPID BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6i3v__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6i3v__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6i3v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.91 Å
Rg（电子密度）	33.62 Å
总 Rg	33.74 Å
原子数	4012
残基数	493
排除体积	71251 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6i3v__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial
分子量 formula_weight	21350.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,B
原子数 atom_count	4321

HHHHHHSDQMVKYFLGQSVLRSSWDQVFAAFWQRYPNPYSKHVLTEDIVHREVTPDQKLLSRRLLTKTNRMPRWAERLFPANVAHSVYVLEDSIVDPQNQTMTTFTWNINHARLMVVEERSVYSVNSDNSGWTEIRREAWVSSSLFGVSRAVQEFGLARFKSNVTKTMKGFEYILAKLQGEA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
分子量 formula_weight	8084.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C

DKMNSVGEACTDMKREYDQCFNRWFAEKFLKGDSSGDPCTDLFKRYQQCVQKAIKEKEIPIEGLEFMGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	13

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	309

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晶胞边长 a length_a	127.312 Å
晶胞边长 b length_b	127.312 Å
晶胞边长 c length_c	177.390 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.980 Å
最低分辨率 resolution_low	93.642 Å
R 因子 r_factor	0.2072
R_work r_work	0.2052
R_free r_free	0.2452

x-ray structure of the human mitochondrial PRELID1 in complex with TRIAP1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6i3v__assembly_1__model_1

6i3v__assembly_1__model_1 | I(q)

6i3v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)

x-ray structure of the human mitochondrial PRELID1 in complex with TRIAP1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PRELI domain-containing protein 1, mitochondrial

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6i3v__assembly_1__model_1

6i3v__assembly_1__model_1 | I(q)

6i3v__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 引用文献 (1)