SAXSdb — 6i52

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor A protein 3

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 1	Replication factor A protein 2 × 1 （P26754） Replication factor A protein 1 × 1 （P22336） ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RFA3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

Replication factor A protein 2

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P26754

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 1	Replication factor A protein 3 × 1 （P26755） Replication factor A protein 1 × 1 （P22336） ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RFA2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–132； UniProt 32–182

Replication factor A protein 1

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)

UniProt P22336

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 3 DNA 1	Replication factor A protein 3 × 1 （P26755） Replication factor A protein 2 × 1 （P26754） ;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RFA1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–178； UniProt 442–619

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6i52
沉积日期 deposition_date	2018-11-12
结构标题 title	Yeast RPA bound to ssDNA
关键词 keywords	Complex, heterotrimer, DNA binding, OB-fold, DNA BINDING PROTEIN; DNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6i52__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6i52__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6i52__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.35 Å
Rg（电子密度）	26.16 Å
总 Rg	27.00 Å
原子数	3856
残基数	452
排除体积	67583 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6i52__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Replication factor A protein 3
分子量 formula_weight	13827.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3856

MASETPRVDPTEISNVNAPVFRIIAQIKSQPTESQLILQSPTISSKNGSEVEMITLNNIRVSMNKTFEIDSWYEFVCRNNDDGELGFLILDAVLCKFKENEDLSLNGVVALQRLCKKYPEIY

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Replication factor A protein 2
分子量 formula_weight	14809.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

TNTRVNTLTPVTIKQILESKQDIQDGPFVSHNQELHHVCFVGVVRNITDHTANIFLTIEDGTGQIEVRKWSEDAAQQFEIGGYVKVFGALKEFGGKKNIQYAVIKPIDSFNEVLTHHLEVIKCHSIASGMMK

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Replication factor A protein 1
分子量 formula_weight	20643.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

KFIAQRITIARAQAENLGRSEKGDFFSVKAAISFLKVDNFAYPACSNENCNKKVLEQPDGTWRCEKCDTNNARPNWRYILTISIIDETNQLWLTLFDDQAKQLLGVDANTLMSLKEEDPNEFTKITQSIQMNEYDFRIRAREDTYNDQSRIRYTVANLHSLNYRAEADYLADELSKAL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c)
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPTPT)-3') ;
分子量 formula_weight	6038.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TTTTTTTTTTTTTTTTTTTT

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	340864

Yeast RPA bound to ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor A protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Replication factor A protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Replication factor A protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6i52__assembly_1__model_1

6i52__assembly_1__model_1 | I(q)

6i52__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Yeast RPA bound to ssDNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Replication factor A protein 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Replication factor A protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Replication factor A protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6i52__assembly_1__model_1

6i52__assembly_1__model_1 | I(q)

6i52__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)