SAXSdb — 6icm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylxanthine N1-demethylase NdmA

Pseudomonas putida

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Oxidoreductase NdmD × 2 （H9N291） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 8 FE (III) ION × 6 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDMA_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 19–369； UniProt 1–351 作者链 B； PDB构建体 19–369； UniProt 1–351 作者链 C； PDB构建体 19–369； UniProt 1–351

Oxidoreductase NdmD

Pseudomonas putida

UniProt H9N291

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Methylxanthine N1-demethylase NdmA × 6 （H9N289） FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 8 FE (III) ION × 6 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 water × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NDMD_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–87； UniProt 502–588

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6icm
沉积日期 deposition_date	2018-09-06
结构标题 title	Pseudomonas putida CBB5 NdmA with ferredoxin domain of NdmD
关键词 keywords	N-demethylase, Rieske oxygenase, reductase plant type ferredoxin, METAL BINDING PROTEIN-OXIDOREDUCTASE complex; METAL BINDING PROTEIN/OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6icm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6icm__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6icm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	43.74 Å
Rg（电子密度）	42.82 Å
总 Rg	43.27 Å
原子数	17500
残基数	2154
排除体积	309020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6icm__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Methylxanthine N1-demethylase NdmA
分子量 formula_weight	42379.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.13.178
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	8753

MGSSHHHHHHENLYFQGSMEQAIINDEREYLRHFWHPVCTVTELEKAHPSSLGPLAVKLLNEQLVVAKLGDEYVAMRDRCAHRSAKLSLGTVSGNRLQCPYHGWQYDTHGACQLVPACPNSPIPNKAKVDRFDCEERYGLIWIRLDSSFDCTEIPYFSAANDPRLRIVIQEPYWWDATAERRWENFTDFSHFAFIHPGTLFDPNNAEPPIVPMDRFNGQFRFVYDTPEDMAVPNQAPIGSFSYTCSMPFAINLEVSKYSSSSLHVLFNVSCPVDSHTTKNFLIFAREQSDDSDYLHIAFNDLVFAEDKPVIESQWPKDAPADEVSVVADKVSIQYRKWLRELKEAHKEGSQAFRSALLDPVIESDRSYI

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
通用名 common_name	Arthrobacter siderocapsulatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Oxidoreductase NdmD
分子量 formula_weight	9659.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

EYEVELKKTGQIFTVSPGSTLLQACLDNDVRIEASCEQGVCGTCITPVVSGDLEHHDTYLSKKERESGKWIMPCVSRCKSKKIVLDL

来源 Source

来源生物 organism	Pseudomonas putida
通用名 common_name	Arthrobacter siderocapsulatus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	303
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
分子量 formula_weight	175.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAETHYLENE GLYCOL
分子量 formula_weight	194.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	3

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	6icmD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Beta-grasp domain

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晶胞边长 a length_a	118.265 Å
晶胞边长 b length_b	118.265 Å
晶胞边长 c length_c	455.692 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 61 2 2
空间群编号 int_tables_number	178
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.961 Å
最低分辨率 resolution_low	42.460 Å
R 因子 r_factor	0.2065
R_work r_work	0.2036
R_free r_free	0.2612

Pseudomonas putida CBB5 NdmA with ferredoxin domain of NdmD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylxanthine N1-demethylase NdmA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Oxidoreductase NdmD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6icm__assembly_1__model_1

6icm__assembly_1__model_1 | I(q)

6icm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Pseudomonas putida CBB5 NdmA with ferredoxin domain of NdmD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Methylxanthine N1-demethylase NdmA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Oxidoreductase NdmD

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6icm__assembly_1__model_1

6icm__assembly_1__model_1 | I(q)

6icm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)