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6ieg

Crystal structure of human MTR4

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 157.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Exosome RNA helicase MTR4

Homo sapiens

UniProt P42285

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 71–1042 未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；15 mM Tricine pH 8.5, 12% (w/v) PEG 4000 分辨率 3.55 Å R-free 0.305
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 71–1042 未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；15 mM Tricine pH 8.5, 12% (w/v) PEG 4000 分辨率 3.55 Å R-free 0.305

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 6IEG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
6C90 Human Mtr4 helicase in complex with ZCCHC8-CTD 提交 2018-01-25 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 71–600（530 aa）
链 A 842–1042（201 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 MLI MALONATE ION × 4 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；1.6 M sodium-potassium (L)-tartrate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.5
分辨率 2.20 Å R-free 0.221
6D6Q Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - overall reconstruction 提交 2018-04-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–1042（1042 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
分辨率 3.45 Å
6D6R Human nuclear exosome-MTR4 RNA complex - composite map after focused reconstruction 提交 2018-04-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：pentadecameric
链 M 1–1042（1042 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 sec wait time, 2.5 sec blot time
分辨率 3.45 Å
6IEH Crystal structures of the hMTR4-NRDE2 complex 提交 2018-09-14 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 71–1042（972 aa）
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；50 mM Glycine pH 9.0, 100 mM NaCl, 33% (w/v) polyethylene glycol 300 (PEG 300)
分辨率 2.89 Å R-free 0.252
6RO1 X-ray crystal structure of the MTR4 NVL complex 提交 2019-05-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 70–1042（973 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；277 K；0.1M Tris/HCl pH 8.0, 1.8M Ammonium Sulphate
分辨率 3.07 Å R-free 0.257
7S7B Human Nuclear exosome targeting (NEXT) complex homodimer bound to RNA (substrate 1) 提交 2021-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：octameric
链 A 1–1042（1042 aa）
链 E 1–1042（1042 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
分辨率 4.06 Å
7S7C Human Nuclear Exosome Targeting (NEXT) complex bound to RNA (substrate 2) 提交 2021-09-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：heptameric
链 A 1–1042（1042 aa）
链 E 1–1042（1042 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
分辨率 3.62 Å
7Z4Y Human NEXT dimer - overall reconstruction of the core complex 提交 2022-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1042（1042 aa）
链 D 1–1042（1042 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.50 Å
7Z4Z Human NEXT dimer - focused reconstruction of the dimerization module 提交 2022-03-06 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1–1042（1042 aa）
链 D 1–1042（1042 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 4.00 Å
7Z52 Human NEXT dimer - focused reconstruction of the single MTR4 提交 2022-03-07 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：trimeric
链 B 1–1042（1042 aa）
未记录 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 3.40 Å

共 10 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MTREX_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 31–1002； UniProt 71–1042 作者链 B； PDB构建体 31–1002； UniProt 71–1042

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 6ieg

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 6ieg
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id6ieg
沉积日期 deposition_date2018-09-14
结构标题 titleCrystal structure of human MTR4
关键词 keywordsRNA helicase, MTR4, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.66 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.39 Å
零角强度 I(0) i0498392000.00
分子量 molecular_weight184540.0 kDa
排除体积 excluded_volume230900 ų
包络体积 envelope_volume366510 ų
水化壳体积 shell_volume65228 ų
包络直径 envelope_diameter157.3 Å
壳层 Rg shell_rg50.81 Å
包络 Rg envelope_rg45.85 Å
形状 Rg shape_rg47.41 Å
总 Rg total_rg47.47 Å
总原子数 total_atoms12978
残基数 n_residues1783
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax157.4 Å
Rg (实空间) rg_real47.65 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.99 Å
I(0) (实空间) i0_real4.9840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0740e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal498400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8306
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary52.5 Å
偏度 Skewness skewness0.228
峰度 Kurtosis kurtosis-0.613
角度范围 angular_range— – 0.1650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha28020000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.932; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)