SAXSdb — 6iim

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 96–494 链 B； UniProt 96–494	片段：catalytic domain	A8L 1-[1-(4-chlorophenyl)-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl]-2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)ethan-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, NH4F, Cscl, glycine	分辨率 2.21 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6IIM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AYN Structure of USP14, a proteasome-associated deubiquitinating enzyme 提交 2005-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 90–493（404 aa）链 B 90–493（404 aa）链 C 90–493（404 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；MES, ammonium sulfate, PEG monomethyl ether, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.20 Å R-free 0.322
2AYO Structure of USP14 bound to ubquitin aldehyde 提交 2005-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 90–493（404 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；Tris, calsium chloride, PEG1000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.50 Å R-free 0.330
2AYO Structure of USP14 bound to ubquitin aldehyde 提交 2005-09-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 90–493（404 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；Tris, calsium chloride, PEG1000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 3.50 Å R-free 0.330
5GJQ Structure of the human 26S proteasome bound to USP14-UbAl 提交 2016-07-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging	分辨率 4.35 Å
6IIK USP14 catalytic domain with IU1 提交 2018-10-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 96–494（399 aa）链 B 96–494（399 aa）	未记录	IU1 1-[1-(4-fluorophenyl)-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl]-2-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；NH4F. PEG 3350, glycine, Cscl	分辨率 1.97 Å R-free 0.218
6IIL USP14 catalytic domain bind to IU1-47 提交 2018-10-07	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 96–494（399 aa）片段：catalytic domain 链 B 96–494（399 aa）片段：catalytic domain	未记录	A8F 1-[1-(4-chlorophenyl)-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl]-2-(piperidin-1-yl)ethan-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, NH4F, glycine, Cscl	分辨率 2.20 Å R-free 0.232
6IIN USP14 catalytic domain with IU1-248 提交 2018-10-07	构建体不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 101–485（385 aa）片段：catalytic domain 链 B 101–485（385 aa）片段：catalytic domain	未记录	A8O 4-{3-[(4-hydroxypiperidin-1-yl)acetyl]-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-1-yl}benzonitrile × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；PEG 3350, NH4F, Cscl, glycine	分辨率 2.53 Å R-free 0.264
6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–494（403 aa）片段：catalytic domain	突变：C114S, deletion of 223-231	GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 7 FMT FORMIC ACID × 2 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000	分辨率 2.73 Å R-free 0.277
6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 92–494（403 aa）片段：catalytic domain	突变：C114S, deletion of 223-231	GOL GLYCEROL × 3 NA SODIUM ION × 8 FMT FORMIC ACID × 7 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000	分辨率 2.73 Å R-free 0.277
6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 92–494（403 aa）片段：catalytic domain	突变：C114S, deletion of 223-231	GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 8 FMT FORMIC ACID × 6 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000	分辨率 2.73 Å R-free 0.277
6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 92–494（403 aa）片段：catalytic domain	突变：C114S, deletion of 223-231	GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 5 FMT FORMIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000	分辨率 2.73 Å R-free 0.277
6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 92–494（403 aa）片段：catalytic domain	突变：C114S, deletion of 223-231	GOL GLYCEROL × 2 NA SODIUM ION × 7 FMT FORMIC ACID × 5 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000	分辨率 2.73 Å R-free 0.277
6LVS USP14 catalytic domain mutant C114S 提交 2020-02-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 92–494（403 aa）片段：catalytic domain	突变：C114S, deletion of 223-231	NA SODIUM ION × 6 FMT FORMIC ACID × 4 BME BETA-MERCAPTOETHANOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295.15 K；0.2M HcooNa, 0.1M BICINE, 20% PEGmme 5000	分辨率 2.73 Å R-free 0.277
7W37 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA1_UBL 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：47-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.00 Å
7W38 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA2.0_UBL 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 6 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.10 Å
7W39 Structure of USP14-bound human 26S proteasome in state EA2.1_UBL 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 5 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7W3A Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED4_USP14 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7W3B Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED5_USP14 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7W3C Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED0_USP14 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
7W3F Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED1_USP14 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
7W3G Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED2.0_USP14 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7W3H Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-engaged state ED2.1_USP14 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：49-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 MG MAGNESIUM ION × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
7W3I Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SB_USP14 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
7W3J Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SC_USP14 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 4 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE	分辨率 3.50 Å
7W3K Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SD4_USP14 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
7W3M Structure of USP14-bound human 26S proteasome in substrate-inhibited state SD5_USP14 提交 2021-11-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：48-meric	链 x 1–494（494 aa）	未记录	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.50 Å
9F19 Human USP30 chimera in complex with NK036 inhibitor 提交 2024-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 248–272（25 aa）链 A 295–320（26 aa）链 B 248–272（25 aa）链 B 295–320（26 aa）	未记录	A1H8X 4-fluoranyl-~{N}-[(2~{S})-1-[[4-[(2-methyl-1-oxidanyl-propan-2-yl)sulfamoyl]phenyl]amino]-1-oxidanylidene-3-phenyl-propan-2-yl]benzamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；76 mM NaOH, 100 mM Bicine, 10.2% (w/v) PEG 20,000, 1% (v/v) Dioxane, 10 mM L-Proline (Crystal 1) X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；85 mM NaOH, 100 mM Bicine, 10.2% (w/v) PEG 20,000, 1% (v/v) Dioxane, 10 mM L-Proline (Crystal 2) X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；88 mM NaOH, 100 mM Bicine, 11% (w/v) PEG 20,000, 1% (v/v) Dioxane, 10 mM Sarcosine (Crystal 3)	分辨率 2.75 Å R-free 0.266
9F6G Human USP30 chimera bound to Ubiquitin-PA 提交 2024-05-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 248–272（25 aa）链 A 295–320（26 aa）	未记录	AYE prop-2-en-1-amine × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.56 M sodium citrate pH 7.0	分辨率 1.50 Å R-free 0.211

共 22 个其他 PDB 条目、28 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UBP14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–399； UniProt 96–494 作者链 B； PDB构建体 1–399； UniProt 96–494

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6iim
沉积日期 deposition_date	2018-10-07
结构标题 title	USP14 catalytic domain with IU1-206
关键词 keywords	USP14 inhibitor complex, STRUCTURAL PROTEIN, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	33.90 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.69 Å
零角强度 I(0) i0	91927300.00
分子量 molecular_weight	77472.0 kDa
排除体积 excluded_volume	97466 Å³
包络体积 envelope_volume	128330 Å³
水化壳体积 shell_volume	33461 Å³
包络直径 envelope_diameter	122.3 Å
壳层 Rg shell_rg	37.82 Å
包络 Rg envelope_rg	34.10 Å
形状 Rg shape_rg	33.69 Å
总 Rg total_rg	34.06 Å
总原子数 total_atoms	5438
残基数 n_residues	669
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	113.6 Å
Rg (实空间) rg_real	34.16 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.07 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.1930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4500e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	91910000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8218
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	31.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.508
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.441
角度范围 angular_range	— – 0.2350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13110000.0000
实空间数据点数 n_real_points	48
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.706; Smooth: 0.665

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14
分子量 formula_weight	45604.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.12
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	5712

QLASAMELPCGLTNLGNTCYMNATVQCIRSVPELKDALKRYAGALRASGEMASAQYITAALRDLFDSMDKTSSSIPPIILLQFLHMAFPQFAEKGEQGQYLQQDANECWIQMMRVLQQKLEAIEDDSVKETDSSSASAATPSKKKSLIDQFFGVEFETTMKCTESEEEEVTKGKENQLQLSCFINQEVKYLFTGLKLRLQEEITKQSPTLQRNALYIKSSKISRLPAYLTIQMVRFFYKEKESVNAKVLKDVKFPLMLDMYELCTPELQEKMVSFRSKFKDLEDKKVNQQPNTSDKKSSPQKEVKYEPFSFADDIGSNNCGYYDLQAVLTHQGRSSSSGHYVSWVKRKQDEWIKFDDDKVSIVTPEDILRLSGGGDWHIAYVLLYGPRRVEIMEEESEQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	1-[1-(4-chlorophenyl)-2,5-dimethyl-1H-pyrrol-3-yl]-2-(4-hydroxypiperidin-1-yl)ethan-1-one
分子量 formula_weight	346.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	274

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6iima_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.9 — Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, UCH

结构域编号 domain_id	d6iimb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamily	d.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family family	d.3.1.9 — Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase, UCH

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6iimA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

结构域编号 domain_id	6iimB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cysteine proteinases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.310 Å
晶胞边长 b length_b	81.186 Å
晶胞边长 c length_c	108.511 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.210 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2083
R_work r_work	0.2062
R_free r_free	0.2469

fit	/app/data/saxs_computation/ii/6iim/6iim.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ii/6iim/6iim.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ii/6iim/6iim.dat

USP14 catalytic domain with IU1-206

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction