SAXSdb — 6imf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine-rich venom protein triflin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Small serum protein 2 × 1 （A7VN14） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CRVP_PROFL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–221； UniProt 20–240

Small serum protein 2

物种未注明

UniProt A7VN14

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Cysteine-rich venom protein triflin × 1 （Q8JI39） 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 GLYCEROL × 3 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MSMB2_PROFL
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–109； UniProt 1–109

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6imf
沉积日期 deposition_date	2018-10-22
结构标题 title	Crystal structure of TOXIN/ANTITOXIN complex
关键词 keywords	COMPLEX, ANTITOXIN, TOXIN-ANTITOXIN COMPLEX, TOXIN; TOXIN/ANTITOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

6imf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

6imf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

6imf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.74 Å
Rg（电子密度）	19.84 Å
总 Rg	20.80 Å
原子数	2338
残基数	295
排除体积	41061 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`6imf__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cysteine-rich venom protein triflin
分子量 formula_weight	24826.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2429

NVDFDSESPRKPEIQNEIIDLHNSLRRSVNPTASNMLKMEWYPEAAANAERWAYRCIESHSSRDSRVIGGIKCGENIYMATYPAKWTDIIHAWHGEYKDFKYGVGAVPSDAVIGHYTQIVWYKSYRAGCAAAYCPSSKYSYFYVCQYCPAGNIIGKTATPYKSGPPCGDCPSDCDNGLCTNPCTRENEFTNCDSLVQKSSCQDNYMKSKCPASCFCQNKII

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small serum protein 2
分子量 formula_weight	12140.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MRVFFSLIIFSFMLATCQGACGIGPLVSSPTDAMAPKKCVDPNDRRKHLIVSTWNTADCLRCECDNDGLSCCHRYGGLAERAGCKSVLNQVTCEYEFYRLDDLSKRCDA

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	84

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d6imfa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.111 — PR-1-like
超家族 Superfamily superfamily	d.111.1 — PR-1-like
家族 Family family	d.111.1.1 — PR-1-like

结构域编号 domain_id	d6imfa2
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.19 — Crisp domain-like
超家族 Superfamily superfamily	g.19.1 — Crisp domain-like
家族 Family family	g.19.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6imfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	33 — Pathogenesis-related Protein p14a
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — CAP

结构域编号 domain_id	6imfA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	740 — Crisp domain

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晶胞边长 a length_a	111.166 Å
晶胞边长 b length_b	48.113 Å
晶胞边长 c length_c	75.028 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.61 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	39.640 Å
R 因子 r_factor	0.1870
R_work r_work	0.1860
R_free r_free	0.2190

Crystal structure of TOXIN/ANTITOXIN complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine-rich venom protein triflin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Small serum protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6imf__assembly_1__model_1

6imf__assembly_1__model_1 | I(q)

6imf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of TOXIN/ANTITOXIN complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cysteine-rich venom protein triflin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small serum protein 2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

6imf__assembly_1__model_1

6imf__assembly_1__model_1 | I(q)

6imf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)