SAXSdb — 6iwd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 14

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 886–1187	片段：UNP residues 886-1187	HPV18 E7 × 2 （Q76Z96） CL CHLORIDE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.25 M lithium sulfate monohydrate, and 2% (v/v) tert-butanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 6IWD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2BZL CRYSTAL STRUCTURE OF THE HUMAN PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE N14 AT 1. 65 A RESOLUTION 提交 2005-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 886–1187（302 aa）片段：CATALYTIC DOMAIN, RESIDUES 886-1187	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；SITTING DROP, 20% PEG3350, 0.2 M LI2SO4, 0.1 M BIS TRIS PROPANE PH 6.5, CRYO 20% ETHYLENE GLYCOL	分辨率 1.65 Å R-free 0.217
6JJW Crystal Structure of KIBRA and PTPN14 complex 提交 2019-02-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 U 428–455（28 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 8 FMT FORMIC ACID × 3 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；289 K；700mM magnesium formate, 100mM Bis-Tris Propane (pH 7.0)	分辨率 2.40 Å R-free 0.242

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PTN14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–303； UniProt 886–1187

HPV18 E7

Human papillomavirus type 18

UniProt Q76Z96

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 54–105	片段：UNP residues 54-105	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 14 × 2 （Q15678） CL CHLORIDE ION × 2 PO4 PHOSPHATE ION × 4 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M Tris-HCl pH 8.0, 25% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.25 M lithium sulfate monohydrate, and 2% (v/v) tert-butanol	分辨率 1.80 Å R-free 0.212

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q76Z96_HPV18
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–55； UniProt 54–105

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	6iwd
沉积日期 deposition_date	2018-12-05
结构标题 title	The PTP domain of human PTPN14 in a complex with the CR3 domain of HPV18 E7
关键词 keywords	ONCOPROTEIN; ONCOPROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.55 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.58 Å
零角强度 I(0) i0	26064000.00
分子量 molecular_weight	38526.0 kDa
排除体积 excluded_volume	48005 Å³
包络体积 envelope_volume	56482 Å³
水化壳体积 shell_volume	22850 Å³
包络直径 envelope_diameter	75.8 Å
壳层 Rg shell_rg	27.30 Å
包络 Rg envelope_rg	20.98 Å
形状 Rg shape_rg	20.50 Å
总 Rg total_rg	21.67 Å
总原子数 total_atoms	2696
残基数 n_residues	338
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	71.6 Å
Rg (实空间) rg_real	21.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.44 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6060e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.4420e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26060000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7982
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	27.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.296
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.198
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	5345000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.792; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 14
分子量 formula_weight	35063.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.48
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2968

MVDATRVPMDERFRTLKKKLEEGMVFTEYEQIPKKKANGIFSTAALPENAERSRIREVVPYEENRVELIPTKENNTGYINASHIKVVVGGAEWHYIATQGPLPHTCHDFWQMVWEQGVNVIAMVTAEEEGGRTKSHRYWPKLGSKHSSATYGKFKVTTKFRTDSVCYATTGLKVKHLLSGQERTVWHLQYTDWPDHGCPEDVQGFLSYLEEIQSVRRHTNSMLEGTKNRHPPIVVHCSAGVGRTGVLILSELMIYCLEHNEKVEVPMMLRLLREQRMFMIQTIAQYKFVYQVLIQFLQNSRLI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	HPV18 E7
分子量 formula_weight	6283.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GHMAEPQRHTMLCMCCKCEARIELVVESSADDLRAFQQLFLNTLSFVCPWCASQQ

来源 Source

来源生物 organism	Human papillomavirus type 18
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	333761
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	268

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d6iwda_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.45 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
超家族 Superfamily superfamily	c.45.1 — (Phosphotyrosine protein) phosphatases II
家族 Family family	c.45.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	6iwdA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Protein tyrosine phosphatase superfamily

结构域编号 domain_id	6iwdB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.573 Å
晶胞边长 b length_b	169.153 Å
晶胞边长 c length_c	42.530 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.987 Å
R 因子 r_factor	0.1873
R_work r_work	0.1858
R_free r_free	0.2125

fit	/app/data/saxs_computation/iw/6iwd/6iwd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/iw/6iwd/6iwd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/iw/6iwd/6iwd.dat

The PTP domain of human PTPN14 in a complex with the CR3 domain of HPV18 E7

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

HPV18 E7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)